HsaINT0053142 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000158560 | DYNC1I1
Description
dynein, cytoplasmic 1, intermediate chain 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:2963]
Coordinates
chr7:95668589-95705509:+
Coord C1 exon
chr7:95668589-95668733
Coord A exon
chr7:95668734-95705368
Coord C2 exon
chr7:95705369-95705509
Length
36635 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACGGTCTCTCTGCTTTACAGCAC
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CACAACAAGCCGCTCTACTCCTTTGAAGACAATGCAGACTATGTGTACGATGTCATGTGGTCCCCCGTGCATCCTGCGCTTTTTGCCTGCGTGGACGGGATGGGGCGCTTGGACCTCTGGAACCTCAACAATGACACCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000158560-DYNC1I1:NM_001135556:14
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)