HsaINT0053147 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000158560 | DYNC1I1
Description
dynein, cytoplasmic 1, intermediate chain 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:2963]
Coordinates
chr7:95457369-95499310:+
Coord C1 exon
chr7:95457369-95457428
Coord A exon
chr7:95457429-95499194
Coord C2 exon
chr7:95499195-95499310
Length
41766 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTATAT
5' ss Score
2.05
3' ss Seq
TTATTCTTTGTTACTTACAGAAG
3' ss Score
8.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCCTGCAGTGGGACACAGACCCCTCAGTGCTCCAGCTGCAGTCAGACTCAGAACTTGG
Seq A exon
GTATATGTCTGCTCTTTTGTTACTCCTTTTATTATTTCTTTGCTACAGTTGTGTTGAAATGCTGGAGCTGTTGTTGCTCTTGTGTTCTCCCCTTTTGTTGAACTTCCAGTTTGATAAGTTCGTTTCCTTCTGTTGATTTTCCTTATAAAGCTTTGAAGAAAGTCTCTCTTTGTGGAAAACACCACAAAAAGATGGCTTTTGATTTCTCCTTATTAATTCCTATTATTGCAAAACAACACTCCCCCAAACAAAAATCAAACATAAACCCACACATCTAATTAAAAGTGGGGCACACAAGTTCTGCAGCGGGAGATATGTTTGGCTTTATCATCACCATCCTCCCCTTTACTAACAAGTTGCCTTAAGTTAACTTTGGTCTAAGATCAGTATGAAAATATTGGGTCTTGTTTCTTTACTTTTCTTTTCAGTTTTTGGGGAACTCACAATAAGCACTTAATTTGAATTAAGTTTGAACAGTTAAAGATTCCTGTTTAAAAAAAACCAAGGAAATTAATTGAATACCTTGATCTAAAGATATTTCAAATACTAGATGTTGAGTAATGTCTCCTATGTCCTAAATATCATCTTTTTCAGATGTAAATGTATTATCACAAGTTAAAAGAAAACCTCAGAGATGAAGACTTGGAGTGGAATAAAACACACAGACATATCCTAGAAACTCAATTTATTTCCGTTGTAGGATTGGAGTTAGCTGTAGTCACACAGGAGATATTACTGGTGGGGTGTTTGTATCAGCTGGTCATCAAGCTCAGGAGAGCTGATTGCGCATTTCTCTTCTCAACTTCACATTAAGTTAAATCAGCTGGAAATCAGCCACGGTGGAAGTATTTACACCACAGAAATTGCCTCCTTTCCTACAAGCAATTTATTAAGCATTTACCGACAGAGCACTGGATATCTCTAAGTGAACAGCAAGTTTCATAACCACATTTTATGGAACCATTATCTTTTCTTTCTAAATATAAACCAACATATCCCAAACCAGGCATTTATTTACTTATTATTCATTTTGAATTCCTGAGATTCCTGGGCATATATCTCTGAGGTTCTGTCAGTTTCAATGCCTACTGTAGGTATAAAAGGAGGTTGAAGGGCTATTTGCATGTTAGGTTAAATGCCATCTGCCTGTGACCCTTTGCATATGCAAAAATTCTTAGCTGATTCATGACAATACTAAGCCAAGGAAATATCCTAACATTTAGGTAACCGATGCACTATTTCTTTTTTAACCTTACTAAATTCTTGGCTATTTAGTTATATAGTTCATTTATGTTATATTTCAATTTGTATTATTTAAATAACCAAGAGATATGGCTTAAATAAAGCAGAGAATGTATGGTAAGTTATAGTTCAGGGGAACTTCAGAATGCAGTTCTTCAAAATTATATTGTGTTAAAAAAACAGGCAGGGGAAAGAACTGGCAGAGACTACCCCATGCACTTAAATTAACAGATTTTTAGACAGATTGCAGCAGTGCTAAATTACACTTGCTGATGTGGAATAGTTTGGAATTTTCCCATTTATATCTGTTTTCCAAGCAAAAACTCATGTTGACTATGCAGATTAAAATTTGTGACTTATTCTAGGGATATAGCATATCTGTGGACCCACCTTACCTGCTGCATTATACTTGAGAGTGAACCCAGTGTGTTGGAGAGAGAAGATGGAGACTTTCTGTTCACTTTCTAAATACAAACCGATATACCCCAAACTAGGCATTTATTTATTTATTATTCATTTTGAATTCCTGAGATTCCTGGGCATACATCTCTGAGGTTCTATCAATTTCAATGCCCACTGTAGGTATAAAAGGAGGTTGAAGGACTATTTGCATTTTAGGTTAAATGCCATCTGCCTGTGAGTGAGTGGCTTATCTTAGAGAGTTTGAAGGCATTTTCAGAGAATTTTTGAGAGATGACATTATTTTAGCCATTTTACAATTTCAAATATTGCCTTAATGAAAATTTCTAGATTTTTCTAGAGAGTTTTATTTCACCTTCTTGAGCTGTGGCATGGGAATGATCATAGTCCATAGCTTCCTTTGTCACTTAATTTAACACCTTTACTGAAGTATAACTGGCTTTAAATAAACTACACATATTAAAACTATTCAAATTGATGATTTTTGACATGTATGCACATCCATGAAATTATTACCACAATCAAGATAGTGAACACATTAATCATCCCCAGAGTTTCCTCATGCCCCTTTGTTATCTACACTCTTGCTTCTTCCTGTTCTTCCCTATCCCCCAAACATCTGATCTGCTTTCTATCACTATACCTTAGTTTGCCTTTCCTAGATTGTCATATAAATGAAATCATCCAGGAGGTACTCCTTTGACTGACTTCCTTCATTCAGAAGGATTATTTTGAGATTCATTCAGGTTAAGTTTATATAAACAGCTCTATCCTTTTTATTTCATTGTATGGATATACCACAGTTTGTTTATCCAGTCACTTTTTATATACATTGGGTTGTTTACAATTTTTGCCCATTACAAATAGAACTGCTATAAACATTCATGTACAAATATTTTAATGCACATATGCTTTCATTTCTTTTGGGCAAATACCTCCCAGTAGAGGTATTTATGGTTGAATCATATAGTAGATACACATTTAACTTTTTAAGAAATTGTCAAACTGTTTTCAAAATGGTTTTACCATTATGCATTCCCACGAGCAGTTTATGAGAGCCTCGATTTTTCCACATTCTTGACAACGCTTAGTTTGAGCTTCTTAAAAGAAATTATTAATTTGTTAACTATTATTAAAGAAGTATAGTGGTATTTCATTGTGGTTTTAATTTGCATTTCCCTAATGACTAATAATGTTGAATATCTCTTTAGTTGCTTATTTGCCATATGAGTATCCTCTCTGATGAAATGTCTGCTTAAATCTGTTAGTCTTATATATTGTTTTTGAGTTGGGTTATTTTCTCATAATTGATTTTGAAAGTTCTTCGTATGTTCTGGATAAAATGCTTTATGGGGTATATAATTTATTAATATTTTCTCTCAGTCTATGACCTGTCATTTTCATTTTCTTAACAGTGTCTTTAAGAAAGCAAACCATTTTAATTTTGACTAATTACAGTTTACAAATTTGTTCTTTTATGGATCATGCTTTTGTTAACATAATGTTGATTTTTAAGCAATTATTTTAATATTTGGTAGAACACAATTCACCTATGAAATCATTTGGGTTTGGAATAATATTGTGGAGGAGATTTTTTGCTTTGTTTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGCCAGAGACAGATATCTCTTTGAGATACTAATTTTATTTCCTTTAGATATATATGTCCAGAAAAGGGACTGTTAGATAATATGTAGCTCTAGTTTTAATAATTTGAGGAACTTCAATATTATTTTCCATAATGGCAATGCCAATTTACAATCTTACCAACAGTGTACTAGGTTGTTTCCTCAATATCCCTTCCAATACTTCTTATTTTTTATTTTTAATAATAGTGATCCTGATTGCATCTCATTATAGTTTTGATTTGCATGTCTCTGATAATTAGTGATGTTGAACACTTTTTCATATACATATTGGTCATCTTATGTCTTCTTTGGAGATAAGTCTATTTAGGGCCTCTGTGCATTTTTAAATCAGGTAATTTGTAATTTTGCTATTGAGTTGTTTCAGTTCTTTATATATTTTGGATATTAACCCCTTATCAGTAATATGGATTAAAATATTATCTCCCATTCTATACATTGCCTTATCATTGTATTGGTTGTTTTCTTTTTTTTTATTATTATACTTTAAGTTTTAGCATACATGTGCACATTGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTGCCATGCTGGTGCGCTGCACCCACTAACTCGTCATATAGCATTAGGTATATCTCCCAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCCCCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGTGGTGTTCGGTTTTTTGTTCTTGTGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAATTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTAACATTGTTGAACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCGCAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAGTCCTTTGGATATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATTGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTATTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTATTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATGTGTTTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTGATGGGATTGTTTGTTTTTTTCTTGTACATTTGTTTGAGTTTATCGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTGGGTCGTGAAAATTTTCTCCCATTTTGTAGGTTGCCTGTTCACTGTGATGGTAGTTTATTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGACATGAAGTCCTAGCCCATGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTTATGGTTTTAGGTCTAATGTTTAAG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Seq C2 exon
AAGAAGACTGCATAAACTGGGCGTGTCAAAGGTCACCCAAGTGGATTTCCTGCCAAGGGAAGTAGTGTCCTACTCAAAGGAGACCCAGACTCCTCTTGCCACGCATCAGTCTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000158560-DYNC1I1:NM_001135556:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.930 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=WD(100=82.5)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)