RnoINT0044729 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004772 | Cytip
Description
cytohesin 1 interacting protein [Source:RGD Symbol;Acc:1307990]
Coordinates
chr3:44156395-44163253:-
Coord C1 exon
chr3:44163184-44163253
Coord A exon
chr3:44156462-44163183
Coord C2 exon
chr3:44156395-44156461
Length
6722 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CCCCCTTCTCTTTCTCACAGCAA
3' ss Score
10.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GATAGAGACTCTTAATGGGACAATGATTCACAGAAGAGCAGAACTTGAGGCAAAGCTGCAGACTTTAAAG
Seq A exon
GTAATTTGACTTAACACAGCATGTCTTTTTTCATCCATGAATGTGTGAGTAGTAGAATAATGATCTATCTTGGGAACCCAGATAACCCTTGAAGGGGAAATTTCAGGATGCATCTAAGCTCCTGACGGGTCAAGGACCACGCAATTGCCTTGGCAGGAATATCTAAGACTGTGAATATGTGTAAATCACCCTCTTCCTTCCCCATTCAGAGTCTATGAGGCTCAGAAAGCCAGCGGGAAGGCATATTACCTGAAGAACTAGTCATTGATGCACCTGTGATCACTCTTGATTTACATTTCCTTGAAGGAGGAAAACAGAGGAAGAGTTAGTACTGAGTGCTGCAGACTGCTGCTTTCCCAGTCTCCTTCTTTGCCTCCTTTCCCTCTGAGTCTTTCTGAAAATGGACTATCACTAATGCCTTTGATGTCCTTGAGTGCCTTCCCTGGCAAACACACTATTACCTTGAAAAGAAAGAAAAGGGTCACCAGAGGCAGTGTCTGCTCAGTGCAAATTCTCTGGCATGGCTCTTTGAAGGTTTTCACAGTTCCTTAGGTTGGTGAGTCTTCCAGCCTAGGAACTCCAGACACTGCTGGAGTGAGTTTAAAGGTGCTCTGACTCCTCCCAGGTCTTAGTACTGCCCCCTGAAGGACAATGGAGCTGCCAGCTACTCAGGGATAGTTTAACTACAGGCAAGCTACTTACTTGTGTTTGTGACAATCTGAATTCATTACTTTTTGTCATGAAGGGAGCTACTACTGATTTCAAGAGGACAGTTCACTGTGCTTACATTTTATCTAGAACCTGTCCCTTCCACCGTATTTATTCACTAGCAAGCCTCACTAATATTACTTTGATACTTTTGCCATAGTGCCCATTCCCTGTGACTTTCAAGATCTATTTAAAATAAAATCATTAAGAATCCCTTCCACTCAGACTTTGATAGGGATTAATGTTTGTTCGCGAAATAAGTAAGAAGAGTTGAAATTTTTATGGTTCTTGTTTATCTCACTGTGAGGATGTTTTTCATTGTTATTTAGCACGTCATATACTCCAGAATAATTTCCTTCATGCTTTCCCAAATACATTATCTAGCTAAAAAAGGATAATCCTTTTTATTTTAAGTTTTGTCTTTTAGGTCAATTATTCAACTAATTTACTTTTCTTCTCTTATAGCATTGGCTAGGATCTTTAGTCTATTGTAAAACTGTATTCTTGACTTAAAGGACTGCTTCTGAAATTTATGTAAAATTTCTCCTCTGTGGGTCTTTGTCATCCTACATATTATTTCATTAAATGATGATAACTAGATCTTCCCAGAATGGTCCTTATATGTCTTTTCTACTTTTGAAGAACTATTTTATAGGTAATTGAAAATATTCTAGGTTTATGAGATCCAAGTTTTGTTTCCCTACTTTTAGAGCTTCTAAATTTCAGTCAGTTGTCAGTTACATTTTTTCCCTAAAAACTTAGTTTTTTCTTTTGCCTATTGAAGTCTTTAATTCATTCAGAAGTATCCTTGCCATATACTATAAAGTATGGGATAATTTGAATTTTTCCGTATGAACAGACAGTTCTCCCAATATGATTTCTTTTGTACGTTGCTTTTCTCCTCACCCGAATTTCTGTGAAATTTCTCTTTTAATAAAGTCTCCATTTAAGTCCACATTTACTCACAGGCTCTCTGATGTGGTCACTTTGATTTTTTCCCTCCAGCTCAGTTTGTAGTAGAGAGATACCTAACTGAGCGATGTTCTTAGTCCGTTGACCATCTGTCAAATTGTCAAGTTCCATGAGTAAACACTAGAGGTGTGAACGACATTTCACTTTATATAGATAACTCAGTGCCTAGGGTATTAACTATTACATAGTATTTCATATTCTTGTTGCTGTGTTTTCTTAACTGTTTTGCTCTTTTTCTTTCCATCTTTCATAAAATCTGATAATTTACACATACAGTTCATATATGTTTTTGTTGTATTATCCTTTGTACTTTAGGATTTTATCACAGTTTTTCTATAAAAATAAATTTTATGGTTAGTGAATACATAACAGATTATTTATATGTTGTTATTAATAGTAAAGCACTTTGTTAAACCACATAATCTATACTAAGTTGTTTGTATATTATTTGGTGTGCTGTACAAGGACAATAATTTACAAAATGGATCTAGTTCCCTTTTCTTCTGGGCCATCTTGGTGAGGGTTTTTGCTTAAGGTGAAGTGAACAATTCTGGCATCCTTACTGTCCTTTAAGGGTGGGTCTTCAGCATTTTTCATGTTAAGAATGGGTTATTTTTATGAATTGACTTTGGGTTCAAGAGGTTCCCATCTAAATCATATTTTTATTAGTTGGTATTCTGGTTATGTATTACAGATTATTAGATACCCATTGTACCATCAATTTACCTACAAAATTCATGATGTTCTCATTTGTAATCGCTGAATAGTATTCTATTGTGTAAATGAGCCACATTTTCTGTATCCATTCTACAGCTGAGGGACATCTGAGTTGTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAATATGTGTCTTTGGGATATGGTTGGGCATCTTTTGGGTATATGCCCAGGAGCTGTATAACTGTGTCTTTAAGTAGAACTATTTCCAACTTTCTGAGGAACTGTAAAATTGATTTCCAGAGTGGTTGTACCAGTTTGTAATCCCACCAGCAATGGAGGAGCGTTCCTCTTTCTTCATGTCCTTGCCAACATCTGCTGTCATCTGAGATTTTGATCTTAGCCATTCTTACTAGTATAATGTGGAATCTCAGGGTCATTTTGATTTGCATTTCTCTGATTACTAAGGACTTCGAACATTTCTTTAAGTGTTTCTCAGCCATTCTAGATTCTTCTGTTCTGAATTCTCTGTTTAGCTCTGTACTAAATTGGATTTATTTTAAAATTGGATTATTTGGATTTTTTTCTGAATTTAACTTTCTTCAGTTCTTTATATTTTAGATATTAGTCCTCTCTTGGATGTAGAGTTAATTAGTGAAGATTATTTTCCCCAATCTGTAGATTGCCCATTTGTCCTATTGATATTGTCTTTTGCCTTACGGAAGCTTTTCAGTTTCATGAGGTCCCATTTATCAATTGTTGATGTTGGAGCCAGAGCCATTGGTGTCTGAGTTCTAGGCTCTCTCCCACTTTCTCTTTTATTAGATTCAGTATATCTGGTTTTACATTGAGGTCCTAACTTACTTGAGCTTTGTGCAAGGTGATAAATGTGGATCTATTTTCATTCTTCTCTATAAAGACCAGCAGTTAGACCAGTACCACGTATTAAAGATGCTTTCTTTTTTCTACTGTACATTTTTGACTTCTTTGTCAAAGATCAAGTGTTCATTGGAGTATGAAAATAGCCTGAATGACCTACATTTTTGTTTTTAAGGTTCCCTTTTAGGTTACTAAGTTTACAACATGAGCTGGGGTTGTTCCTCCTTTTTTTTTTTTAACTCTTATAGAATTTTTGTAATGTCATTTGAATCAGCAGGACTCAGGTTGTGGGCTTCCATTAGAAATGTGTTAGGAACTTTTGATTTGCCTTCCTCAATAATGACTTCAACAGCATCCTTTTATATAGAACGTGTTCTTTTTAATGAGCTTTTAAATGTGATTTATACTTTATTGACAAGAGGTTCTATTTTGTATCTGTTCTTATTTCTCTCGATATTTTTGTGCTTATGAATATTGATTTTATGTTTCCATCAGAATTTATAGTATTCTTATTTCGGTGTCTGTTTTGGATTCTTCCTGTTTCTATGATGCTGGGAGAAATCCATGCCTTGATTAGCAGCTCACTGCCTTTCCTGTCATTGAGCACCCGAGGATACTGTGGGCTTGAAAGTTAGCATCCTATCTATGGGATGGCTGAGCAGTTCCCTTCACACAGGGAATCAAAGCTCTCTTTCCAGGTCTAGGTCCAGCAGCTTGGCTGCCTCTCTCAGACAGTAAATGACTAGCGTGACTCAGGCCATGAAAGGCTGCTTTGTTTCTCTCTCCCAAGGTACCTCCAGCTGGGAGCAGCTTTTATCAGTCTACTTTTCTTAGTACCTAATATTCAGTCAGCGTTTATTTCTCAAGAAGGACATTTTTGCTGAGTTCGTAGTGTTAAATAGACACTTCGAAGCCACACATTACCTCAGGATCTAAATTCCTACCTAATGCTTGATGCTTCAACTTGACAGCTCTTAAAGTTTTTGTTCTGGTTACCACCTCACATTTATGTCTAACAACCAGTCTTGAAATTATGAGATATGTACTTAATCCCTCTGGGCAGAAATGACTGGTCTGATCTATAACTCAAGGCAGGCTGGCTTTCCTTTTACACGATGACATTTTGCATCTTATATGTGTAAGCATTCTATTCACAAAGACAGTGAAGAGCCCTGTCTCTTCATTGGAAGAATTGTGTCCCTTCTGACTCACATTTTCAGGGATTTCTTTTATCTTAGCTTCTGCTTCAGATGCTTAGCGCAGATAGTGAGCTGGTTAAAGGGGTTACTTTTAAACATATGTCTGTTAATGGCTAGGCCTATTGTATACCTTGAGAAATATTTTTTCAATGAAATTTTCTTTTCCAGCCTATAATGAAATTATGAAATTAAGTGACATATTATCTGTAGGAGTAAAATAAAAATGTCAGGTGCTGGAGGAATTTGTCTTTAGGTGCTATTTATTTGTCTTATGTAGAATAAAAATATTGTGGCCGTACCTGGAACCCACTCACTGTGTGATAGCTTAGGGTCATTTAAGGAAGCTGCTTTTTACATATTATTCAGCAATATTCAACCATTCCTTCAGCTGCCATGGATGGGTCCAGTGTCGATGTAGCCATTGACACGAGGCCAGATCCACATATACCTTTAACACTCATCTGTGACTAAATGTTTAACAACCTTGAGGAAAATAGAAAAATGTCTCAGGTTTGAAATGTCTCTGCTCTTTACACTGAAGTTTTCCTAGTACAAGT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Seq C2 exon
CAAACCTTGAAGAAAAAATGGGTGGAGCTCAGGTCTCTGCACTTACAGGAACAGCGCCTGCTGCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004772:ENSRNOT00000006387:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.043
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(4.6=16.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]