HsaINT0044649 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115165 | CYTIP
Description
cytohesin 1 interacting protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9506]
Coordinates
chr2:157418523-157427420:-
Coord C1 exon
chr2:157427351-157427420
Coord A exon
chr2:157418590-157427350
Coord C2 exon
chr2:157418523-157418589
Length
8761 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TTTTTTTTTTAATCTCACAGCAA
3' ss Score
8.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GATAGAGACTCTTAATGGAACAATGATTCTGAAAAGAACGGAGCTTGAAGCAAAGCTGCAGGTTTTAAAG
Seq A exon
GTAATTTAATTTAATGCAGTGAGGCACATTTTTCATCCTTGAATGTGTGAGTGGTAAAATAAAGATCTATTTGAGGAACTGAGATAGCCCTTGAAAAAGAAATGTCGTGGTGAATCTAAACTGCTGAATTATCAAGAGCCGCACAATTACCTTTGGAGGAATATCAAATTCTGCAAACCAGTGTAAATCACTTTCTTCCTTCCTCCTTCTGTGTGTCTATGAGGCTCAGAAAGGCAACAGGAAGGCATGCCACTTGAAGAACTCTTCATTAGTGCACCTGTGATCTCTATTGATTTACATTTTGTTTGGAATTAAAACAAAAAAGGTCATTATTTTCCCAAGTGTGTTGGAGGGCCTGGGTTTTTCACTTTTTCCGTGTCCTCTTTTGGTGTCCTTCTCTTCTGCCTCATCCTTAAAACGAAAACCTTATCCGTCTAATCCTGTGACTGTCCTTGAATCTGCTTTCATTGGCAAATACACTAGCAAATTCAAAGGAGGAAGAAATTAGCGTCCAAGAGATAGTAAATAATGCAGGAGGTCCATTGAAAATTCCCTGGGATGGTTTTTTGAGGCTTTTAAAAATCTCAGTTTTCTGGGCTGATGAGGGTCTCCTAAGCCATGAAGTCCAGACCCTCACTCATGCATCTGAGTCATAGTTCTAAAGACCTCTCTGTTTGTCTCAGTGACCTCTGCATCCCAATCTCCCCCTTGCAGAGCAACCAGGTAGCCAATCTGAGCAGAGATTGTAGTTTACTTTAAGCAGGTTGCTTACTTTGGCTTTATTTAGAAATAGCTGCCATTTGTTAGTTTTCTTCATGAAATATGAGCTTATTAATTATTGAGCCCAAGAGAGTGGATTTTATTTTGTATCTTTTTCTTCCTCCACATCCAACTCATCAACAAGTCTTGCTTTCTTTGTCAACATTGGTTTGGATACTCTTGCCACTGTGCTTATCTCTGTGCTTTGTTAAATCAATTTATAGAATTCCTTGAAAAAACCTCTGCTCAAATTTTGACAGGAATTGAATTGTATTTATGAAATAAATGAGAGCAATTAAAATCTTTATGGCTTTCACTTTTCTCACTTTGAATTCAGGATCTCAATCTTTTTATTCAGATCTTTTATGGACTTAAAAAATATTTTGTAATTATCTTCCTATATTTTTACATATCATTTATTATATTCATTCTTGTTTACTTCCTCATTGTTCTTGCTATATTAATCTTTTAATTTTCAGCCACTTATTGCTAATGATTTTGTTTAAATTTAAAAAATCCAGTTTTGTTGAACTCCCTTTATTCTAATAATAATTTTTATAGATTTCCTTATATTTTCTATATAGATTTCTTATCATTTGCAGATAATAAAATTTTTTGCCCCTTTAGCTCAATTATTGAAACTAATTTATTTTTCCTCTCCTATAGCATTGGCTAGGATCATCAATATACTGTAAATAATGGTAATCTTATGGTTGACTTTAAAGAAAACATTTCTAACATTTTTGTTGCTACATTTTTATGAGGGGTAAACAGTGGTTCATATTGTACTTGAATTTAAAGTTAATTTGTTTTTGCAAAAGAAAGATAATCTTAGTGAACATCTTTTTAAAAAAGTTTAACTTTTTCACCTTTTCTTAGAAAAAAGAAATATTGAAAACAAGAATGAAAAATAGGGCTATATTCTATGGAATAAAGTACTAACTTGCACAAATCATTATTTGATGCCTTTAAGCAATTTCTATTCTTTGCATGTTTTTGCCTTAAGTTTTAATGTACATACTTACCAATGTATGAATTTTTCAGTATCTCCATCCTCTTCCAGAACATCATGAGCACCATACAATGTTTAAAATGCCCATTGAAGACCCTATATTCCTTATTATACTTACTTTAGAGGATTTGTATCAATTTTTTTAAAGTACAAAATACAGATTTTTGTTCTATAGCTGGTAGTGAAGAAATACACCAACTTGTTCGTTTTGATATGTTTGCTGTTGTTTGTTGCATTGTACTCCTTACCTCTAGGTTTACTTACTTTCTTGCTATAGTCCTTCCTTCTGTGGGGATAAGTAGATTTTTGTGTAAAAATGTTTTTATTTCACTGCTACTATTGGAAGAGAGTTTTGATAGGTAATTGAATTATTCTAAGTAGGTGTTTAGCTCCCTTAGCACTTTGAATATATTACTCCTTTAATATTTTTGTCTATGAGAGAGCTCCTAATTATTTTTGGCAGGTAATCTATATTTTCTGCTAAAGCTTTTTAACATTTTTCCTTTTTCCTTTAAGTCCTTAATTCATCCAGAATAAATTTTTATATATATTATGAGGTATGGGGAAAATTCCAATTTAATTTTTTTCCATATGAATAACCAGTTCTTCCAGTACCATTTATTTTGTAGTCCCCCTTTCCCCTTCAACTGACTTGCAGTAAAACCTCTATTTTTAAGCAAGTTCCACATATGCATGGATTTGCTTATAGGCTTTCTAATATGATCCGTGGGTCAATTTGTTTATCCCAAACTATTTATAATGAATCTTGATATCACATTGGGCACAGTTATTCTTGGTCCTTTGATCATCTATATAAATTATAAAAGCAGATTATATGTAAATAAATGTTGGTGTTTTGATTGATTTCAAATTTTATTTATCTATTTTTGGAGACAGGGTCTCACTCTATTGCCCTTGCTGGAGTGCAGCAACGTGATCATAGCTTACTATAGTCTCAAACTCTGGGCTCAAGCAGTTCTCCTATCTCAGCCTCCTGAATTCCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACCATTCCTGGCTCTGATTGCACATTATATATATATATATCAATTTGAGGAAACAACATCATATGGTATTCTGTTTTTTTATTGATAGATGATCTTACCATTTTTTGTTGTTTTCTTTAAAGTCTTTCTAATAAAGTTATAATTTTATGCATATAGGTCTTATACATCTTCTGTTAGACTTAGTCCTCTGTACCTTATGTTTTTTGTTCTTATTATCGTTTCTTTACAAAAACTAATGCTTTGATTGACGTTAATAGACATGTGAAATAAATTTTTCTGTGCTGTGACTATATTCAAACACTTTGCTAAATTATAGAATAGTAATATCTATTCTAATAACTCTAATGAATTATCTGTAGATTATTTTGGATTTACTGTAGAGATAATAACTATCTGTTATGAATGAGTTTTGGTTCTTTTTCTTACTTTGCTTCACAGCTTAGGCGCTACCATACAACAATGAATAGAAATTATGGTTGTAGGCATCCTTGTTTTATTCTTGATTTTAAAGGAAATTCTTCCTAATTTCTTTTCCACTAGGAATGAGCTATCTTTCAGATTAAGGAGACTCCCTTCTATACGAAGTTTGCTGGTAGTGTTTATAGTGCTTGTCCATTAAACTTTATCAAATACTTTTTTTATGCATCTGTTAAGCTGGTCTTCTCATTTATTCATTTGAAAAAATTCTGTCAATATGTGAATGAAATTTAAATATATTCTAATATAAAGCTACCATTTCATTTCTATGATAAACCCAAGCTGGCTTATTCTTGAAATTTATAATTTGTAAATGTAATTACAGGTTCGATTTGCTAATATTGTATTTAGGATTTTGAAAGAGTTTCATTTTTCAGGTAGACTGGCCTGTAATTTTATTTTCTTAGATTATCTTTTTAAGTTTTGGTATCAAGTTTACTAGACTCTTAGCATGACCTGGGGACTGTTTTCCTCTTCTTATTTTCTGGCAGAATTTTAATAATACCATCTGAATCATTTTGTTTTAGGATTCTTTTTTGATGGGAATACTGTTAATGTACTGTTTCAATTACTTTATTAGTTGTGAGACTACTCAGGATTTCTGGTTTTTTTTAAAGACAGTTTTAGCGACTTATGTTTTTGTTAACAAAGTTTTTAAATTTATTAACTGAGTTGACAGTAAAATATTATTCTGATGTTTTAAATTTTTGTCAAAAATTGAGTGTGCCCCCATTTTTTTCTTGCAGTTTGTACCACTTTTTATGCTTCTTTTTTTTTCTTGATAACTCTTTCTCTACGGGATTTTCTATTTTTGGATCTTCTAGAAAACCAGTATTTGTGGCCATCTTTAATCCTTTTTCTGGTTGCTTTAAGATATTCTTTTGTCCTTATTGATCTACGGTTTTACTACAATGCAATTAGTTCTGGATTCATTTCTAAATTTATACCGTGTAGATCTTATAGTGCTCTTTCTGTTTAAAGACTTTCTTTAGCTTTGGAAAACTATCAACTCAATCTTTTTGGAATATACCTTCTACACCACTCTTGTATTATCTTCTGGAATTCATGTTAGGCATAGTTTCTTGATTTATCTTTCATGCTTCCTAATGACTATTTCATAGGTCTTTATTTATATTTTTGTGTTATATTCTTTCTGAATTCTTTAGTAACATCTCCAGAAATGTTCTTGCTAGCTGTTCTGTACAGAATGTGTTATTTCTATTGAGTTATAAAAATTACTTTCTTATTATCTTGTAGTTCTTTTTCATGTCTATCTGTTCTTGTTTTGTCATTTCAAATTTCTTGTTCTTATAAACATTGATCTCTCAGAGGATTATATCTCTCAGAGGATTATAAAAATTCTTATTTTAAAGTCTTTTTTGGACACTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCGCCCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCACGCCTGGCTAACTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGATTTTCACCATGTTGGGCAGGCTGGTCGCGAACTCCTGCCCTCAGGTGATCCGCTCGCTTAGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGTCACCGCACCTGGCCTTGAACACTTTTCTATTTTCATTTTGTTTAGAGAC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Seq C2 exon
CAAACTTTGAAACAAAAATGGGTGGAGTACAGATCTCTGCAGTTACAGGAACATCGTCTGCTTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115165:ENST00000264192:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(4.6=16.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development