HsaINT0052326 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000171587 | DSCAM
Description
Down syndrome cell adhesion molecule [Source:HGNC Symbol;Acc:3039]
Coordinates
chr21:41465648-41496255:-
Coord C1 exon
chr21:41496122-41496255
Coord A exon
chr21:41465802-41496121
Coord C2 exon
chr21:41465648-41465801
Length
30320 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
ACTTATGTCTCTTTTTACAGGTG
3' ss Score
12.38
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCCAGGTCCTCCCGCGGGTGTGAAGGCAGCGGCGGCCTCAGCCTCCATGGTCTTTGTGTCCTGGCTTCCCCCTCTCAAGCTGAACGGCATCATCCGAAAGTACACTGTATTCTGCTCCCACCCCTATCCCACA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGATCAGCGAGTTTGAGGCCTCTCCCGACTCGTTTTCCTACAGAATTCCCAACCTGAGTAGGAATCGTCAGTACAGCGTCTGGGTGGTGGCTGTTACTTCAGCCGGAAGAGGCAACAGCAGTGAAATCATCACAGTCGAGCCACTAGCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000171587-DSCAM:NM_001389:20
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.044 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PU(50.0=93.3)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PD(47.6=76.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)