HsaINT0053142 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000158560 | DYNC1I1
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2963]
Coordinates
chr7:96039277-96076197:+
Coord C1 exon
chr7:96039277-96039421
Coord A exon
chr7:96039422-96076056
Coord C2 exon
chr7:96076057-96076197
Length
36635 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACGGTCTCTCTGCTTTACAGCAC
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000158560:ENST00000447467:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.002 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development