BtaINT0048650 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019980 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr4:102117969-102134084:-
Coord C1 exon
chr4:102134019-102134084
Coord A exon
chr4:102118041-102134018
Coord C2 exon
chr4:102117969-102118040
Length
15978 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
CTCTTGTTCTAATATTCTAGGGC
3' ss Score
9.93
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCTTTCAGCAAAAATTCTCCTTCCACAGTAAAGAGATTGTGGCTATCAGCTGTTCCTGGTGCAAACAGGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019980:ENSBTAT00000026616:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.273 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PU(28.3=77.3)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=FE(38.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]