RnoINT0052065 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009700 | Dync1i1
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2512]
Coordinates
chr4:30868775-30892056:+
Coord C1 exon
chr4:30868775-30868834
Coord A exon
chr4:30868835-30891940
Coord C2 exon
chr4:30891941-30892056
Length
23106 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTATAT
5' ss Score
2.05
3' ss Seq
TTGCCCTCTGCTGCTTACAGGAG
3' ss Score
8.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCCTGCAGTGGGACACAGACCCCTCAGTGCTCCAGCTGCAGTCAGACTCAGAACTTGG
Seq A exon
GTATATGTCTGCTCTTTTGTTCCTCCTTCTATGATTTCTTTGCTATGGTTGTGTTAAAATGCTAGAGCCGCTATTGCTCTCGCTTTCTTCCCTTTGTTGAGACTTCCGGTTTGATAAGTTTCTTTTCTCCCCTTAGTTTTCCTTCTACAGCTTGGGCTAAAGTCTCTCTTTGTGGACAACACCACAAAAAGATGACTTTTGCCCACCCCTTAATAGCTCCTATCAGTGCAGTTGACACTGATCCCAAAGACTACAACCAAAGACTGTAGAAGTGTGCCACATAAAATCAGGAATTGGGGGTACATGTGGCTTAATCCTAACCAAGCTCCCCTCTTACTAATAACTAATCGTGTCTGGGGCCAGTATTAAAATGTTGCGTCCTGTTTGTGTTCTTTCTCTTTCATTTGTTAAGAGAACTCACAACAAACTCTTAATTTCAGTTAAATTACAAACAACTATATTTCTGGGAAAGAATAAGTCAGCTTGACCACTAATTCAAATATATGGTGCTAGGTAATGTCTTGTAAGGAGAGTGTTCTGATGATGTCTTTCGGGGATTGAAAGGAAGCTTCAGAGTTCAGAAATCACCCATCAGGAACGAAATACATGGGCTTTAGTTTTTGTTTGTATTTCCTCTTAGAAGATTGGAATTAGCTGAAATCACACATAAGATGTTTATGGGATGCTTTCACAGTTCAGTCTCAAGCTCAGGAGGATGGAATGTGTACGTTTTCAGCTTCATGTACAGATAAAGCAGCATGAGATCAGCTGAGTCTCTACACAGAAACTGAGAAAGACTATGAGAGAGAACACGGCTTCCCCTCCCTTCAAGCTGACACACAGCCTTGACCCACACAAGACTGGATACCTCCAAAATAGATACCTGAACCTTTTTATTATTTTTCCTGAATTTTCCAGCTTGCTGTGCCTGTGTCTCTGGGTTTCCATCCATTTCAGCACTTACTGTGCAGTTCGGGTTAAACACAATGTGTGTGTGTGGACCCTTGTCCATGCAGGAGTTTGTAACTGACTCGCAGTGATGCTAAACCAAGGACTATAACAACTTAGCTGACAAGCACATGGGTCTTAAATAAACTCAGAAGATAGCTGCAAATTTCTTTTTAAAAATTTAATTACTAATTTGGGGGTTATTTTTTTAATTAAGATGGCCACATTTTGGGCTGTTTAATTGCTGATTTGGGGATTGATTTTTAAAATTAAGATGACTGCATTTTAGGCTATTTTGTTACACCGTCCATTGTCTGTTTCAAATTACATGTTTTTTTTAAATAATAGAGAAATGTGATTATGAGAAACAGAGAAATAATCGATATACAGTAAGTTACAGTTTTCACTGTTTCAGTCAGGCATCCTGATTTTAAAGATAAATAAACAAGCAGAAGGGAGCTGGCAAAGGCCATACTGTACACCTTCAAGTTGACCCATAATAGATGAGCTACGGTCTTGCTAAGCTGTGTGTGCTGGTGCAGAGTAGTTATGGACTTTTATACCTTGATCTGTTTTCCAGGTGGAAATTGAGCGTGTTAATCAAAGCATCCTGGGGAGAAGCCATGCCCAGTACTCTCTCCTCTCCTTCCCCATCTCACTGGAGCACTCAGTGAGTCTGAGAGAGATAAAGAGATGTGAGGTTGGGCACTGAGAGGGGCTTGTCTCAGAGAGATTATCAGAGAACATTGGAGAAAGACTATTTACAATTTCAAACACTGCACCATGACAGTTTCCCTTTTTAGCAGGTCTGATATTTAGGGTGCATACCGAAGTTCATGAAATACCCCACAGGCAAGGAGGTTTTTCTTGAGACAGTTTTATTTCCTCATCTTAAAGTCTGTAATTTTCTCTGTGTCTTCACTTAAGAGCTGTACTGAAATACAACTGACAGAAAATACTATACATGAGCTATTGAAATTGATGTCTGGCGTCCTTACGTGCTTATCAAACTGTCACTGCCATCAGGAAAGCAAACAGTTGTCACCCTCCAAAAGTGTCTTCTACCTCTGTTTGGATCTGATAATTTCATTTCTTCTACTTATTTTGTATTTAGTTTGCATTGGTTTGGGCTGGTTTATTAAAGTGGAAACAGGCGATTTCTATGCCCGTCTCTCTCTTGACCTCTGTGCTGTTGTGACTAAAAGTTTCACTTTCGTGTGTGTTATGAAGTCCATAATCCATTTGGTCTTTTATTCAGCCCATGATCTTTGGAAGTGACTTCAGGGACAAAAGTGGTGTTCAACCACACAGTTCACAGTTTTCTATTGTTCTTCATTCTCTTGTAAAGACCTGCATTTCTACCTGTGTGATCCTCCCCATCATCTTCTTCCTCTCACTTCTCTTCTTCCTCCTCTTCCTCCTCTTCCTTTTCCTCCTTCTTTATGAATAGTTTTTTTTTTCAGTAAACTGTCTACAAATTCACTAACAATTTCTGCTTGATCAGGTCAACTGCTTTCCTGTTCAGAATGTGTCTTTAAGTTCTATGGTATATACGGTTGGTCTCTTTTCAAAATGTCTGTTTCTTCCCTGAAATTCCTACCATATAAGATGTGTACTGCTTACCTTGAAGGCATTGGAGTCCCAGATCTATTATCATCTTCGTGACTGACATTCTGAACCCCCCACTGAGTAAGACCTACGTCTCCATGTCAGTGGTGTTCTGAAGATTCAGGTTGTGCTTTTAAGGATAACGTATTTCCTTATTTCTCCATCGCCCTGAGCTCACTGGTTCCAGCACATTAGGCAAAGCATCACCTCTCCAGACAGCCTCAGATTTGCCCTGAGAGGAGATGTTCTTCCCTCACCTCACCTAGGGATCCTGGGTATTCCCTAACCTCTGTGCTCATGCGAGCTGACATCTATTTTCCTTTGTGGTTCCCTGGAGGCTAGAAAAGACTAAGTCCCACGTGCACCCCGACACAAGAGAGGTAGCAACTAGTCCCTCCCAAGGCAGCTGGAAAAGTTGGGTTGCTTGACATGCTGGAAAAGGCAGGAAAGGAAGTGTGCAGTATGGATCTTTCTATGAAAGAACTAGGCTTTACTGCTAAAACATGAGGGCTAGAGTCAGTGTGATCCCTTCTGTCTGTAGGATAAATCTAGGCACTGGTGTCTATTACCCACTAGCTCTGCTAGAATCTAAGGAAAGACTCTGTGGTAAACTCTTTATGCTTGTTTAAAAGACATGCACTTTAAACACTTTAGTTATCCTTTGCAGTCTACAGGAGTTGAGCAAACGTCAGTCCCCAACAGTTTTCAGATGTAAGCAAGTTAGAGGATAGTCGTTATGATAGCAAACAGACTTGGGATGCTAGATGGGGATCTGATTTTTCTAGAATGATCCTAGAGAATGGACTTTATTGCTGACTTTAGCTGTGGAGTTGATCCACACAGGAAATATGCACACATTCATTTCAACTCCAGGAACTAAGATTTCTTATCTATCAGAGCCAAAAACCAGTGACTCCTTCAACAGAAGCTGGAAAAGGTATGAAAGGAAGTGTGGCTCTTTGTATGAGAGAACTAAGAAGTAGGCTTTCCTGCTAAAGCAAGAGGGCTAGAGTCAGTGTAAGGCTCCCAGAGATGCTAAGAATCCCCATTTTGTTCTCTATAGACCTCGGTACTAGCAATTGGGTATGCAGCCTTCCAGCTCCCAGAATAGACAGGTTAGAAAGAGACTTTCAAACATCTGGAAAAGCAATGTTTAGTACACAGTTTACTTCCTTCCGGCTTGAAGTCAGAAGGAAGTCAGACGTCTTATTTTGATTAGAATAAAGTTGGTGGTGGTGAGCCTGGGGTGAGCCTATACTTCCAGAGGACAAGTGCTGACTTGTCCTGTTAACCTTTGGATACAAGTAAGTTAAAAGCCAGACTCTTGGGCAGCAGCTAAAAAAATGTCAGATAGTTGATATCCAATCTTCTCTTTCCCAGGTAAAAGCAGGTAATCTTTATGGCCTGCCGCTCTGTGCGAAGATGTAAGAAGAGATCGGAGCCCTTGTTTTAAGGCTGCTTTCCCCCTCTGTGGTCACAGGTGGCTGTGCACACTGAACCAGCTGGACTTGCAGCCGAGACAGGTCATTTGGTAGCATCCTTACAAGTGTGGCTCAAACCCTTTAGTCCTCAGGGAAATATGGAGATGAAGTTTGCTTTCTGAGGTCAAGGAAGGGTTTATGGTGAGACTGTAACTCAGCTTCTCACACACTGATTTTTGAAGTGGGCTTATTTTCAGTTCTCCAGTGTATAGACGGTCACTTATTTCTATATTTTCCCAGAGGGTGTTGGCTCATATGTTTATCAGAGGCCCCTGTAGGGAGAGGGAAGGTTCTGAGCCTCCCGTTTTGCCTTCACCTATGGGTTTCCCTCAGGTCAGGTATGTCTTTGGTTTTAGGGTATTTTTGTTCGCTTGCCGTTGTTTTATTGTTATCAGAAACCCCAAGTATTACTTTTGTGAGCATTGATTCTGTTGGGATTCCTAAAATCGTCAAGATTTAAAGTAAACATATTTAGGGCCCTGGAGACAATGCTCAGTGGTTAAGGTCACTGCTGCTCTTGCAGAGACCCAGGTTCAGTTTCTAGTGCCCACATGGTGCTTCACAAGCATCTATAACTCCAGGTCTATGGGATCGGATGTCCTCTTCTGATTTCTATGAGCTCTTTACCGTAAATAGTGCAGAGATGTACACCCAGGCACACATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACTCTAACACACACTAAGTACTTCTTTTCATTTATATCAATTCATGTCTAATAACTTTGCCCTGTTTATATTATAAAATTTTGGTTCAATAAAAAATTTTAAAACACCTGTTCAGTTTACTTAAAAACAGGTTCATCTTTTTAGGCTTTACTTTGGGGTTATTTTTTCGGGAGCTTTTTGAATTCAGTATCGTTTCCTCCTCACTCAGGCTCACTTCCCTTCCATCTCCTCATTATTCAGTCCATCTCCCCAAAGAGT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]