RnoINT0047038 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000026705 | Dgki
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:RGD Symbol;Acc:735049]
Coordinates
chr4:64596782-64619042:-
Coord C1 exon
chr4:64618977-64619042
Coord A exon
chr4:64596854-64618976
Coord C2 exon
chr4:64596782-64596853
Length
22123 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
CTCTTGTCCTACTGTCTCAGGGC
3' ss Score
8.82
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTTTGTGCGCCATCACTGGGTCCACAGGAGGCGGCAGGAGGGAAAATGTAAGCAGTGTGGTAAG
Seq A exon
GTAAGGGCCCAGCCACCCACGGCCACTACAGCAGGCTCCTCGAGCCTTGGCAAGCACCCAAGGTAGATGGGTCGCATCTCCAAATGTGATGTCCCCTGCATTTCTCTCTTTTCCGAGAGGACTTCCTTTTGATTCTTCTAGCAGTCCCTACAAACAGTGACCATCTAAATTAAGAGGAAATGATTTTAGTTTTCAGAGATACGGTTGCAGTGGTGGAAGGACTTGTTGAATTATTGAAAACCGAAGTTTTCCTATTTTGCCAAAAGTCTTTCTTGAAGATTACTAGACCAGCCTGTTCATTTGATGAGCAATACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAGGCAGGCAGTTAAGCTGATACACAAGTGTGGGCATATGTCATGACACACAGTGCTGGGCAGAACTCTCTAGAATACTCCACAGTTAGAATCTAGAAACATGTCGCTTTTAAGAGTCTCTGGTAAAAGATGTTTTCTTCTGTGGTGGTTCCGTATGCCCTTCAGGGTACAGGGCCTCTTGAAAGAGTGAGGTGGGTCAGGGCTGGTGGGTACTGTGACCAGATGCTGTAAAATGCCACACATTCACTATTGTGCTGACCTTGACTTCTTTGAGACTCAGCGTTTCCCTGTGTACAAAGATTGACCTTACAGGTGCCATGTCTGTTGGGACAATGAATGTGTAGCACACTGCATAGATTCTACTTGAAGGCTGTCAGTAGGAAGCAGATGTGCTTCAGTCAAGGGGAGTTATGCTTCCTGGGAATATATTCATCGTCCATTGATTGCTGATTTATTATTTGTTCACACTACTCCTTTGGTCAAGCATCAGGCTGGTCGATTGGTATAGATAGATTAGATATAGATATAGATATAGATGTAGACGTAGACGTAGACGTAGACGTAGACGTAGACGTAGACGTAGACGTAGACGTAGACATAGACATCATAGACATAGACATAGACAGACATAGACATAGACATAGACATAGACACATAGACATAGACATAGACACATAGACATAGACATAGACATAGACACATAGACACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACAAAGACATAGACATAGACATAGACATAGACATAGACAGACATAGACATAGACACATCTCAATCCAGAAATACTGGCAGTCTGGGGCAGGATGAAGAGACACAAGGGAACAATTGTATTGATTTTGCTGTTTTGCTCTGTGTTTATAGAAAACATGTCGTAGTCTTTGGTTACTATGTTCTTTGCTGGAAGGCTCTAGGTCATGGTCTTCCACTGTAATGAGTAGCATGTGTTCTCTTCAGTGCTGTGGCTTTCAGTTAGTCCTCTTTTTCATCTGGGAAGGGGACAGGCAGAATGTGTTCAAGGTGGAGAGTGAAGTGAGAGGGGATATGAAAGAGTCAGGGCAGAGAGAAATATGGGATCTTTGGCCCAGAGAAGAAAGTCGGCCTTCTGGTCTCACGGGAGTGCCCTGCACTGGTCCATGCGTCCCTTCTTCTGTGGTGTGGATATAGGTGTGTTTTGCTTCAGGGGTTGTAGGCTGTCTATAATGGGGAAGAGATGAGGCTGGTGAGAAGGGAGAGCGTGTGGAAGAAGAGACTTGACAGGCAGGGTTTTGGAGTCAAGGATGGGACTGTGAGAATGCTGTTACATTCCTTTCTTTGGAAAACCATCATCCGGGAGAACTCTATGGTGCACATCACTCAGCTGTTCCGGTCCTAATAGAGCTACGTTAAATGAGAACCCACAAACACATTGTCTTTTTTGAGGAATATTCCCCAGAGCCATATTGCACCTCCTTTTATGGTGGCTTAGTCAACTGACAGGAAAGTGCTGGACTCTCTGTACCCTGTGATGCTCTGGCCTTGCCTCCCTCCCTGGCCCGTGCTCTTAGGCAGCATCCACAATGCTCACAGCTTGCTGAGCACCACGGCTATCACTGGACACGACCTGATCCATCACACACTGTTCCCATAAAATAGCACGGCTGTGTTCCTCTCCTGTGTTTATAGTACTGTTGCCTATGAAGTCTCAGGCTCAAGCAGTTACGAGATTGATGTTTTTAGATATGTGTCTCCTTGCTGGATAATAAATAGCCCTCCTCTGGCTCATACCCTCTACCCTAGACTGGAGACAAGTTAATGACTCTGTTCTCATTTACAGAAGAAGGGATTGGAAAATCACCTCAAGTCCAGGTGCTCTGTGTAATGTCTAATAGTGCTATTGCCAATTCTTACACTTTCTTAGATTCTAAACCCTACCCAGCCTTCCCCTCATACAGAGGCAAGCATACACGCTCATGAGCGCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACATTGTGGAGAGAGAGGGAGCAAGGGAGAGAGGGAGAGAGCACTCATGGCGAGGAGAGGAAGGAGGGTATATCTTGTTATTCTGTAACTTACTCATTGGGATAGGATTAAAAAGACAAGCGCTTCGCTTAGGAAAGCTTCAGTTGTGTATAATTTTGCATGTATTTTCTAGTGTTTTGTAAGTGGTTTCGATCTCTACTTTCTAATTCGACAGTAAAATAAATATTTGGAACGATCTTCTCTGGAACCTTGACTGTGCATTTGGCTGTGTGTGTATGGCTATGACTCTCCCATGAGGGAGCCCTTGATGGAACCACATAATCTTTTAACATGAGCTTCACCCCAGCCTACCAAGTTTATAACCGTTGTGCATAGTTTCATGTCATTTATAATTTTGTATTGTGAAAGAGGCAAAGTTGAGTCAGAAAGAGATGAGACACTCACACTCAGATCTGGCAAAGGTTTAATAGAGAGAATATGTAAGCTGTTTGAAGAGGGTGTGGCAGGGAAACCACAGTGGTGATGAGGACCACAGAGATGACTGCCAATAGGGAAGGGAAGAGACCGGAGCCTGCGAGGGTCACAAGATGGGAGGGTCACAAGATGGGAGGGTCACAAGATTTGAGGGTCACAAGATTCAAGGGTCACAAGATTCGAGGGTCACAAGATTTGAGGGTCACAAGATTCACCAGCTGAGATGTCTTCTCACCTAGGAACATGTAGATCTTCATTTGCTTCCAGCCTATAATGGCCAAAACCACTGCAAAGGAGAACCCAAAGCTAGTCCATAAAGGGCAACTTTGTACTATGGGATGTAGGATCTGCAGTCTATCCTTAAAGCCAGGACACATGCTGCATCTGCCTGTAACTAACTCCTCCTCACGGTGCTCATTCAGCCCAGATGCACACAGCAATGAGTTGTCTAATGCTTTTCTTTTTTTAATGTCAAAACGTGGAGGAAAAGTATATTAATGATTACAGCTGAATGGACCCTCAACATTAACCTACCAATTAGCGTATTTGTAGAGACATGTTTCTTCATTACGGTTTGAGAAAACATCTTTTGTTTCTTTGATCAGGAATGTAAAAACATAAAACAAAAGAGCTGCTTTAAAGACTCAAAAGTCACTTTCAAAAGTGTTTAGAATTTTTAAAGTGTTAAACATACTTGAACGGCATTTATAACTACTATTTATATTTTATGTGTATGGGTTCTTTTGTCTGTACACCACATGCATGCAGTACCCATTCACATAGGGTGTCTGATCCCCTGGAACTAGAGTTAGAGACAGCTGCGAGCCCACATCTGGGCACTGGGTCCAGATCACTGTAAGAACAGTGTGAGAAGTAGTATGTAAAATGCACATGTAAAGTGCACATAGTAGCTTTTGTAACAGATAAATGAGGTGATTAAAAACATTGTAGGGGATACAGTTAAGAAATCACAGTGAAAGGAATTATAGGGCTGAGAAATAATAACAAGTGCTTACTCGGAGCACTGGGGGCACATTTCATTAAAGAAATGAAAGATCCACCCTATAGTGATCTAAAAATGTGTGTGCACCAGAATCAACTTCCCATACGCTCTGCTACTGGGCTGTGGTGTGAGCGAGCATTGGTAAGTCTGTGTGCGTTGGTTTCCTTTGCCTGCCTGCGTGTTTGTCCTACTGCAACAGAAGTGGCTTTTTACCACTAGTCGTCAGAAGATCACGGAGGAGGTGTAGACTGGCACAAAGTCTGTCTGAACTCTCTGTGTGGACCCGGATGAGAGACTGGCCAGAAGCCTGACTTTGGTCCCGTCTGCAGCTGAGAGCAAGAGAGGGATGGCGGCAGTCATCACTTTACTCTTTGTGGAGCATAGAGGTGTTTTCATGGTGTCCTTATTTGGTATCTGGCTTATTTCACTTAGTGTACTGTCCTTTGGGTTCATGCAGGGAGAAGTTGGAGGTAGTAGTTAAAGGATTCAGTGTTCAGTCGTGCAAAATGAGTAAGTCTCAGAGATGTAGCAAGGTCTCTATAGTCAACAGTGCTGTGTTAGACACATGGCGTTTTGCTAAGAGAGTAAATCTTATGTAAGTTGGCTTCCTCCCTCCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTGCCTCTTGCCTGATTGCTTGCTTCCTTTCATGGTGCTTGGAATTGAACCGAGGACTTTGAGACTGCTAGGCGATCGTCTCACCACTGAGCTACACCCCCAGCCCTTACATAAGCCTTCTTATTTCTGAAAATGAAGCAGGTGGGAGAAAGCTTTGGGAGGCTATGAATATGTTACTGGCACAGTTGGTGGATCTGGTTTCACAGGTATATGCTTTATCTCAAGTTGTGTATTTAAAATCTACAGCCCTTT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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]