RnoINT0051319 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000027992 | Dscam
Description
DS cell adhesion molecule [Source:RGD Symbol;Acc:619992]
Coordinates
chr11:37066764-37088340:-
Coord C1 exon
chr11:37088207-37088340
Coord A exon
chr11:37066918-37088206
Coord C2 exon
chr11:37066764-37066917
Length
21289 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GATCATTTCTCTCCTCACAGGTC
3' ss Score
11.11
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCCAGGTCCTCCTGCTGGTGTCAAGGCAGCAGCAGCCTCGGCCTCCATGGTCTTTGTGTCCTGGCTGCCCCCGCTCAAGCTGAATGGCATCATTCGGAAGTACACGGTGTTCTGCTCCCACCCCTACCCCACA
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]