GgaINT0091988 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009722 | DYNC1I1
Description
NA
Coordinates
chr2:23923470-23940121:+
Coord C1 exon
chr2:23923470-23923527
Coord A exon
chr2:23923528-23940061
Coord C2 exon
chr2:23940062-23940121
Length
16534 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
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10.57
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GACCTTGCAATGGGACACAGACCCCTCAGTGCTGCAGCTCCAGTCTGACTCTGAACTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009722:ENSGALT00000015824:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.952
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]