MmuINT1009181 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000029757 | Dync1i1
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107743]
Coordinates
chr6:5769734-5784498:+
Coord C1 exon
chr6:5769734-5769791
Coord A exon
chr6:5769792-5784438
Coord C2 exon
chr6:5784439-5784498
Length
14647 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CCTTTGTGCTGCACGATTAGGAC
3' ss Score
4.68
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAGCACTCCCAGTGATGCTGGAAGCCAAGACTCGGGCGATCTGGGGCCATTAACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACCCTGCAGTGGGACACAGACCCCTCAGTGCTCCAGCTGCAGTCAGACTCAGAACTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000029757:ENSMUST00000115556:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.882 A=NA C2=0.861
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types