BtaINT0052822 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004754 | DSCAM
Description
Down syndrome cell adhesion molecule [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3039]
Coordinates
chr1:141730579-141755876:-
Coord C1 exon
chr1:141755743-141755876
Coord A exon
chr1:141730733-141755742
Coord C2 exon
chr1:141730579-141730732
Length
25010 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
ATTTATGTCTCCTCTCACAGGTG
3' ss Score
11.1
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCCAGGCCCCCCTGCCGGGGTCAAGGCGGCAGCGGCCTCAGCCTCCATGGTCTTCGTGTCTTGGCTGCCACCCCTCAAGCTGAATGGCATCATCCGAAAGTACACGGTCTTCTGCTCGCACCCCTACCCCACA
Seq A exon
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CCTCTCACAG
Seq C2 exon
GTGATCAGCGAGTTTGAAGCCTCTCCTGACTCATTTTCCTACAGAATTCCTAACCTGAGTCGGAATCGTCAGTATAGCGTCTGGGTGGTGGCCGTGACCTCAGCCGGCAGAGGCAACAGCAGTGAAATCATTACCGTGGAGCCTGTTGCTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004754:ENSBTAT00000006240:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.044 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PU(50.0=93.3)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PD(47.6=76.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development