RnoINT0052064 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009700 | Dync1i1
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2512]
Coordinates
chr4:30853713-30868834:+
Coord C1 exon
chr4:30853713-30853848
Coord A exon
chr4:30853849-30868774
Coord C2 exon
chr4:30868775-30868834
Length
14926 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CCTTTGTGCTGCGCAATTAGGAC
3' ss Score
5.9
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCAGCCGCTGCATTTTTTAACATGGGATACCTGTTATTTTCATTATTTAGTCCCAACCCCTATGTCTCCCTCTTCGAAATCAGTGAGCACTCCCAGTGAAGCTGGAAGCCAAGACGATCTGGGGCCATTAACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACCCTGCAGTGGGACACAGACCCCTCAGTGCTCCAGCTGCAGTCAGACTCAGAACTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009700:ENSRNOT00000013184:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.565 A=NA C2=0.857
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]