MmuINT1007709 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028804 | Csmd2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2386401]
Coordinates
chr4:128338515-128369210:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
30186 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028804:ENSMUST00000184063:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=87.1)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=WD(100=96.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types