BtaINT0053551 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000027134 | DYNC1I1
Description
Bos taurus dynein, cytoplasmic 1, intermediate chain 1 (DYNC1I1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046516]
Coordinates
chr4:13001167-13039450:+
Coord C1 exon
chr4:13001167-13001257
Coord A exon
chr4:13001258-13039334
Coord C2 exon
chr4:13039335-13039450
Length
38077 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TTGTACTTCGTTACTTCCAGACG
3' ss Score
7.51
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCCAACCCCTATGTCTCCCTCCTCGAAATCAGTGAGCACTCCCAGTGAAGCTGGAAGCCAAGACTCAGGCGACCTGGGACCGTTGACAAG
Seq A exon
GTAAGAATTGTCCCTTCACAAAGGCCGTGGTGGGATGTCAATAATACCTCCCTCCCTCTCCCCTAAAAAAAGGCAAGAAACCAAAAGTCTGAAAAACCACACCATTCCGTTGCATGTTGTTAACTGTGCACTCCTCTTTACGTATCAGTCATTTTTTTATGTTTACATTTTGGTGGCTTGCTATTTTTGGTGACATAGGATTGATTTTGAACCCTTGAAGTGATAAGTATCACTCTTTCGTGAATAGGCTAATTTGACACCATGTGTCTTATTTGACAAAGCACAAGCATATCCATTGGCTTCAGTTTAAAAGAAAGTAGGGAAGGACCAAAGACAAACGGAATATATATCTAGCTTCTCATTATTCTACCTGGGTTTTGGTTTCCATGAGAATCTTTGTAACACTGAGATGTTGTAACCCTAAATTTACTTTTTCAAAAGTCTTGTTTATTTGCTTAATAGAGTTGACAAATTTGAGAACTCGGTCCCCAAAGTGTTTTTATTATCATTATTAATTATTATAATCATCAGGATTAACTGCTTCATTTTTGTCAGTTGCCAAACTTTTATTACACTAGGTATATTCCAAGATTACGTAACGAACTTCTCAAGGCCGATATAGACATTCTCTAATTTGACCACTGAGGGAACGTCCAAAAATGTAGCAGTGTGACGGGAGAAAGGAGATGGCTCATTAATATGCACAGGGTCATGGAAACGTTCTTAATCCAGGTGTCCTCAGCAGTATTCCCATGTGTGGGTGCCCATAGGCAGGCGATAGAGATGAGTGGGGAGTGGGGCCTTTGGCAGCTTGTTAGCTAGCACTCCCTTTATAAATCTCAGATGCTCTCTTCACAGCTCTTGGGCTTGTTGAGCTCAGATGGGAACATGGACCAGTTTTTCCACACTTTTCAATTTTTCATGAGAAGCTAAGACTGCAAATATTTATGCAACAGTCTCATAGACATTAAGTGTTAATGACTTTGTTAAAAGGAGTTGTGGGCTAGATTTGGCTCATGAGTTGGTGATGTCTGACCTCTCTGACTTTTGAAACAATCATAAAGCATTTTAATAAAGCTTCAATAAAAGAAGCAATCATCCACAGCCCCAGCATTCTAACAGATCAGCCTTTGTCTTGTCAGGGTACTTTTCGATCCTTATCTACCTGTGTATATGTCTTGCTACTGTATATGCTCCTGGAGGAAGTGAAGTGAAAGTCGCTCAGTCATGTCCGACTCTTTGCGACCCTATGGACTTATACAGTCCACGGAATTCTCCAGGCCAGAATACTGGAGTGGGTAACCTTTCCCTTCTCCAGGGCATCTTCCTAACCCAGGGATCAAACCCAGGTCTCCCACATTGCAGGCAGATTCTTGACCAGCTGAGCCACAAGGGAATTCCTGGAGGAGAGGTATACAATTTTGCATTTTTCTCTGTTCATTTAACACCTTATTATGAGCATTATCTTCTGATGGTCCTTTGTTTTCAGAAAAGCCTCAGCAATTTTGGTAGAGGAAAACAGAGAAATGAGAATAGGGTTAGCCTATGTTGTAGGATTTTTAGCTTTCTGAAATCAATACATAAGACTAAAATGATTTCACCAATACCTGTCTGTTCATGAATTTCAGACTTGAGTGTTTTGTCTTCATAGGTCTTTTGAAACAGGTTGGACACTGCTTTCAATTTGAGAAGAGCGAACATAGAGGCTTTTGCGGGCACCAGGCTGGTTTGTGTTAACAAATCGCCTTTGTGATTTGGAGTTGCACACGTCTTCTCCTCATCTTTTGCTTTGAACACTTCAAAAGGTCTTTGAGGGTGGGGGAGGAAAAGTAATAATAACACAGCATGTAAGATCTAACATTTATACAAGAGCTGGCACAGTATAATCACGTTCCTTAGGGGGGTCCATTGGCCTATCATTAAGGTAATATTTTTGCCTGTTTCTGCACAGCGATGGCATTGTGTCAGTGATGCTTAATGTCAAGGGGCTCCACTGGCAGTGTTAAATACTATTACCAACTTCATAGTCGACGAGCCCTTTTGAAAACTTCTGGAGAAAGTTGACTGATGCTGTTAGCACTCTGGGGACAGCAGCAGTTATTCAATTGGAGGGAACCTCATTCCTTTCCCCTTCTTACATGATTTTTTAAAATTAACCACTTTGGAAGAGGTGCTATCCACTTCCACATCACACAAACTCCACAAACTCCAACTAGCTTCAGTTCTCTATAGAAACATTCTGGCAAGAGTGGGCAACTGGAAGTCAAGGAGTATATCCCTTGCTAAGTGCAGGTTTCATAGCGATGCAAAGAAACTGGCATTGAGGAAATGATTTTTCAGAAGAACTGAGCACAGGCTTGGCTTGAGAAGGCATTAGGAATAGCTTAGTAAACTGTGCCCTTGTTTTGAACTTAGGCACATTCCATGCAAATTTATGTTTTTGTTTCCATAAAGTATATATGCGAGTAAAATTTCAGAAGAATGTTATATTTCAGTTTTTTAAATTCTACTTGGAATGTCTTTTTCTGTAGAAGAAACATCTTTGAAAGCAGTTACTGTTAACTCTAACACTTCGTAAAACACGAGACTGAGAAAAGCACTTGGTAATTCCTAAGAATATAACTCTATAGCCATAAATTTGCATATTTGTGTAGAATTTGGACTTTTTGAAAAATGGAAAATCTTGCAGAAGATAACTTAGGAATCAAAGCAACACATCTGGTCCTACCTAAAGGTGCACATAAATTCTGCCATTCACTTGCCAGACTTTCAAACCAAAACTACAGTTTGCTTTGCAGAGCCAGAATTAGCAAACACTTCTTATATAACCCCTGTAAGTGGTTAATTTGGAAATTGGCATACTTAATATGCCCTATTATAAAGAAAAGGTTAAATAGTGCTTTAAACATATGAAATATAACAAAATTTTCTTTTATTGATTTTTAAGAGCAGTTAAGTACATTTTCTAAACTGAGTGAATAGAGAGTAGACGTATTTAACATTTTTTCAATTATACCAGTGTAATTTTTAAACTTATAGTATCATAATTTGTGTTCCAATTTCTGCTTCTGTAGTTATAGCCTGCTTCTCATTTACAATTTACATTTGTTGTACTTTTCTCTTTCTCATAATTAGTTTTGGTAGAGTCAATTAATCATTGCTTGTTCAAACATACTGAACAAAGAATAAGCTCTTGGGTTTCAAAAAATTAACCTATTAATACAAAATTTGAAAGACTAGTTTTACATATAAATGTAGATGGAAAAAAATCCTAAATATGTTGTTTGCAGCTGGAATCCAATACAGTATTAAAAGGATACAATGTTATGCTTAATTGTGTTGGATTCAAAAATTCAAGGATATTTTAATATAGAAAAATGCTACCTTAATTCAGCATATAAAAAGGTCAAAGAGGGAAAAGTAAATATTGCAGTATATACTGAAATGGTACTTGCAAAATGTAAATATCTAGTCTCATATTTTAAAACTTAGTAAACTAGGAATATAAATGTTTTTCTCAATATGATAAAGAATATTCATTTCAAAGCAAGAGCTTACATCTTTGATACATGAGAGTGAAGCATTAGCATTTTATAGCTCTTAAGGAATGATTTATGTTTAGTTGAATACATGTCTCTCTTCCTCAGGAAATGATAGGTTCCTTGCAAGAAGGGACTAAGTCATATTTGTGGTTGTGTCCATATGATAGGTGTTAAACATTTATTGAAAGAATCAAGTATCATCCTACTTTTTACAGGGCATGGAGGCACAGAGAGAATAAATAATTTTCTCAGGTTCACGCAGGACATAGCTACAATGCTAGGTTTGAACCTGGGCAGGTCAATACAAGTTTCCACAATCTATACCTCAGCCCTACATCATCTCTAACAGCAATCGCTGTGTGATACACAACCTATTCCATAAGGTAATCGTGATTAAACAAATAGTATCTGTAAAGCACCAGGAAAGGAGTCTGACATATATTAAGAATATGTGAGTTTTAGCTATTAGGTTGATGAAGAAGTAATTGTGGTTTCAGACAATGAATTCTAAATCATTAGAACTAGGCTCAAACACATTTTTATTAATCAAAATAGGAACCATTACAATCAATACATTTTTGCCAATGAGAAATGTTTGTTTATTCCTGTAGCATAAAAACCCATGCTTCAGGATTCAAGGAACTCTTGGAAAGCATTTTCTTCCTCCTGCTTGCTGTGGAAGCATTTTGCCTGAAAATGGTTTTTGAGATGCTTCAAGGCAGTGGTTGTTGGTTGGTGAGAGGTCAGGTGAATATGATGGACGAGGCAAAACCTCGTAGCCCCATTCATTGAACTTTTGAAACTGGTTATGCAATGTGTGGTCAGGCATTGTCAAGGAGAAAAACTGGGCTCTTTTTGTTGACCAGTTACAGGTCATTTTGTTGACCAGTTACAGGTCAACTGCAGGCATTGCAGTTTTCGGTACATCTCATTGATTTGCTGAGCACACTTCTCAGATATAACGATTTCGCTGGGATTCAGAAAGCTGTAGTGGTGGGCAGCAGACCACCAAACAGTGACCATGACCTTGTTTTGGTCCAAGTGTGGTTTTCAAAAGTGCTTTGGAGCTTCTTCTTGGTCCAACCACTGAGATGGACATCTGCGATTATAAAATCCACTTTTCATCACATGTCACAACCCAATCAAGAAATGGTTCATTGTTGTATAGAAAAAGAGAACACAGCACTTCAAAACGACGATTTTTTGATTCTTGGTCAGCTCATGAGGCACCCACTTAGCCAGCTTTTTCACCTTTCCAATTTGCTTCAAATGCCTAATGACCATATAATGGTCGGTGTTGAGTTCTTTGGCAGCTTCTCATGTAGTTGTAAGAGGATCACCTTTGGTGATGGCTCTCAGTTGGTCATTGTCAACTGCCAGTGGCCACCCACTACGCTCTTCATCTTCAAGGCTGTCTCTCCTTTGCCAGACTTCTTGAACACTTCTTGAATGCACACT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]