BtaINT0050245 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013078 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2942]
Coordinates
chr4:30487242-30493731:+
Coord C1 exon
chr4:30487242-30487328
Coord A exon
chr4:30487329-30493572
Coord C2 exon
chr4:30493573-30493731
Length
6244 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
TGTTTCTGCTTTCTCCTCAGGCA
3' ss Score
11.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAAGCAGGCAGAGTTCAGAGAGAGATTCAGATTCTATGCGCCCCTTCGTTTTAATGCAGAAAATCCATATACAGTACTCGATAAG
Seq A exon
GTAATGTGATTGCAGTGATCTTGTGTGTTATAATAGCTGTTTTAAAAAAGAAATTGGGCACTGAGATATTGCTGTATTTTACCTTAGTTTTGCAATTAGTTATGGGTTGAGAATTAGCTCTATAAAACCCAGTTATAAATCATTTTCCCCAAGTAAATTATATTGTGATTTAAATCATGTCTCCCCAGAATGCTGTTATCATCAAAGTACTCATACTAATGAAACTAACAACTACTATTATTTTTTAAACACTTTGTATGTCAAGAACTTTGTTAAGCATGTTACATACGTTATTTATTTCAGTTCTTGCAATATCCCTATGATATAGCTTCTATTCTTTTTTTCAGATAAAGATATAATCATGTATAACTGAGTAACTTGTTGGAGATAACACAGTTAATGACAGAATCAGTGTTAAAATTTTAGCTGTTTATTTTTTTAAAAGATGAGAAATATTGACCAGTGTGCTATTTCCTATGTGATACTTGGTTCATAATTCTTAATCTTAGTAAGAAAAGTCCTTACTCTTACTTACTCTTCCACCCGCCTCTGATTTATGTCTTTGCCTCATTCTATACTTTTCTTCTTTAGGCTTGATTACATGTCCTCAATCTCACTCCCAACTGCACACTATATATGTCTCCATGCTCACTCCCCAAATATATGTTATGTGGTTTTCTGGAGGTGGCTAGTGTTTTAGGGCCTTTCAAGTGAATGCCCATAACTTATTCTTAATTCTGGATACAAATATTATTGAGTCATGCAATCCTAGTTCATAATGAGCTACTTTATCATAGTTGACTATAAGAACGTATGTAACTGGCAGATAATCCAAAATGGTACATAATTCATGAGGCTTAAAAAAACATTTTAAAATTTTATTAGAAAAATTATATCTTTGTTTCTCTAAGAATTCTTAACCTAGCAGCCTAACTGATGACTTTGAAGCTTAGATTCAAGGACCGGGAGTTTTTCTGGGTTCATGTAGGCTGCCATCCTGACTTGATTTCATGCCGGAGATAGTCCTTAGTCCTTTTGTTGTTGTTGAGTCGCTCAGTCATGTCAAATTTTCTGTGACCCCATGGACTGCAGCACGCCAGGCTTCCCTGTCCTTCACTATCTCCTGGAGTTTGCTTAGACTTATGTCCATTGAGTCAGTGATGTCATCCATTTAGTTCCCTGTTGTCCCCTTCTCCTCCTGCCTTGTATATTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAGTGAGTCAGTTCTTTGCATCAGATGGCCAAAATAATACTCCTTAGACTCTTGTAAGGCTTGAAGCTGACATGGTTTTTTACTTCTCTTTCCAAATTTTGGTTTGAATTTAGTTTTAACTGCTTTCAACCATTCATTAAACACCATTCTATATAGCATGAGTTCTTTTCTTTCACTTGGCTGAGGGAAAGTGGTTAATACATTCACTGAAAAGGGAGTAGGTTAGAATATTCTAATACTGTTAGTTTTTTTTTAAGATTATACCTACATTGCGGGTGGTCTCAGCAGATTGGACGGGGAGATGTTTTTCCTTGACTGTGCGCTGTGTGTAAACATTTCCTGCAGTTATCATTTATTGAGTCTTACCATTTTCCTGCTATACTATAACACCATATAGTTACGTATTTAAAAGTCAGTTATCTAACTTTGCACCTATAGAATATGTTGAGGATTTATACAAAGTTTTAAATATAGTAGGACTCGGTTACTTTTATCTTGAAGTCATTTTTTTATGTGTTTGTTCAACAAGCGTGCCTAATGTTTATGTAACTAGCTTTAACCCAAGTCAGGTATATGCTTGTTCTGGACTGACATGGTAGGTCCCAGTACTCAAGGCACTTCACTCCAAAAGATGGAAACCATTGACCCACCAGGAACAAGGGGAGTAGTGTGGTACATCTCTCCTTTTATAACCAATTACTGGGAAATTTATATTATGTGCTATTCTTTCTTCATAGCCAAAGATACAGTGAACAATTGAATTAAAATAGTTAGGTTTATATTTCTAGGAATAATTAGTATAACTAATAGGGAAATAATTAAAAATAAATAAAACGGCTGTTGACTCTGGGGAGTGTGGTTGACTAGCCATTTCGAAAATCCCTCTTTTATAGAACAGATGCTGAAACATGTCCACAAATAAATAATTCTAAATCTATTGCTGAGTTCCCAAGAAAACAAGAGAAATCTTTAAAGGGCAGGAAAATAGAGTAGCTGAAACCAGGATGGAAAGCAGAGGGAAACATAAAAGCCTGTGCTGCTGTAGGGGCAGATCAAAGTACCAGAAGTCTAGAACTTTGTAATTAGCCCTTTCAAGGCAAAGGAGGAGATCCTTTTAAGAGGGCTTCCCTGGTGGTTCAGCTGGTAAAGAATCCACCTGCAATGTGGGAGACCTGGGTTTGATTCCTGGGTTGGGAAAATCCCCGAGAGAAGGGAAAGGCTACCCACTCCAGTATATTCTGGCCTGGAGAACTCCATGGACTGTATAGTCCATGGGGTTGCCAAGAGTCGGACACAGCTGAGCAACTTTCACTTTCACCCTTAATGAGAGGGTGGGCTGGGAAAATCTGCAGCCTGCAGGGAGCCTTTGAGATGACAGTCTTTGCTCAGAATAGGGTGAAAAAACAGAGAAAAGGATCCTCTGGGAATTGGTAAACATGGGCCTGTTCTCCCAAGAATTGTGGTTCAGTTTTGTTCTACTCTGATAGTTAAGGAATTTCCAGGTCAGGAAACTGAGATGGTTACAAATAGTTCTTAGCACACAATAGAAGCAAATCCAGATCTCCTCTGCATAGAAGAGAATAAAGTGATCTTATTCTAATCTCTTCAGGGGCCCAACAGATTAAATTTAGTTAAATTTGAGTTTACGGTAAAATAAACACACCATCATGCATAAGGGCCAGCAGAAAGAGCAAACGACAGATACAGACACATATAAAATGTCAGATACTAGAAAACGTTTATTGGGACTACTCTGGTGGTCTAGTGGTTAAGACTGGGCTTCCACTGCAGGGGGGCTGGTTTTGATCCCTGTCAGGGAACGAAGATGCCACATACACATAAAAAACAACTCAACATTTATTATGGAAATAAAAGGTAATATTGAAAAAAATAAGCAAGTTCTCAGTTTTGAGACTATCAAAAATGATCAGCTGAGTTTGAAAAAGGACCAGGGACTTATGGGAGTGAAAAATAAAATTATTTTAAAAGACACAGCTCAGTAGTGGTTAAAGAACTAGTTAAATTGAAAAGAGGATTAGTGAAATGCAAATGACATTGGAAGGAATCACTTAGAAGACAGCACATAGGTGAAAGGAGATAAAAAATACAGAAGAGAGAAGAGATACAGAGTAAGAAGTTAGAATGATGTCTAACTTTTCTACTCAGACTTCCTGGAAGAGAGAATAAGCAGACTATTAGACAAGCAGTGGAGATAGAGTAGCTGGGATTTTTTTTTTTTTTAAGAACTGGTCAAAGCATGAATCAACTGATTGATGATATTCACTGATAAAGGTTAAATACAAAGTCAACATCTGGACACATCACAATGAACTACAAAATACCCATGGCAAAGAGAAAACCTTTAAAGCATGCAGATAGAAAAGACAGATTATCTGTTAGAAGTGATACCTGAGGTAAGAGCATATTTGTCACCAGCAACAATGGAAGCTGGGCGATAGATGGTTTTTTCCCAATTCTCCAGTGTAAAATTATATTTCAGTAATGAGTATATTTAAGGTAAACAAAAGCAGAATGCATCAACCATCAACAAATCATTGCTGAAATGACTTCCAGTATGTATATTCAAGAAAAGAGAGGACAAACAAAGCCAAAATTGATTCTCAGAAAAGACTAATTATATTGACAAATCCCACGTGGAATTAACAAGGGAAAAAAGAAAAATCCACAATTCTAGGAATAAATAGGGAATGGCAGTACAGAAAGAGCAAAAATTCAAAAGATCATCAAATATAATCAATAAAATTTAAGCAAAGTGGGTACATTTTTGGAAAAACAACTTACTAAAACTATCTCAAGAAATAACATACCTGAATAGTCCTATAACTATGAAAAATTAACCAATAGGAAAACAAAAATATAAACCATTAGTTTAAAACAGAGTAACAGGCTCCAATGGGATTATAGGTTAATTCAAGGAGCTTTCTGAAATAAACCTCATTCATATGCTTCCAGAGCCCAGAAGAAGAACGAACACTCAAAAATTACTCTATGAAGCATGTCTTATTTTTGTGAAAGGACAATATGAGAAAGGAAAAATTATAAGCCGTTCTTTTTTCTGTACACATAGATACAAACAAACTAAACCAAACCTAATCAAATAATCCATATAGATTGGTTGGGTTCATTCCAGGAAAATGTTTAATTTAACATTAGAAAATTAATATAATTCATCATGTTAATAGATTAAAAGAAAAGTCATATAATCATCTTAAGAAATGCCAAAAGATCTTTAGGTATCATTCAACATTCACTTATGATAGACACTCTATCCTTTTGACCCATTAAAGGATAGCAAAACTCTATTTATAAAGACATTTTTACCAGAGCACATAAAAATCCTAGTAGCGTTAGTGTTAATGGTGAAATACAGAAAGGACTATCAGCAGTAGAATAAATTAATTGTAGTGTATTCACACTGGGTAGTGCTATAAAGTGGTTGAAATGAACTTAATACATACTTTTCATGAATATGTAGAAGTACCTCAAAAAAAAAATATCAAAATTCTTAATATATAGTGTTCATATAAATTTCCAGCCATAAATTCTAAGAGTTTAGCATTTGCAGTACAAACACATGTAGTGAAAATATTATAAAATCAGTGATGTTAAATAAAAATTTAGTGATTTTGTTTATAGTGGGAAAGAGAAGGATAAAATTAAGGTCATTAAAAGTTATTAGTAATAAGTATTTCCTAAGCTGGATGGTGTGTACGCCCATAGCCAGACCCCTTTTTATGTGTATGGAC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Seq C2 exon
GCAAATCAAGAGCTTGAGGCATTAGAAGAAGAGATGCTGCAAATGCAGGAATCTACTCATCTTTTTGAAGTGGCTCTTCCAGAGTACAAACAAATGAAGCAGTGTCGCAAAGAGATAAAATTGCTCAAGGGGCTCTGGGATGTCATTATTTATGTTAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013078:ENSBTAT00000061103:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF083938=DHC_N2=PU(7.6=43.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]