MmuINT0048850 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038665 | Dgki
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443430]
Coordinates
chr6:37067314-37087694:-
Coord C1 exon
chr6:37087629-37087694
Coord A exon
chr6:37067386-37087628
Coord C2 exon
chr6:37067314-37067385
Length
20243 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
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8.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCTTCCAGCAAAAGTTCTCCTTCCACAGTAAAGAGATCGTGGCCATCAGCTGTTCTTGGTGCAAGCAGGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038665:ENSMUST00000101532:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.242 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PU(28.3=77.3)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=FE(38.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types