HsaINT0049350 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000105877 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:2942]
Coordinates
chr7:21847501-21856320:+
Coord C1 exon
chr7:21847501-21847667
Coord A exon
chr7:21847668-21856084
Coord C2 exon
chr7:21856085-21856320
Length
8417 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ATTCAACTCTGATTTTAAAGGTT
3' ss Score
6.35
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAGATTCGCTGGGGTCAATCCATTAAGTCCTTTGAAGCTCAAGAGAAGACACTCTGTGGAGATGTTCTTCTCACGGCGGCATTTGTGTCTTACGTCGGACCCTTCACAAGGCAGTATCGCCAGGAGCTGGTGCACTGCAAGTGGGTTCCCTTTCTTCAACAGAAG
Seq A exon
GTAAGTTCAGTTCCTTACCTTGTCAGCAGGTAGAAAGATCACATTGAAATTTCAGTAGTAAAACCCACATATATGCCAGGCGCTTTTGGACGTCTGTAATGAGAACTGACCAGAAATTCCATGGTGAAATTGTTTCTCATGTGCTGCAGTTTTTCTTATTTTTACAAAGTTCATAATAAATATTTCATTATTTTTAAAAATGTTTTTATTGATCTATAATACTCATATATATTTTTGGGGTAATGTGATAGTTTGATACCTGTATACAATGTGTAATGGTCAAGTCAGAGTAAATAAGATATCTATCACCTGAAACATTTATTTTTTCTCTGTGTTAAGAACACTATAATTCTTCCTTTCTAGCTGTTTGAAATATACAATAAATTATTAACTACAGTTTCCCTACTGTGTTATTGAGTACTGGCACTTATTTCTTCTATCTAACTGTAGTTTTGTACCTACTAACCAACTTCTCTGCATCCCCTCTCCTCCACTTCCCTCCCTCTGGTTCTCTGGTAACCATCATTCTACTCTCTACCTCCATAAGATCCACCTTTTTAGCTCCCACATGTAAGAACATACGATATTTATCTTTTTGTGCCTGGTTTATTCCACTTAACATAAAGTCCTCCAGTTCCATTTATGTGGCTGGAAATGACAGGATTTCATTGTTTTTATGGCTGAATAGTATTCCATTGTGCATGTATATCATGTTTTCTTTATCTGCCCATCTGTTGTTGGACACTTAGGTTGATTCCGTGTCTTGGCTATTGTGAATAGTGATGCAGTAAACATAGGAGTGCAGGTACCTCTTTGACATACTGATTTCCTTTCTTTTGGATATATGCTCAGTAGCTAGATTGCTGGATCATATGGTAGTTATTTATTTTTTTTGAGGAACCTCCATACTGTTTTCTGTGGTGACTGTACTAATTTAAATTTCCACCAGCAGTATACAAGCTTTCCCTTTTCTCTACATCCTCACCAGCATTTGATATTTCTGTCTTTTTGATAATAGCCATTCTAACTGAGGTGAAATTATATCTCACTGTGGTTTGGATTTACATTTCCCTGATGACTCGGTGATGTTGAGCATTTTTTCATGTTACCTATTGGCCATTTGTACATCTTCTTCTGAGAAAAATATCTATTCAAGAACTTTGTCCATTTTACGATCAAGTTTTTTGCTTTATTTGCTATTGAGTTGTTTGAGTTCCTTATGTATTCTGGTTATTGATGCCTTGTTGGGTGAATAGTTTGCAAGTATTTTCTTCTGTTCTGTAGATTATCTTTTCACTCTGTTGGTTGTTTCCTTTGCTGAGCAGAAGCCTTTAGCTTGATACGATCCCACTTTTGCATTTGTTTGTGGTCTTAACCAAAAAATCTTTGCCCAGATGTCCTGAAGCATTTTCCCAATTTTTCCTATAGTTGTTTTATAGTTTCAGGTCTTATATTTAAGTCTTTAATCCATTTTGATTTGATTTTTGGTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTATATTTTGTTTTTTTGAGACGGAGTTTCCCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTTCAGTCTCAGCCCACTACAACCTCCGCCCCCGAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATAGGGTTTTACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATTCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGAATTACAGGTGTGAACCACTACACCTGGCCTGATTTGATTTTTGCATATGGTGAAAGATGGAAATAGTTTTTCTTATTTTAGTGATGGTTTCAACAAGAACATAAAAATTAATTATGTAAACTTTAGAGTTATAGTTGGAAAAGTGCTTTAAACAGAAGTGATAACTGAAATCAAACTCAGATCATCATGTTATTGAATAGCATGAAACTTTTTGTTTTCTTACTAATATTATGGGTTATTTGTTAAAGATTTTTAAAAGACTACTTTCAGACTTAAAGTGTAGCATTTTATATGTAAGTATAAAGTAGCTTACCCTAAATTTGAAAATTCAAACCCATAAGCAAAGTGAAGTAATAGATTTGCACGATGTAAAATCATCTAGTTTAAGATACTCCTTGTACAAATGAGAAAACTGAGACAGACAAATGACTCCACTTCTGTCATAGAGAATAGAAAATCAGACCTCCTGATTTCCAGGACTCTATTTTCTATACAACACTGTCATCTCAGTTGATTAAAACAGATTCTTAGTTTATATATCCAGCCCTTTCTGGAGTATGGAGACAAAGATGGACATGGGCACAGATATTATTAGAAAATTGAAGCACTCACACCTGCTGGTCTCCGTTACTTTAGGGAAGTAGGAAAATGCAGTGCAAGCTGGCCAAACCAAAGGAAATTGAAATCAGGAGAACAGTTTTGAGGAGAGTGGTAAAAATATCAAAAATACCTGTGAAGGGCAACAGGGGAGTAGATGGTAAGAGTCGCCACACAGCTTTAAGAAACCCAAGACGTATTTGGACAAGATAAGTTTATAATCACAGTAATAAAGCTTTCATCAGAATACTCAAAGTCTAGGAGTAAAAAGAGAGGAAAGAGAATGCCAAATCTAGCCAGGTTTATAGGCAGGTAAGCCAGAAAGAAAGGAGGTGAGGAAAGTCAAGCAGTGACTAGCAGAAGAGTTAAGAAATGGAAGGAGCATTTTAGGCTGAAAAGAGATGGGAGGTTAGCCAGAAGTTAGTGTTAAAATATGGTAAAGTTTCCCAAAACCTTAAACACAGAATTGCCACATGATCCAGAAATTCTACTTCTCAGTATATACCCCAAAGAAGTAAAAGTAGGAATTCAAACACATGTTTGCTTGCCATTGTTTATAGCAGCACTATTCACATTAGCCAAAAGATGGAAGCGATTCTTGTGTCCATGGACAGAACGGATTTTTAAACATACGGTATAAATACACAACAGAATGTTATTCAGCCTCAAAAATGAAGGAAATTCTGGTATGTGCTACAACATGGATGAACCTTGTCAATATTAGGCTAACTGAAATTAGCCAGTCACAGCTGGACCTGGTGGCTAATGCGTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCATGGCGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCCCCCCCTACTAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCAGGCTATTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTAAACCCAGGAGGCGGAAGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGATGCCATCTCAAAAAAAAAAAAATTAAGCCAAAAGGACAAATACTTCAAACTTTACGAGGGACCTAGAGCATTCACATTCACAGAGACAGAAAGTGGAATGGTGGTTACCAGGGGCTGGCAGAGGGAGGAATGGGGAGTTATTGTTTAATAGGTATGTTTCAGTTTGGGAACATGAAAAAGTTCTGGAGCTAGATAATGATGATGGTTGTACAACAATGTGAATGTACTTAATGCCACTTGAACTGTACACTTAGAATGGTTAAAATGACAAATTTTATGTTAAGTATATTTTACCACAGTAAAACTGTAAATAGTAGGGTAAAGTCCTGGTGTCTTAATAGTATTTAGAGTAAGTGTTATGTTTAAAGATGTGAAAGAGATGTAGACAATCATAATCAAAGAGTTGGGTACAGGAATTTTAGGTTTCAATGATGAAATAATTTCAGATTGTTACAAAGCCTGGGACTACATTTCCCATCAAAAAAGGAGGTACTCTAATACCCCTCCAAAGACATATCACCATCATGGGGGGTGGGGATGTGCATATCGGAAGCCAGGGATGGGGGTGTTGTATAATCTTCCCGGGTGATTCTGATATCATCCCCTTCCTCCCCCAATTCCCCCAACTGGAATAGAAAGGAAATACAGTGCTTTAACATGAAAGATGTCAAGGCCAGAGAGTGGAATCATCATCTACATGGGCACTGAGGTTGTCAAGGATTGATAGCAGAACTTGGAAAGGCGAGAAAGACCAATAGCTATATCATTCATAAGATGGGGAAATAGATTGGAGATTGTATATCTGGAGTCCATGGGTCTTAAAGGTGGCATTTTGACTTAAGGATGGAAGAATCATGATTTGGGTTGACTTGCAGGGAAGAAAGAGGAATAGCAACTCTTTCCCACACCCACTTTTCAGTAATGGGATTAAGAAAATGAACTGTCCGCCGGGTGTGGTGGCTCACGTCTCCCAGTGCTTTGGGAGGCCAAGGCAAGAGGATCTCTTGAGGCCAGGAGTTTGATACCAGCCTGGGCTACACAGTGAGACACTATCTATATGAAAAAAAAATTTTTTTTAAACCCAGCCAGGTGTGGTGGCAAAGAGGCTGAGGAGGGAGGATCACTTGAGCTCAGGAGTTAGAGGTTACAGCAAGCTATGATGGCACCACTGAACTCCAGGCTGGGTGACAGAGTGAGACCTTATTTCAAAAAGAAAGAAAAGAGAGAGAGAGAGGTGGGAAGGGAGGAAAATGAACTCTTTCCACTTCAGAAGGCCCTCAAGTGAAATGAGACTCTAGAACAATGGCTCTTGCACCCCAGCCTCCTGTTAAAATCATGTGAGAGGGAACTTTTGAAATGCATTGATGCCTGTTGATGCTGAATCACTTGGGGGAAGGGCCAGGCCTGTTGGCAGCTTTTTAAAGCTCTCTCATAAGTCCAGTATCCAGCCTGGGGTTGACGGCCATTACCCTTGGGGGAGAGCCTGGTTTTGCTTAAGACAAGCAGGTAGAGAAGATAAGGCAATTTGGTCCAAACAAGACTAAGATACTGAAGGGTATGGGGGAAGGGTTGTCAGAAAGTACAACCATGGGGCATGAGTTTG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Seq C2 exon
GTTTCCATTCCACTAACCGAAGGCCTGGACTTGATATCCATGTTGACGGATGATGCTACAATTGCCGCCTGGAATAACGAAGGACTGCCCAGTGACAGAATGTCCACCGAAAATGCCGCTATCCTAACACACTGTGAGCGCTGGCCTCTGGTGATAGATCCCCAGCAACAGGGAATTAAGTGGATCAAGAATAAGTATGGAATGGACCTGAAAGTCACACATTTGGGCCAGAAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105877-DNAH11:NM_003777:63
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127772=MT=PD(15.1=92.9)
A:
NA
C2:
PF127812=AAA_9=PU(28.5=82.3)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)