GgaINT0136496 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002602 | CSMD2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19290]
Coordinates
chr23:4689790-4699939:+
Coord C1 exon
chr23:4689790-4689972
Coord A exon
chr23:4689973-4699612
Coord C2 exon
chr23:4699613-4699939
Length
9640 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGT
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
ATGCTGATTTCTCATTGCAGTTT
3' ss Score
7.57
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATCGACCAGGGGAGCTGCGGGGATCCCGGCGTTCCGGCCTACGGCAGAAGAGAAGGGTCCACGTTTCGCCACGGGGACAGTTTGAAGTTTGAGTGCCAGCCCGCCTTTGAGCTGAAGGGCCAGAAAACAATTACCTGCCAAAAGAGTAGCCAGTGGTCTGCTCAGAAACCTGTCTGTGTTT
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTCCTGCTTTTTCAACTTCACCACCCCGTCTGGGATCGTGCTGTCGCCGAATTACCCCGAAGAGTACGGGAGCAGCTTGCACTGCGTTTGGTTGATCATAGCTAAACCCGAGAGCCGAATTCATTTGGCTTTCAATGATTTTGACGTGGAGCCTCAGTTTGATTTCCTAGCCGTGAAGGACGGCGGCACCGCGGAGTCTCCGGTGCTGGGCACCTTCTCAGGAAGCCAAATCCCCTCCTCGCTGACCAGCAGCGGCCACGTTGCCAGGCTGGAGTTCCAGACCGACCACTCCATGGAGAAGAGAGGCTTCAACATCACCTTCACCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002602:ENSGALT00000004092:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.032 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=87.1)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=WD(100=96.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]