GgaINT0111561 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016138 | DSCAM
Description
Down syndrome cell adhesion molecule [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3039]
Coordinates
chr1:107661726-107672490:-
Coord C1 exon
chr1:107672357-107672490
Coord A exon
chr1:107661880-107672356
Coord C2 exon
chr1:107661726-107661879
Length
10477 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
ATTTATCTCTTCCATCACAGGTA
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCCAGGCCCTCCTGCTGGCGTTAAAGCAGCTGCATCTTCAGCCTCCACCGTCTTTGTGTCCTGGCTCCCTCCCCTCAAGCTCAACGGCATCATTCGGAAATACACCGTGTTCTGCTCACACCCCTACCCCACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAATCAGCGAGTTTGAAGCCTCTCCCGACTCATTTTCCTACAGAATCCCCAACCTGAGTCGGAATCGCCAGTACAGCGTCTGGGTGGTAGCAGTGACTGCTGCAGGAAGAGGCAACAGCAGCGAAATTATCACTGTAGAGCCACTAGCGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016138:ENSGALT00000025993:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.122 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PU(50.0=93.3)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PD(47.6=76.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]