MmuINT0054169 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000029757 | Dync1i1
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107743]
Coordinates
chr6:5972065-6006410:+
Coord C1 exon
chr6:5972065-5972209
Coord A exon
chr6:5972210-6006269
Coord C2 exon
chr6:6006270-6006410
Length
34060 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
ACGGTCTCTCTGCTTTACAGCAC
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAGCAGGCATCGGTGAGGTCTTTGAAGGTCACCAAGGGCCAGTGACAGGCATTAACTGCCACATGGCAGTGGGTCCCATCGACTTTTCTCATCTGTTTGTCACGTCATCATTTGACTGGACTGTCAAACTGTGGACCACGAAG
Seq A exon
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Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types