BtaINT0050292 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013078 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2942]
Coordinates
chr4:30688350-30709676:+
Coord C1 exon
chr4:30688350-30688520
Coord A exon
chr4:30688521-30709440
Coord C2 exon
chr4:30709441-30709676
Length
20920 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
GCCTGACTCTGATTCTCAAGGTC
3' ss Score
5.85
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTCCATCCCAATAACTGAAGGCGTGGACGTGATTGCCATGTTGACGGATGATGCCACCACCGCCACCTGGAATAACGAGGGACTGCCCAGTGACAGGATGTCCACGGAGAACGCCGCCATCCTGACGCACTGTGAGCGCTGGCCCCTGCTGATCGACCCCCAGCAGCAAGGGATCAAGTGGATCAAGAACAAGTATGGGACTGACCTGAAAGTCACACACTTGGGCCAGAAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013078:ENSBTAT00000061103:63
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.076
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127772=MT=PD(15.4=93.0),PF060097=Laminin_II=PD(23.3=35.1)
A:
NA
C2:
PF127812=AAA_9=PU(28.5=82.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]