HsaINT0042153 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121904 | CSMD2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:19290]
Coordinates
chr1:34208881-34238352:-
Coord C1 exon
chr1:34238170-34238352
Coord A exon
chr1:34209208-34238169
Coord C2 exon
chr1:34208881-34209207
Length
28962 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
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3' ss Score
10.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Vast-tools module Information
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A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=WD(100=96.4)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)