BtaINT0046417 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008329 | CYTIP
Description
Bos taurus cytohesin 1 interacting protein (CYTIP), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001102243]
Coordinates
chr2:38698227-38707036:+
Coord C1 exon
chr2:38698227-38698296
Coord A exon
chr2:38698297-38706969
Coord C2 exon
chr2:38706970-38707036
Length
8673 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CTTTTTTTCTTCTTTCTCAGCAA
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
GATAGAGACTCTTAATGGAACAATGATTCTCAAAAGAACAGAGCTTGAGGCAAAGCTGCAAGTTTTAAAG
Seq A exon
GTAATTTAATTTAATACAGTGAGACAAATTTTTCATCCTTGAATGTGTGAGTGGAAGAATAAAGATCTATTTGAAGAACTGAGATAGCCCTTGAAGATGAAATGTCGTGATGAGTCTAAACTGCTGAATTATCAAGAGCCATACAATTACCTTTGCAGGAATATTAAATTTACAAACCAGGGCAAATCACTTCCTTCCTTCCTCCTTCTGTGTGTCTTTGGGGCTCAGAAAGGCAACAGGAAAGCACATCTCCTGAAGAAGTTTTCATTAATGCACCTGTGACCTCTTTTGATTTACATTCTGTTTGGGAAAAAGCAAAGATGGAGGAGCTGTCATTTTCCCAAGTGCAGTATATGTGTGTAGGAAGGCCTGGGATTTTCGTTTTCTGTTGTTCTCCCATTTCGCCTCCTTCTTACTACAAAGATCAAGGTCCTCTACTCCTGTGGATATCTTTGAATCTACTTTTGCTGGCAAATACACTGTCAACTCTGGAGGAGAAATTGAAGTTTTCAGGAGATACTGCACAATGCAGGATGTTCAGTGAATATTCTCTGGGCTCTTTGAGGGTCTTAAAAATCTGTTTCCTAGAGTGAGGAAGTTCTGGCAGGCCATGAAATCTAGGACCTCACTATGTGCATCTTAATTATTGAGCCCAAGAGGGTAGAGTTACCATATTTCTGTATTATCTTGTATTCCTCCCTTTTCCCACATCTAATTTATCAACAAGCCCTGTTTTCTTCTTTCTCAACATTAGTTTTATATTCTTATCATTTTGCTTATTCCTCTGATCTTTTGAATCAATTTAGAAAATTCTTAAAAAAAATATCCTCTGTTAGATTGTGATAAGAAGTGAATTGTCTTTATAGAATAAATGAGATCAATGAACATTTTTATGATTTTTGCTTTCCTTACTTCAAACACAGGGTCTGTGTCTTTCCATTCAAGTCGTTTATATACTTCAAAAACATTCTGTATTTTCTTCATCCATTTTATATTTACACTGATTATACATTATATATTATATAATGTATATTACATATGCACTGATAGATTTATTCCTATATAATAAATAAATTTAAATTGTATTTTTAATTAATAAATATAATTATTTCTAAATTTTTCTTGCTGTAATTAATGTGGTCTTTTAATTTTTCAATTGCTTATTGCTATTGATATTTATATAAAGTTTTAAATCCAAGAGTCTTGCTGAACTCCCTTTATTCTGGCTGTATGTTTGCAGACTCCCTTGGATTTTTTATATAAACATATTATCTGCACATAATAAAAGTTTGCCCCTTTACTCCCAATTATTCAACTAGTTTATTTTTTTCTTCTCTTATAATATTGGTTAGGACCTTCAGGATATTGCAAATAGTGAGTGTTAGTTTTCAAGTTAAAAAAAGTCTCTAACATTTTATCATTGAAGTTTTGTAAGGAGTAAATAGCTCATCATATTATCTTTAGGTTTTTTAAAACTGTCGAAAGCTAATTTGTTTCTGCAGAAGAGAGTCTGAGTGAAAATCTTTTTTGAAAAAGTAAAACTGGCTGTTTCAGCCTTTTGTAAGAAAAAAAGGAAAGAAATGTAGAATATAAGCTAGCAATGTTATTTAAAACATAAGTGAAAAATAGGTTTATATTTCATGGAATAAAGAACTCTCTTGCACAACTCATATTTGCATGTTTATAAGCATTTTCTGTGCTTTGAACATTTTCTCTTAAAGTTTTAATATACATACTTTATTGTTTTTCTAACCTAGAAAATTTTCAACACCTCCATCCTCTCCCAGAATATCACGAATCTTAACATCTTTAAACATCCATTTAAGACTCCATCTTCCTTATTATTGCTTACTTTAGAAAATTCTATCAATTTTCAAAATAAAAAAGACAGGTTTTTATTCCTAACTGCTGGTAATGAGCAAGTATACCAGCCTGTGAAGTGATGGGCTTGCCCAGTTTCTCATATTCTGTTCTTTACTTTTGGGTTCACTTTCCTTCTTGCCATAGTGTTTCTTTCAGTGAGAGTGGGTGGGTCTTTATTGAAAAATATTTATTTCACTGCTGCTATTGAAAGAGTTTTATAAGTAATTGGATTATTCTAAGGTGATGTTTTGTCTCCTTAGCACTTTGATTCTATTGTTCTTTGATATTTTGTTTGTGAGGGATCTCCTGTTTATCTTTTGTAGGTAATTTGCATTTTCTATATTTTCTTCTAAAAGTTTAAAGTGTTATTTTTTAATATCGAAGTCTTTAATTCACTTAGAATTAATTTTTTATGTAGTATAAGTTAGGATTCCAACTTTATTTTATTTTTTCTCTTTGGAAACTCAGTTCTCCCAGTACCATTTATTTTATACAGTCTTTCTTTTTCCCCAGTGGACCTGAAATGAAACTTCTGTTTTACACTAGTTCCGTATATGAATGGGTCTTACAGGCTTCTAATTCTGATTCATTGATTAACTTGTTTCCCTTAGACTCAGCTATTCTACCTTTGTAATAAATATTGATGTCTGATTGGGCAAGATTTTTAGGTTATTCTTGGCTCTTTAATTGTCTGTGCACATTTTAGAATCAGATTGTCAAATTCTATAACTAATTTTGGAGTTTCGATAGGTAGCATCCTTTTATATAGATCAATTTGAGGAAAGCTGATATCTGTATGCTATTGAGCTTTCTTACTGACAGACTATCTCACTAGATAATTTTAAATTATTTTTTGTATTTCAATAAGGTCCTATATTTTTATGTAGATAGATCTTATGAATCTTTTATTAGATTTATTCCTTTGTAAAATGATTTTTATTGTCATATAGTTACTTTATTAAAAATATTGTTTTGAGGTTTATGCATAGCTGTGTGAAATAAATTTTTCTATGCTGTTATTATACTCAAACACTTTGCCAGACTATAAAATTTCTAATTATCTATAGATTATTTTGAGTTTCTCATGAAGATAGTAACTATCTATTAGGAATGATATTCAGCCCTTATTTTGCTATATTGGGTAAGGTCTATAATACAATGATGAATAGAAACTAAACTAGTAGGCATCTTTGCTTTGCTCTTGATCATAAAGGGAGTTCTTTTGACTCTTTCTTATCTCTAGGGATATATTTTTCATGTTAAGAAGGCTCCCTTCTATACCAAGTTTGCTGGTTTTTTTTACTTGTGTAAAAAAGTGCTTGCATATTATCTTGTATCAGATACATTTTTTTTCTGTAAGTGTTGAGATGGTCTTATTTATTTTTAAAAATCTGTCAGTTTGATGAATAACATTTAAAGATTTTTTAATGTAAAAACACCCTTGCATTTCTATAATAAATCCATAATTTACATAAGTATAATAAGTATAACATAATTATGTAAATTATGGTCATAATTTATATTTTTTATATACTTGTAGATTTGGCCTGCTGACATTTTCTTTAGAATTGTTGAGGGTAACTTCATTTTAGGGTAACAGGTAGAATGGCCTGTAATTTTCTTCTCTCAGACTATCTTTTTTTTATCTTCTTTTTTAGTTTTGGTATCGAATTTACTAGGCTCTTAGCATGAGCTAAGGAATCTCTTCCCCTTTTTGTCCTCTGGTAGAATTCTTGTAACACTATCTGAATCACCTGGCCTTGGGGTTCTTTTTGATATGAATACTTCTAAACTTGGTTTTGGTTTCTTTATAAGACTGCTCGAGGTTTCTGCTTTTGTTTGTTTGCTTGAGCCAGCTTTATTGAATGATGTTTTTGCTAGTAAAGTTTTGAAATTTTCAAATTTATTGCACAAAGTTGATAATAAACATTCTATTTTCATCTTTTTCTTTTCTAACAAGCTGTGCTTATGTCCCCATTTTCATTTGTACTACTTTTTATGTCTTTTTTTTTTTCCCCCCCTTGGTAATTCTCTCTAGAGGATTTCCCATTTGGGGATCTTTTCAAAACCCAGTATTTCAATTTTGGTCAATTATCCATCTTTTTCCTGATTGCTTTTAAGGAGTTTTTTGTCTTTTCTGATCTACAGCTTCACCACAGTCTCATTAGGCTTGGATTCATTTCTAAATTTATCCTGCTGGGAACTTGCAGTGTTCTCAGTTTTTGTGACTTTCTTCCGTTTGGGGTAATTATCAGCTTGACCTCTGTGAATATACCTTCCTCATCATTCCCTGGATAATCTTCTGAAACTCCTGCTAGGCGCATTTCAGAATCTTTTGATTTACCTTCCATGCTTCTTAACCACCCTTTCAGATTTTGTATCACATTATGTTTTTGTTTAATTTTTTAACTGAAGTATAATTGATTTGCAATCAATTTTGTTAGTTTCAGGTATATAGCAAAGTGATTCACTGATACATATATATGTGTATGTATCTACTATATCTGCATTCTTTTTTCAATTCTTTTCATTGTTATGTTATTTTTTAATTCCTTTGTAATATCTTCAGTAATGTTGTCTGTGTTCTGTATAGAATGTGTTCTTTCTATTGAGTTTTAAATATTAATTTTTTATTTTCAAATAATTCTTTTTCATGCCTATCTTTTCTTTTCTTCCTTTGTTTAAAATTTCTTGTTCTTAGGAACATCACATTTCTCTTTCAGGATTGCAAATACTCTTTATTTTAAAGTCTTTGAACACTTTTCTGTTTTTTGTTTGGAGAGAATTCATGCACTGATTATCAGTTTTGTTGTCTTTCTTATCATTAAACTTCTGTGGAGTTCTGGAGAGTGTGGATTGCCCGCTTCCCTTGGCCTCTCTGTGCCACTCAGTGTGAGTTGGGCAGTGGCTTCTGCTCTGCAACTCAAGACTTCCAGTACAGAGCCAGGTCTGGCAGCTTGGATGCCTTCCCTGGGGGCCAGCATGCAGCTTGGGTCGTGAGGCTGCGTTCATGCGCTCCTGGCCCTGTGGGTACATGCTTTCCATGAACTATAGTCACCCTTAGCAGCTTTGTTCAGCCTCTTTTTCATGGTGGTAGAGCTTAACCAAGGTTCTTCTCTCAAGCGGGAAACCTGTCT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Seq C2 exon
CAAACCTTAAAGAAGAAATGGGTGGAGTTCAGATCTCTGCAGTTACAGGAACAGCGCCTGCTTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008329:ENSBTAT00000010968:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(4.6=16.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]