Special

HsaINT0053142 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000158560 | DYNC1I1
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2963]
Coordinates
chr7:96039277-96076197:+
Coord C1 exon
chr7:96039277-96039421
Coord A exon
chr7:96039422-96076056
Coord C2 exon
chr7:96076057-96076197
Length
36635 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACGGTCTCTCTGCTTTACAGCAC
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAGCAGGTATTGGTGAGGTCTTTGAAGGTCACCAAGGGCCAGTGACAGGAATTAACTGCCACATGGCAGTGGGCCCAATCGACTTTTCTCACCTGTTTGTCACATCATCATTTGACTGGACTGTCAAACTGTGGACCACCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CACAACAAGCCGCTCTACTCCTTTGAAGACAATGCAGACTATGTGTACGATGTCATGTGGTCCCCCGTGCATCCTGCGCTTTTTGCCTGCGTGGACGGGATGGGGCGCTTGGACCTCTGGAACCTCAACAATGACACCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000158560:ENST00000447467:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.002 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development