GgaINT0091998 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009722 | DYNC1I1
Description
dynein, cytoplasmic 1, intermediate chain 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2963]
Coordinates
chr2:24210624-24226051:+
Coord C1 exon
chr2:24210624-24210768
Coord A exon
chr2:24210769-24225910
Coord C2 exon
chr2:24225911-24226051
Length
15142 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TGCTTCTCTCTGCTTTACAGCAC
3' ss Score
9.53
Exon sequences
Seq C1 exon
TAAAGCCGGCATTGGTGAAATTTTTGAAGGCCACCAAGGACCTGTCACAGGAATCAATTGCCACATGGCAGTGGGCTCAATTGACTTTTCCCATCTGTTTGTCACGTCATCATTTGACTGGACAGTGAAGCTGTGGACCACAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CACAACAAGCCGCTCTACTCCTTTGAAGACAATGCCGACTATGTCTACGATGTCATGTGGTCGCCAGTGCATCCCGCGCTCTTCGCCTGCGTGGACGGGATGGGGCGCCTGGATCTGTGGAACCTGAATAACGACACGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009722:ENSGALT00000015824:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]