Special

HsaINT0049350 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000105877 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:2942]
Coordinates
chr7:21847501-21856320:+
Coord C1 exon
chr7:21847501-21847667
Coord A exon
chr7:21847668-21856084
Coord C2 exon
chr7:21856085-21856320
Length
8417 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ATTCAACTCTGATTTTAAAGGTT
3' ss Score
6.35
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAGATTCGCTGGGGTCAATCCATTAAGTCCTTTGAAGCTCAAGAGAAGACACTCTGTGGAGATGTTCTTCTCACGGCGGCATTTGTGTCTTACGTCGGACCCTTCACAAGGCAGTATCGCCAGGAGCTGGTGCACTGCAAGTGGGTTCCCTTTCTTCAACAGAAG
Seq A exon
GTAAGTTCAGTTCCTTACCTTGTCAGCAGGTAGAAAGATCACATTGAAATTTCAGTAGTAAAACCCACATATATGCCAGGCGCTTTTGGACGTCTGTAATGAGAACTGACCAGAAATTCCATGGTGAAATTGTTTCTCATGTGCTGCAGTTTTTCTTATTTTTACAAAGTTCATAATAAATATTTCATTATTTTTAAAAATGTTTTTATTGATCTATAATACTCATATATATTTTTGGGGTAATGTGATAGTTTGATACCTGTATACAATGTGTAATGGTCAAGTCAGAGTAAATAAGATATCTATCACCTGAAACATTTATTTTTTCTCTGTGTTAAGAACACTATAATTCTTCCTTTCTAGCTGTTTGAAATATACAATAAATTATTAACTACAGTTTCCCTACTGTGTTATTGAGTACTGGCACTTATTTCTTCTATCTAACTGTAGTTTTGTACCTACTAACCAACTTCTCTGCATCCCCTCTCCTCCACTTCCCTCCCTCTGGTTCTCTGGTAACCATCATTCTACTCTCTACCTCCATAAGATCCACCTTTTTAGCTCCCACATGTAAGAACATACGATATTTATCTTTTTGTGCCTGGTTTATTCCACTTAACATAAAGTCCTCCAGTTCCATTTATGTGGCTGGAAATGACAGGATTTCATTGTTTTTATGGCTGAATAGTATTCCATTGTGCATGTATATCATGTTTTCTTTATCTGCCCATCTGTTGTTGGACACTTAGGTTGATTCCGTGTCTTGGCTATTGTGAATAGTGATGCAGTAAACATAGGAGTGCAGGTACCTCTTTGACATACTGATTTCCTTTCTTTTGGATATATGCTCAGTAGCTAGATTGCTGGATCATATGGTAGTTATTTATTTTTTTTGAGGAACCTCCATACTGTTTTCTGTGGTGACTGTACTAATTTAAATTTCCACCAGCAGTATACAAGCTTTCCCTTTTCTCTACATCCTCACCAGCATTTGATATTTCTGTCTTTTTGATAATAGCCATTCTAACTGAGGTGAAATTATATCTCACTGTGGTTTGGATTTACATTTCCCTGATGACTCGGTGATGTTGAGCATTTTTTCATGTTACCTATTGGCCATTTGTACATCTTCTTCTGAGAAAAATATCTATTCAAGAACTTTGTCCATTTTACGATCAAGTTTTTTGCTTTATTTGCTATTGAGTTGTTTGAGTTCCTTATGTATTCTGGTTATTGATGCCTTGTTGGGTGAATAGTTTGCAAGTATTTTCTTCTGTTCTGTAGATTATCTTTTCACTCTGTTGGTTGTTTCCTTTGCTGAGCAGAAGCCTTTAGCTTGATACGATCCCACTTTTGCATTTGTTTGTGGTCTTAACCAAAAAATCTTTGCCCAGATGTCCTGAAGCATTTTCCCAATTTTTCCTATAGTTGTTTTATAGTTTCAGGTCTTATATTTAAGTCTTTAATCCATTTTGATTTGATTTTTGGTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTATATTTTGTTTTTTTGAGACGGAGTTTCCCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTTCAGTCTCAGCCCACTACAACCTCCGCCCCCGAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATAGGGTTTTACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATTCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGAATTACAGGTGTGAACCACTACACCTGGCCTGATTTGATTTTTGCATATGGTGAAAGATGGAAATAGTTTTTCTTATTTTAGTGATGGTTTCAACAAGAACATAAAAATTAATTATGTAAACTTTAGAGTTATAGTTGGAAAAGTGCTTTAAACAGAAGTGATAACTGAAATCAAACTCAGATCATCATGTTATTGAATAGCATGAAACTTTTTGTTTTCTTACTAATATTATGGGTTATTTGTTAAAGATTTTTAAAAGACTACTTTCAGACTTAAAGTGTAGCATTTTATATGTAAGTATAAAGTAGCTTACCCTAAATTTGAAAATTCAAACCCATAAGCAAAGTGAAGTAATAGATTTGCACGATGTAAAATCATCTAGTTTAAGATACTCCTTGTACAAATGAGAAAACTGAGACAGACAAATGACTCCACTTCTGTCATAGAGAATAGAAAATCAGACCTCCTGATTTCCAGGACTCTATTTTCTATACAACACTGTCATCTCAGTTGATTAAAACAGATTCTTAGTTTATATATCCAGCCCTTTCTGGAGTATGGAGACAAAGATGGACATGGGCACAGATATTATTAGAAAATTGAAGCACTCACACCTGCTGGTCTCCGTTACTTTAGGGAAGTAGGAAAATGCAGTGCAAGCTGGCCAAACCAAAGGAAATTGAAATCAGGAGAACAGTTTTGAGGAGAGTGGTAAAAATATCAAAAATACCTGTGAAGGGCAACAGGGGAGTAGATGGTAAGAGTCGCCACACAGCTTTAAGAAACCCAAGACGTATTTGGACAAGATAAGTTTATAATCACAGTAATAAAGCTTTCATCAGAATACTCAAAGTCTAGGAGTAAAAAGAGAGGAAAGAGAATGCCAAATCTAGCCAGGTTTATAGGCAGGTAAGCCAGAAAGAAAGGAGGTGAGGAAAGTCAAGCAGTGACTAGCAGAAGAGTTAAGAAATGGAAGGAGCATTTTAGGCTGAAAAGAGATGGGAGGTTAGCCAGAAGTTAGTGTTAAAATATGGTAAAGTTTCCCAAAACCTTAAACACAGAATTGCCACATGATCCAGAAATTCTACTTCTCAGTATATACCCCAAAGAAGTAAAAGTAGGAATTCAAACACATGTTTGCTTGCCATTGTTTATAGCAGCACTATTCACATTAGCCAAAAGATGGAAGCGATTCTTGTGTCCATGGACAGAACGGATTTTTAAACATACGGTATAAATACACAACAGAATGTTATTCAGCCTCAAAAATGAAGGAAATTCTGGTATGTGCTACAACATGGATGAACCTTGTCAATATTAGGCTAACTGAAATTAGCCAGTCACAGCTGGACCTGGTGGCTAATGCGTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCATGGCGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCCCCCCCTACTAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCAGGCTATTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTAAACCCAGGAGGCGGAAGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGATGCCATCTCAAAAAAAAAAAAATTAAGCCAAAAGGACAAATACTTCAAACTTTACGAGGGACCTAGAGCATTCACATTCACAGAGACAGAAAGTGGAATGGTGGTTACCAGGGGCTGGCAGAGGGAGGAATGGGGAGTTATTGTTTAATAGGTATGTTTCAGTTTGGGAACATGAAAAAGTTCTGGAGCTAGATAATGATGATGGTTGTACAACAATGTGAATGTACTTAATGCCACTTGAACTGTACACTTAGAATGGTTAAAATGACAAATTTTATGTTAAGTATATTTTACCACAGTAAAACTGTAAATAGTAGGGTAAAGTCCTGGTGTCTTAATAGTATTTAGAGTAAGTGTTATGTTTAAAGATGTGAAAGAGATGTAGACAATCATAATCAAAGAGTTGGGTACAGGAATTTTAGGTTTCAATGATGAAATAATTTCAGATTGTTACAAAGCCTGGGACTACATTTCCCATCAAAAAAGGAGGTACTCTAATACCCCTCCAAAGACATATCACCATCATGGGGGGTGGGGATGTGCATATCGGAAGCCAGGGATGGGGGTGTTGTATAATCTTCCCGGGTGATTCTGATATCATCCCCTTCCTCCCCCAATTCCCCCAACTGGAATAGAAAGGAAATACAGTGCTTTAACATGAAAGATGTCAAGGCCAGAGAGTGGAATCATCATCTACATGGGCACTGAGGTTGTCAAGGATTGATAGCAGAACTTGGAAAGGCGAGAAAGACCAATAGCTATATCATTCATAAGATGGGGAAATAGATTGGAGATTGTATATCTGGAGTCCATGGGTCTTAAAGGTGGCATTTTGACTTAAGGATGGAAGAATCATGATTTGGGTTGACTTGCAGGGAAGAAAGAGGAATAGCAACTCTTTCCCACACCCACTTTTCAGTAATGGGATTAAGAAAATGAACTGTCCGCCGGGTGTGGTGGCTCACGTCTCCCAGTGCTTTGGGAGGCCAAGGCAAGAGGATCTCTTGAGGCCAGGAGTTTGATACCAGCCTGGGCTACACAGTGAGACACTATCTATATGAAAAAAAAATTTTTTTTAAACCCAGCCAGGTGTGGTGGCAAAGAGGCTGAGGAGGGAGGATCACTTGAGCTCAGGAGTTAGAGGTTACAGCAAGCTATGATGGCACCACTGAACTCCAGGCTGGGTGACAGAGTGAGACCTTATTTCAAAAAGAAAGAAAAGAGAGAGAGAGAGGTGGGAAGGGAGGAAAATGAACTCTTTCCACTTCAGAAGGCCCTCAAGTGAAATGAGACTCTAGAACAATGGCTCTTGCACCCCAGCCTCCTGTTAAAATCATGTGAGAGGGAACTTTTGAAATGCATTGATGCCTGTTGATGCTGAATCACTTGGGGGAAGGGCCAGGCCTGTTGGCAGCTTTTTAAAGCTCTCTCATAAGTCCAGTATCCAGCCTGGGGTTGACGGCCATTACCCTTGGGGGAGAGCCTGGTTTTGCTTAAGACAAGCAGGTAGAGAAGATAAGGCAATTTGGTCCAAACAAGACTAAGATACTGAAGGGTATGGGGGAAGGGTTGTCAGAAAGTACAACCATGGGGCATGAGTTTG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Seq C2 exon
GTTTCCATTCCACTAACCGAAGGCCTGGACTTGATATCCATGTTGACGGATGATGCTACAATTGCCGCCTGGAATAACGAAGGACTGCCCAGTGACAGAATGTCCACCGAAAATGCCGCTATCCTAACACACTGTGAGCGCTGGCCTCTGGTGATAGATCCCCAGCAACAGGGAATTAAGTGGATCAAGAATAAGTATGGAATGGACCTGAAAGTCACACATTTGGGCCAGAAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105877-DNAH11:NM_003777:63
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF127772=MT=PD(15.1=92.9)
A:
NA
C2:
PF127812=AAA_9=PU(28.5=82.3)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development