BtaINT0053546 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000027134 | DYNC1I1
Description
Bos taurus dynein, cytoplasmic 1, intermediate chain 1 (DYNC1I1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046516]
Coordinates
chr4:13247311-13299864:+
Coord C1 exon
chr4:13247311-13247455
Coord A exon
chr4:13247456-13299723
Coord C2 exon
chr4:13299724-13299864
Length
52268 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
ACGGTCTCTCTGCTTTACAGCAC
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAGCCGGCATCGGGGAAGTCTTCGAAGGCCACCAAGGGCCGGTGACAGGAATTAACTGCCACATGGCAGTGGGCCCAATCGACTTCTCACACCTGTTTGTCACATCGTCATTTGACTGGACCGTCAAACTGTGGACTACAAAG
Seq A exon
GTGAGCACACCTTGATTTACTCTCCCAGGCCACACCTAGGCAAGAGGACAGCATTGTCCCCTGCAAGGAATTGTGGGGAGCCTGAAGTCTCTTCTAGGAGACCTGACATTGGGAATTCATACAACTTTCTGGTGAACCCGACCTGCGTGTGAGCTAGTTAAGGCTCACTTTCTCAGTCCATTTAATTTAGTTTAACATATATAAGTAATATATGTTACTGGAGAATACTCTCATTGTAAAAATTCATACAATGCAAATAATGATAAAACAAGTCCTTCTTCACCAACACTAAGCCTTCCCATGGCATCCCCTTCATTGACTTTGATCCTAACCTTTTCCCCAGAGGTGTACCCCCTGTTATCACTTCAGTTTTGAGTATCCAGAGCTTTGCAGTGGTTATATACATCTGTATCTATGGAAATACAGGACTTGAGACGGGTTTCTTGGTTTTGGAGGTTCGGGTTTTGGGATCTTTTTGAGTTTTGATGGTTTTTAAATGAGTAAATGGCACTGTCTTATTTGTACTTTTAAAAAATATTTATTTATGACTGCGCTGGTCTTTATTGCTTTGCATGGGCTTTCTCTGATTGCTGTGAGTGGGGGCTACTCTTCATTGTGGTACATGGGCTTCTCATTTCGGTGTCTTCTCTTGTTGCAGAGCACAGTCTCTAGGCACGTGGGCTTCAGTAGTTGTGGCACATGGGCCCTAGGGCGCAGGCGCAGTAGTTGTGGCGCATGGGCCCTAGGGCGCAGGCGCAGTAGTTGTGGCGCATGGGCCCTAGGGCGCAGGCTCAGTAGTGTGGCTCATGGGTTCATGTGCTCCGGGGCCTGTAGGATCTTCCTGGATGAGGGATCGAACCAGTATCAGCTGATTGGCAGGCAGATTCTTATCCACTGTGCCACCAGGATAGTCCTCTGATTTGTACTTTTAAAGGTAATTCTGATCATGTTTGGGAGCAAGAAGAACTAGGAAAGGCCACTCACCTACAAGAAATGTGCAGGAGTTCAGGGAAGAAATGACAGTGGCTTAGATCGGGAATTTGAAATGGAGAAAAATAGATGGGTTCAAGAATCATTTATGAGGAAAAAGTCACAGAATTTGGCAATTGATTTGATTCAAGGAAGGCGAGAAAGAGAGAGTCAGCAGAAAAGAGCCCAGGTTTAAGACTGGGGCAGCTGGAGATCTGGGGTGGCATTCATTGTGCTGAGCAATGCCCAAAGAAGGGCATGATGGTAAGGGGCAACATACAGGTTGGGTTTAATGGTACCTTGGAGGCACAGTTCACAGCCTTCACTACGCAGTTTGAGAATTGGGACAGAAGAAGAGGGAGAGTTTGGGGCTGCAGGTACAGACTTAATTGCAACAAGAATAACAATGATTATTAAGTCCAAGGAGTGGATCTTAAAAGAAATACTGAAACACAATGCAGAGAAAGAAAATATTTAGGAAATAAATAGGAGTTGTGGAAGTAGAAAAGGAGATTAAAAATTAACCCAAGAAATGGGAAAACATAAAATTGTTTGCAAATGGGGCTTCCAGGATGTTAATGAAAAGAGAACATATCAAGAGGACAGAGTTGGCTCTTAATTGCGTGAAAAACAACCACACTTAGAAATTCACACTAAAACCAAGTTGAGAAACCTTTTTTCAACTATGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGTGACCTCATAGATGGCAGTCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGGGAAGTTGCTCAGGCGTGTCTGACTCTTCGAGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTCCTTCGTCCATGGGATTGACATAAATACAGAAGATAGCATTCTCTGTGGTGAGACTGAAAGAAAAAACCATTCTCCTACAATGTCATTGGACATGCAAACAGTACAACACTAGGGAGGGGAATTTGGCAATATCTAAAAATAATGAATACATATTTGCTCATTGATAGAGCAGTTCCCACTTGTAGGATTCTAATGCCAAAGATATACTAGCAATAAATAAGAAAAAGACTTACACAGAGAGATTTCTTGATAGAGAAAGGCTACTTTGAATCTCAGAACACTGGGAAAAAAACCCAAAAGTCCATCAGTAGGACACTGAACAAATCACAGATGTAGAAATTCAGATGTAGAAAGAAATGAAGATGTTCTCGTACCCTTATGAAGCGATCTCTAGAATATATTTCTTAAATGAGAAAAGCAAGGTGGAGAAACATGTAAACAGTTTGTTGTCATCATTTACTATTTACTTACGTGTTTTTAACATTTAATTTTTGTTTTGTATTATAGTTGACTTGCCATGTTGCGTTAATTTTAGGAGTCCAGCAAAGTGGTTCAGTTCCTTTTCAGGTTGTTTTCCCATGTAGTTTACTGTAGGATCCTGAGTGGAGCTCCCTGGGCTATGCGGTAGTGTGTGTGCATGTCAGTCCCAATCTCCTGGTGTATCCCTCCCCCACTGTTCCCCTTTGGTAACCATGAGCTGGGTTTTGAAGCCTGTGAGTCTGTTTCTGTATTGTAAATAGGTCCATTTGTATCATTGTTTTAGATTCCACATACGAGTGATATCATATAATGCATGTATTTCTGTCTGATTACTTCACTTAGTATAATAATCTCTAGGTGTGCTGCAAATGGTATTATTCTTTGTCGTGACTGAATAATATTCCATTGTATATTATATACCACATCCTCTTTGTCCACTCTTCTGTCTGTGGTCATTAACGTCGCTTCTATGCTTCGGCTATTGTAAATAGTACTGCGGTGAACCTTAGGGTACGTGTATCTTTAAAAAAAAATTTTTTTGGAGTATAGTTGATTTACAGTGTTATGTTAGTTTCAGATGTACAGCAAAGTGAATCAGTAATTCATACACATATAGCCATACATTTCTTTAGATTATTTTCGCATATAGATCACTGCAGAGTATTGAGTATAGTTCCCTGTGCTGAACAGTAGATTCTTATTATTATCTAATTTATATATAGTAGTTGTAGTAGTAGTGTATTTATATCTATATAACATATGTAACATTACATATATATGTAATATAGATATAATGTGACATATATATATGCAAATCCCAATCTCCCAATTTATCCCTCCCCTACTTATGCCCTGATAACTGTAAGTTTGTGTTCTACATCTGTGACTCTACTTCTGTTTTGTAAAAAATTCATTTTACCCCCCTCCTTTTTTAGATTCCACATATTAGTGACATGTGATATTTGTCTTTCTGTGTCTGACTTACTTCACTCAGTACAACAATATCAAAGTCCGTCCATGTTGCTGCAAATGGCATTATTTCACTCTTTTTTATTGCTGAGTAATATTCTGTTGTATATATATGCCACATCTTCTTTATCCATTCCTCTGTTGATGGATGTTTAGGTTGCTTCCATGTCTTGCCTATTATAAACAGTGCTGTTTATAAACATGGGGTGTATGTATCTTTTCTAATTATGGTTTTGTTTCAATATATGCCAAGTAGGATTGCTGGATCATATGGTAACTCTGCTTTTAGCTGTTTAAGAAACCCCTATACTGTGTTTTATAATGATTGTACCAATTTACATCCCACCAATAGTAGAGGAGAGTTCCCTTTTCTCCAAACCCTCTCCAGCATTTATTGTGTGTAGACTTCTGGATGATAGCCATTCTGACTAGCATGAGGCAGTATGTCATTGTAGTTTTGATTTGCATTTCTCTAACGGTTAGCAATGTTGAGCATCTTTTCATATGCTTTCGGGACATCTGTTTATCTTCTTGGGAGACATGTCTCTCTATACCTTCAGCCCTTTTCTTGATTGGGTTGTTTGTTTTTATACTGAGCTGCATGAGCTGTTTATATATTTGGAGGATTAATCCCTTGTTGGTTGCATCATTTGCAAATATTTTCTTCCATTCTGTGGATTGTCTTTTGATTTTGTTTATAGTTTCCTTTGTGGTGCAAAACCTTTTAAGTTTAATTTGGTCCCACTAGTTTATTTTTGGTTTTATTTTCATTACTCTTGGAGGTGGATCCAAAAAGATATTGCTGTGATTTATGTCATTGTTCTGCCTATGTTTTCCTCTGAGGGGAGCTTATTTTGTGTATGGTATTAAAGGATGTTCTAATTTCATTCTTTTACATGTAGTGGACATGTAGTCAACTTTATTCAGCAACACTTATTGAAGAAACTACCTTTTCTCCATTGTATATTCTTGCCTCCTTTGTCAAAGATAAGGTGCCCATAGGTGCATGGGTTTATCCCTAGGCTTTCTGTCTTGTTCCATTGATCTATATTTCTGTTTTTGTACCAATTTCATACTGTTTTGATGACTGTGGCTTTGTAGTATAGTAGAAGCTCTATACAGTCAGCAAAAAGAAGACCAGGAGCTGACTGTGGCTCAGATCATGAACTCCTTATTGCCAAATTCAGATTTAAATTGAAGAAAGTAGGGAAAACCACTAGACCATTCAGGTATGACCTAAATCAAATCCCTTATGATTATACAATGGAAGTGAGAAATAGATTTAAGGGCCTAGATCTGATAGATAGAGTGCCTGATGAACTATGGAATGAGGTTCATGACATTGTACAGGAGACAGAGATCAAGACCATCCCCATGGAAAAGAAATGCAAAAAAGCAAAATGGCTGTCTGGGGAGGCCTTACAAACAGCTGTGAAAAGAAGAGAAGCGAAAAGCAAAGGAGCAAAGGAAAGATATAAGCATCTGAATACAGAGTTCCAAAGAATAGCAAGAAGAGATAAGAAAGCCTTCTTCAGCTATCAATGCAAAGAAATAGAGGAAAACAACAGAATGGGAAAGACTAGGGATCTCTTCAAGAAAATCAGAGATACCAAGGGAACATTTCATGCAAAGATGGGCTCGATAAAGGACAGAAATGGTATAGACCTAACAGAAGCAGAAGATATTA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000027134:ENSBTAT00000020774:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]