BtaINT0056837 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018581 | EPC2
Description
Bos taurus enhancer of polycomb homolog 2 (Drosophila) (EPC2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192242]
Coordinates
chr2:47529176-47540205:-
Coord C1 exon
chr2:47539862-47540205
Coord A exon
chr2:47529313-47539861
Coord C2 exon
chr2:47529176-47529312
Length
10549 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
AAATTAATGTCCTTTGCCAGTGT
3' ss Score
4.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCATAATGGACCGGATAGCCACAGAACATGACCCAGTCCTGAAACAGATAGACCCTGAAATGCTGAATGGTTTTTCAAGCGCTTCCCAAAATATAGACTTTTCTTCTAATTTCTCTCGGACCAATGCTTCCAATAAACATTGTGAAAATAGACTGTCCCTTTCTGAAATATTAAGCAATATCAGATCATGTCGACTACAGTGTTTCCAGCCAAGGCTACTAAATTTACAGGACAGTGATAGTGAAGAATGTACCTCAAGAAAACCAGGGCAGACTGTGAACAATAGAAGAGTTTCTGTAGCATCTGTAGCTTTATTGAACACCAGCAAGAATGGCATATCAG
Seq A exon
GTAAGTTGCTACTTGTTAAAAGTATATCCTCTTCTCTTCTTAATTTTTCATTATCCACTAAATAGCCTTTCAGGATGAATTTTGAAGGTTTATTTTCATGATCCTACTGAGGAAAGGAATTTTAGCTTAACCTATGTTTTTTTTTCCCCCAATGTAGGAAACTAAACTATTATTGTGGTTTGCATTTTAACCAAAAGTTCCAAACCAATACCTGTAAAACCACTCACTTTGACTGTGCGTACCTGGTACAATGAGTGTGCAGGGAGAATGTGTAGAGAATTCTCTCTGGGCAGAGTGATTATTAGCTACTATCAGATCATCATAGCACAAAAGTGTTTTTGTTATAGAAAGCTTAACACACTAACCTGACAGGCTCCTCTGTCCATGGAATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTACCATTTCTTTCTCCGGGGGATCTTCCTGACCCAGGGATCAAACCCAGGTCTCTTGCATTGTAAGCAGATTCTTTACCATCTAAGCCACCAGGGAAGCCTCTTTTCCTTTCACTTTCACTTATTATATTAACTTTGCTTAAATTTAAGCATTTGCCCCTCAGAAATTCCATTAAAGCTTTCTTTCTGAAAAATGTAGTTTTGGTCTGATAATATACCTCTCTAATTGAGATCAAGAAGTATTTTTCATTTTAAGAGGCATTGTACTAAAATTAATATACCTCAGCATTGTAAATAATGTGTAACATCTAGAGACTCTAAGATGTAATTTTGATTTGTTTTCTTCTGTGGATAGTCTTCTCTTTATCACATATATATAAGTGTATAATTTGTGAGTGTCTTTATAATGTATAAATTGCAAAAAAAATGCATGGTATACAAAGGCAGAGCTAGATGTGGCTTGACTTAAACTGTTGATATCCTTTCTTTCTGTAAAATGTATTTATTTCTAAATTATTTCCTGGACAGTGTATTTTAGTATATAAAATTGATATGTTATGCTTCTTCAAAGTGATTTTAAATCATTTTAGGTTGAAATTTTGTCTATGTAGTGTTTAGTCCTTTTTAATTACTGAGCTGTTTATTTTCAAACTTTACTTAGATGTTTGTCTATTTAAAGGTTGTTATGGAAAATTGGATTTGTTTGAATGATTGGAAGTTGGCATATCATTTCTCCAACTTAGTTGGTTAATTTTCTTCCAAACGAATTTAGGTAAGGAAAATGGTATCTGATTATACATAAAGTTCATGAGTGTGAAGTTTAATGACCTTTTGAAGCTGAAATGGATTAATACCTAATATGACTTTAGACAGCAGGATTCTTAGAAGTGTAAAAATAGTAGGAGCCAGACATCCTGGAATGTGAAGTCAAGTGGGCCTTTAGGAAGTATCACTAAGAACAAAGCTAGTGGAGGTGATGGAATTCCAGTTGAGCTGTTTCAAATCCTGAAAGATGATGCTGTGAAAGTGCTTCACTCAATATGCCAGCAAATTTGAAAAACTCAGCAGTGGCCACAGGACTGGAGAAGGTCAGTTTTCATTCCATCCCAAAGAAAGGCAATGCCAAAGAATGCTCAAACTACCTCACAATTGCACTCATCTCACACGCTAATAAAGTAATGCTCAAAATTCTCCAAGCCAGGCTTCAGCAATATGTGAACAGTGAACTTCAGATGTTCAAGCTGGTTTTAGAAAAGACAGAGGAACCAGAGATCAAATTGTCAACATCCGCTGGAGCCCATTCATGAACATCATCGGAAAGGCAAGAGAGTTCCAGAAAAACATCTATTTCTGCTTTATTGACTAAGCCAAAGCCTTTGACTGTGTGGATCACAGTAAACTGGAAAATTCTGAAAGAGATGGGCATACCAGACCACCTGACCTGCCTCTTGAGAAATCTTTATGCAGGTCAGGAAGCAACAGTTAGAATTGGACATGGAACAACAGACTGGTTCCAAATAGGAAAAGGAGTACGTCCAGGCTGTATATTGTCACCCTGCTTATTCAACTTATATGCAGAGTACATCATGAGAAACGCTGGGCTGGAAGAAGCACAGCTGGAATCAAGATTGCTGGGAGAAATATCAATAAACTCAGATATGCAGATGACACCACCCTTATGGAAGGAAGCGAAGAAGAACTAAAGAGCCTCTTGATGAAAGTGAAAGAGGAGAGTGAAAAAGTTGGCTTACAGTTCAACATTCAGAAAACTAAGATCATGGCATCTGGTCCCATCACTTCATGGCAAATAGAAGGGGAAACAGTGGAAAAAGTAAGAGGCTTTATTTTGGGGGGCTCCAAAATCACTGCAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGATGCTTACTTCTTGGAAGGAAAGTTAGGACCAACCTAGACAACATATTAAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAATGAAGGTCTGTCTAGTCAAGGCTATGGTTTTTCCAGTAGTCATGTATGGATGTGAGAGTTGGACTATAAAGAAAGCTGAGCACCGAAGAATTGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGAAGGAGATCCAACCAGTCCATCCTAAAGGAGATCAGTCCTGGGTGTTCATTGGAAGGACTAATGTTGAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTGATGCAAAGAACTGACTCATCTGAAAAGACCCTGATGCTGGGAAAGATTGAAGGTGGGAGGAGAAGGGGATGACAGAGGATGAGATGATTGGATGGCATCACAGACTTAATGGGAATGCTTTTGGATAAACTCCAGATTTTGGTGATGGACATGGAGGCCTGGCATGCTGCAGTCATGGGGTCACAAAGGGTCAGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGTCAAATATTAGGTCACATCCTTTTTCAGCCAACTCTAAGACATTATTCAAATTATTTAACTGAAATTCCTGTACCAAAAATTACAATAATTTTGCCAAAAAGAGAGTTTAAAAACATATCAACCATAAGCATTTATAAGTAGATTTGACCATAGATTGAATTTTTTCTCTACCAATGAATGTCATAACAAAGGATTGGTTTTAAATGTTCCTTCTCAACTTGAATATGGCCAAATATTTGCAGCTTTCTACTGTACTTTCTTGAAACACTTCAGAACTATTTGACTTGACTCTTCCAGAAAATATATATGTTTCTCTTTATTGTATCATCAGTACTTGGCATGTATGGATTCAGAATATAACAAGTCCATACAGTCAGCTCTAGAATTTTATGACACTACCATGTATCAGCATAAAATAAGCATTTGAAATATTATTTTAGGCTTGCATACACTTCTCAGGGAATTTAAATCACATATATGTGATAGATAATAAGATTTTTTCTATTTTTACCTTTCCCCTGTCATCAGAAAAAAATAGTGGTTTTGGTCTATGCCATTTTTCCTTCTTATGTTTATGTTTGTTATGTAATGGTACTGTGTCTCAATTTAGTACCATTCCATTATTTGTTATTAAAGGATTTTGTTCATGTTTTCTCTCTGCTAACTATAACCCTCTGTAGTCATTGAAGTCACAGGATGGTTTGTTTTTAACAAATTTCTTTTGTTTCAAAATATTAGGCATGGTATATAAATTCATAATGAGACGTGTTTTTAACAGCAGTTTTGTAAACAACTGAAAAGCTGTAGCAGTTATTTGTTTGTTTGGGCCACCCTACAGGGCCTGCGGGATCTTAGTTTCTCAATCAGAAATCAGACCTGGGCCCACAGCAGTAAAAGTGTAGAATCTTAGCTATTGGACCACCAGGGAATTTGCCCATGGCAGTTTTAAGTACGCCCCTTAGCAGTTATGTTCATTACATAGTTTCTCAGTTCTGGATAGATCATTTAAAGTGGATTCAGTTACACTTCAGTAAATATGGATAGAAATTCCTTTTTTACCTAAAGAGAATTTAAGGAATTTCTTAAAAGTTACATTTTTATATTTGATGTGCTTAGTCACTCAGTCGTGTCTGACTCTTTGTGACTCCATGAACAGTAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCATTATATTTGATGGACATATGCAAAAGAATTGAATCCTCGTACATTTGGTTTCTTTTAATCTATGTGTCTGTAACACTTGTGCTTTCTGCTTAATTGTTAGTGGACTTGGTCAGGAGAACATACGTGTCTTTAAGAGTAACAGGACTGATTCAGAACCATGTTTTTACTTGGCAGAGAGTATCATCTGTTTCACAGCTGGGAAATTCACAGCAAATAAAGGGTTTGATCAGAAATAGAAACCTGATACCCATGACCCTTGTGTCACAAGTTCCTTAGTTCTTAAACAACAACCTTGAACATGAGAGCCACTGACAGAAAATTTTCTTACTTTTATGTTGTTAATAACCCAATTAATGTTTTTCAAGTCATAGTTGCTGTGTCCTGAATGTAATCTAATTATTATTTTCGGTACCATACTAAATGGACTTAAAGGGAAACAAATAGAATTGTGTGTCCTAGGTACTAGTAAGAACTAAAACTGAGGACTTCATTTAGTTAATTATTAAATAAAAGTATGTTGTCTTAATTGAAAACCTATTCTCAAAGAATAGAAGTAGGACAGAGAAAGGAAAGACAGATGTGCTAAATAAAGGAAGTGCATAACCAAGGAAAATTATTTTTAATACATAATTATTTAAGATCTAACATATGCAAAGCATTATGTTAAGTGTTTGGAAGTTGCAGAATTTTAGAAGACAATAATCCTTACCTTCAGGGAGCTTATAACAAGCAAATATTATATTATTTAAATAAATAGATGATAAAGTTTTCAGTCATTTGAAACTGCAGTATTTGTTCTTTTGAGATACTATTCTTAAATCCCAACCTTAAGAAAATATATTTCACATCTAAAAGTAGCATTGCTTGTTCAGACTCGAAGGGCAATTTATGTTTAATCTTGCGTTAGACTAATGCAT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Seq C2 exon
TGTCAGGGGGCATCACGGAAGAGCAGTTTCAGACTCATCAACAGCAGTTAGTTCAAATGCAAAGGCAGCAGCTTGCTCAGCTTCAGCAGAAACAGCAATCTCAGCATTCCTCGCAACAGACACATCCAAAAGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018581:ENSBTAT00000024730:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.302 A=NA C2=0.935
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(18.2=91.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]