MmuINT0054180 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000029757 | Dync1i1
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107743]
Coordinates
chr6:5734439-5750890:+
Coord C1 exon
chr6:5734439-5734498
Coord A exon
chr6:5734499-5750774
Coord C2 exon
chr6:5750775-5750890
Length
16276 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTATAT
5' ss Score
2.05
3' ss Seq
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3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGACGACTGCACAAGCTGGGCGTGTCAAAGGTGACCCAGGTGGATTTCCTGCCTAGGGAAGTAGTATCCTACTCCAAGGAGACACAGACTCCTCTTGCAACACATCAGTCTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000029757-Dync1i1:NM_001191026:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.937 A=NA C2=0.550
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=WD(100=82.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: