RnoINT0055462 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000029447 | Epc2
Description
enhancer of polycomb homolog 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1307271]
Coordinates
chr3:33727023-33735535:+
Coord C1 exon
chr3:33727023-33727366
Coord A exon
chr3:33727367-33735398
Coord C2 exon
chr3:33735399-33735535
Length
8032 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
ACTCTTTTATCCTTTCTCAGTCA
3' ss Score
8.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCATAATGGACCGAATATCCACAGAACATGACCCCGTCCTAAAACAGATAGACCCTGAGATGCTGAATGGGCTTTCAAGCTCTTCCCAAACTATAGACTTTTCTTCTAATTTCTCTCGGACCAATGCTTCCAGTAAACCTTGTGAAAATAGACTGTCCCTTTCTGAAATATTAAGCAATATCAGATCATGTCGACTACAGTGTTTCCAGCCAAGGCTACTAAATGTACAGGACATTGATAGTGAAGAATGTACCTCAAGAAAACCAGGGCAGACTGTGAGCAGTAAAAGGGTTTCTGCAGCATCTGTAGCTTTATTGAACACCAGCAAGAACGGCATATCAG
Seq A exon
GTAAGCATCTGTCTGTCACAGATCTCTGCTGTGATTCTTCGCTCCTGCGTGTCCATTATGGAATAATTGAACTCTTACTAAATTTTGGAGACTTATTTTCCTACTTCTACTTGGAAAATAAGTCTCAGTGTACTTTAGTTTTCAGTCTAAGAGGCAACAACCGACTAACTGACTTGAATTTGGCACGTGAATGGTGTGGCGAGTGTGTGGGCTGAGCCCAGTGTTCCGGTGGCTGTCTCCTAGTCCTCGCTCTACCATGCTGTCTACTTCTTATGTTAAAGATGCTCATTAACTCGGATGGAATGCAGGCACTGTTGCACCTTTGCACTATTGAATAGTGATTTTCATCTGCATGCTTGCCTTTCTAGTTGAGATCAGAAATACCTTTTTCATTTTAAGAGATACTGTGCTAGATATAGTAATGAGTGTGTATAATTTCAACATTTGGAAGGTAGAGGTGGAAAGTCAGGAGTTCAAGATCATCCTTGACTACATAGCTACTTTTGAGGCCACGTCTCCCTATGTATGTATGTATGTATGCATGTATGTATGTATGTAATGAATTTGTGGTCAAATAATTTAGTGTTTTTATGGTATATACATTATGAATAATTTGAATAGGCATATCAAAATATAATTTTGATTTGTTTTATTTTGTGGATAATTTTACTATGTTTACAAGTATATGTAATTTACAAATATGTTTCTAATATATATACTGCAATTATGCATGGTAACCAGTGGAAATGTATTAAATAAAACCTGTTATTTCATTTTTAAAATAATTTATTCAACAGTTTCATGAACATAAATGGTATATTTTGGTGACATGTTCCTCTCCTCTTTCTTATTTCCTCCCAGCCTTTTCAAAGCCCCTCTTCTACTCATCAAGTCCCCACTCCATTTTCTTATCTTTTGTTATGTTGTGCTTTTGTTTGCGGACTCACTGGGTTTAATCATGGCCCCTAGTGTGGATGTGGGAGTGGATCTATCCACTGGAGTATGAATGACTCACCAGTAGCTACATGACTGATGGTAGCTGACTTCCTCTCCACCAGCAGCCCTAGGTTGTCATTAGCTTCCCTGGATGGTGCAGGGACCCATGAGATAGATCCCTCCCCTGTCTGTGAATGTTATTTACTGGTTCGTTCTGTGTATGCTCTATGCAGTCAACCACAGCTGCTGTGGGTTCCTGAGTGTGATGTCCTAGGCATAAGACACTATCTCACAGCCTTCTTCCCTATTTGTCGCCTAGTTCATTTCACTCCTTTCCTCAGTGTTTCCGGAATTTGGATGTTATGGTTTGGGAGCTTCAAGGCTGAGTACTCAGCAGTCAAATGTTCTTTGCCTCTTTACCAGCTGTGAGTCTCTGCGTGGACTGCTATTGATACAAGAAAACACGAGCATATCTAAATTATGTAGGGTACTGCAATGATATTCAACTTCTGTAGCGCCATTTTAGATTCCTTCAGTGTCAGTGGTGATCACAGTCTTGTGTGTGAGCTGTTTTACAATTTGGTGTAGACATCCATTCATTTAATGGTTGCAGTAGAAAATTAGAGTTGTATGAATGAATGGAAGTTGGCCTATATTTCTCTGAACATGCTGGTTCCTTTTCTCTAAGCTGAACTATAAGAAAATGATGCCCTTTCTATATAGCTTGTGAGTTGGTGAAGTTTAATGAGCCTTTTAGGGGTTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCAGTCCCCAGCTCCTAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAATGAGCCTTTTAATCTGAGGATAAAAATATCTCGCATAATTTGAGATCTTTGAGTTTCTAGGAATCTGTTATTACAGGAAGTTAAACAGTATTGAATCTTTTTCCAGCCAATTCCCAAAATTATTTAAAATTATATGAATAGAAATTTCTGTACCAAACACTACTCAAAAAGGAAATTCAAACCATACCCTATATAGGTGTTGATAATTGTGTTTGACTATATGTTGACTTTTTAACTCTACCAATATATAGTTTGTATAAAATTATTTGAATGGCTTCTCAATTTGAGTATTTATAGATTTCTATGTTCAAATGAACTCTGGATTTGACATAAATATTTTCTAGATAATATATGTTTTCTGTTGCTATATCAATTCTGAATATATATTGATCCAAAATTATAACTTAATATAACTGAAATGGTTTTCTAATAATCAGCTATCATAATGAATTACATTATTCATGTATCATGAAAAAAATCACTTAAATTACCATAAGTGTACATGCCGTTGTCATTTTTCCTGTATTTTTTAATATATAATATCATACCTTTCGACCTCAATTTGATTTCTAGAATATACATGCACACTCACAAAGCCAAGTATGATAGTATGTGTATAATCCAGGCACTAAGAGGGCAGAGGCTGGCACATCTCTGGAGCTCTCTGACAGCCAGTTGCTCCTCCTTGCTAAGATCCAAGCCAGTAATAGAATCAATAGAATCAAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGGGTGGACAGCACCTGAAGAATTACACCTAAGGTTGTTCTTTGGTCTGCACATAGGCACATGTACTTACACACACACAAACAAACATGCGTACACACAAAATAAATGTGTTTAAGTAATAACAAAGATACATTAGAGGTTATTCTGTGTATGTTTATTTGTAGTGTGTGTGTTAGTATGTGTGCCCCTATGCATATGGTTATGGGTGTATGCATGTATGGAGGCCAGAGTTCAATGTCAGTTGTCTGATGTTCTGCAGAAACGGGAGCTTTTACTGAGCCTAAGTTAATAATTACTGGAGCTGACCAGCCAGTGAGTTCCAGAAATGTACCTAGCTCTGTCTCTCTGGTACTGGGACTATGTATGCTTTCTGCTTCACTCTCCTTTAACATGAGTACCGAGGGGTTAAACTCAGGTTGCTGTAGCTAGTTATACAGCAAGCACCTTACCAATTCTACCATCTCCCCGGCCCTAGAATTCAGTCCTTAAAATCAGCTTTTCTGTTAGTAAAGCAAAGAGTTTATTTACTTCTAGACTGCTGGAGGTCTTCTTGTCCTTGATATCATGAGAGTTTTTGTTTTTAATAAATTTTTAAAATATTGGGCTTGTTGGCTGAAGAAGTTCATGTTCATTCAGTGGTAGAGCTTGCCAAGTAGGTCCCAGGTTTGAGTCCTTGCACCACTTAGGCAGTGAGGTTGTCTGACGTGGGATGTAGGTACTTAGTGAGCTGTTATAAACAACAGCTAGATACCGAAAGGGACTTCGCAGTACAATTCAGTAAATACCCATACAGGTCCCCTTCTGTGCCTTTAATAATTTTGTCATTTACTCGTTTGGGTGAACTTTGGTCTCCAAAGCTGTGCATTTTTTAAAACTAATAGGACAGGCATATAATTTTACCTGTTAGAGTTGTCTTTCCCTGCTGGGAAATCCCAATAAATGAAGAGTTTAAGCAGAAATGAAGTCCCATGAACTTGTTTAGTTTCTTTTCCCATTCTTAAATTGCCATGAAGTGTTTGCAAGGATAGGAAGTGTTAGGAAGTGAAGTAGCTTTAATGTAAATACTCATAAGGTTGTTTTTATTCGGGGAGATTATGGCTGCCTCTAAAGATAAGAAAATTCAGACCTAAGATATTACCTAAGGAATTACCAGTCCTTTAATAAGAACTACTGTGTTTGGACATCGGAAATCTGTTGTCATTGTCCTTGTATCCATTTGTTCCTTGTTTCCTACCCATCCCAACGCTTCAGTTATCTTCCTGTATCTACAAGTTATGTTCATAGAACATTTGTACAGTAATTCCAACTCCTCTGGCTTTTCCCTGGACTACCCCCAGTGTTTTATGAGAACTGCTGCTTACGCTCCACTGTGACATATAAGATATAAGACAGAACCTCCCTGTCTGCCTGCCCCCAGTTCAGACCCAGATCTGTCCCTTGAAATTCTAGTGTGACCATTATTGCTTTAAACCATTTGCTGTAATGCGTAACAAAGACTCACTGGGTAGTGAATGCAGGATAACATTATCTTCACCAGCACATTAGGTGTAGTGAGAAATTAGCATTTGAAAAATCATGCTTTCTTAACTTAAGAAATTCTGTTAAAAATTAAAAAGCAAAGGCAGGCACAAGTGAAAAAGATCCATATTCCATTGTTGGATTATCATTCTAGAGTAACTAGTGCATGTCTCTGTTTCTTTTTCTCTTTAGTTTATCAGTAAACAAAATTAAGAAATGCTTGAGAATATTTCATATAACCACAAGAGTGCCTCTATAGACCCAATCTTACAACTTTGTAGTTATGTCACTATATGAAGGCCATGAAGTATACATTGTGGGTTTTCTTTCTCATGGCTCATTAACCAGAGAGAAAGGTGCAAAGAGCTTAGCCCTAGCAGAGCGCCATATAGGAAGTGCACAGTAGAAAAGTGATGGCCCTTAGTGTCTGTAAAGGCCATATGGAGTTGTCTGGAAAATAAAAGCCAGCCAGTTCAAGAAGGATAGCAAATCCAGAATATAAAAGATAGCCAGAAAGGTCCAGCAGCAAGAAATGCAAGGTGTTGGATACATAAGGAAGAAATTCTTTAGTCTGTCAGAGGATATTAGCCAGGAAGATTTGTAAAACTGTTTACTTAAGGAAAAGAATGCTTCCCATATACCTAAAGCAGTAAGTATTGTCACCTTTCAGGACAGGCAGGTTTGTGACCTGATAGAACTTTGGGGAGTAAACTAAGTTTGCTCTTAAGCTGCCAACTTGTACAGTAAACTAGTGAGAAGAGTTCGCATGGCTGCAAGCAGGAAGAGAGCTTGTTTGATCCATAACCACTTCTGCCTGTGCCACCGCCACCCTGACCAATGAAGAGTTTCCTGCATTTCATCCCAAATGGATGAGTTCACTCTAGCTATACCTTTCCTATGCATTTTAATGTATGCCACTAGATGACTCCTTGTGAAAAAGAAAATGAATCTCTTGGAAATACTCCAGTAACTTAGGAAAAATAATCCACTGAGAAAGTGTTTTCTCTTTCCCACAAATTCATCAACCGTGAGAATCAGCTCACTGCTGTGTCTGTCTCTCTTACCACCTTTCCTTTTCCACCACTAACAAAGATGTGGGCTCACATCTTTAATTCTGGCATGTGAGAGGTAGAAGTAGGTGATCATGGTTCAGGATCATCCTCCATTGCATAGTGAGTTCTGGGCCAGCCTGGGCTATGTGAAACCTTGTCTTAAAGAGGGGTGGGTAGTTGTTCAGCATTGTATCTTAGAATTAAATAAACAAACAAACAGTACTCTAGAAAATTCTAGATCAAAGAACAGTTTGTTTGAAACACGAAACAGAGCACCCTAATGACATTCTATTCCTGAGTGTCAAGAATAGCAAACTTGAGTAAAGGGGGCAGGGTAATTTTAAAATTTTATCTGTATTGTAGAATTAGCTTTTGTTTGGTTTTAGGTTTTGGCTGTGGTTTTGTTTGTTGTTGTTTTATCAGTGATTCTTTACTAGAAGTGGGACCAAGAATGAGAGTTTTAGTATCCCCTTTAAATATGTACGTAAGTTACTACTTGCTCCCTGCATTGTGCAGAACTCTTAGTGGGCAGTATTGTGTTAGCTGCAGACTAACTCGAGAGTAACTGGTCCTCTGCGGCCTCAGCCAGTCTTCTGCCTTAGCAGGATCACAGTCTTGTACCACCACACTCAATACCAAAAATAATTTATTTAATTAAAAATGACACTTTATTTTGTTTACGAATTTAGATAACAGTTAACTGTCCCATATCTGACATAGTTAAGAATGTTTTAGAATATTTGTGTGAACTTTACTGGTTAAAAATCCTTTATCAGAATATTTGAAATCTAAATGCTCAGACTAAAACTTTAAATACAGTGAAAAGGTGAAAAGGTTCTGGGTGGGTTTTGGAAATTTTCTGATTATCAGAGTTAGTGTTTTATTCTAAATTACTACCATTTTGCCAACTGCCTCACAAGGCTCCGGGAAGAATAAAAAAGAGTCTTGTTCACATTTCTGTTTTTAAATGGCAGTAAAAGTGTGACAACTTACTATTTATCCTAAAATGAATAAGCCTGAGTCTCACTTTTCCACAACGTAAAGCTCAGATCTACTCAGAGAGCACTGGTTCACTGGACTGAGCTAGCCTTGAATTCTACCTTTTCCTTTCCAAATGGCTCAGCATAGAAGACATAAGACTTGCTAAATTATTTAGATTTATGTTTTTTCTTCCTGCCTTCATATCTAATAAGCTATTTTTTCATCTCTTTCCCCAAGGTTTTCAAAAAGCTGGAAATTCATGAATACTTCATACTTTCATTTGATTTTGAAGATTGTAACTTTAGACTTAATTATTTTATTTAAAAATAGAACACTTGCAATGAATTTAACATGTACAAAGAAAGACTTTTGATTTTGTTGGTAATTCAGTAAAATAACTATTGTGTACTTCAAAAATACAGGTAAAGATTCTAAAGTGAGCAGTATAATAAATAAGCCAGTGTTTGGAATCTTCTAGAAATAAAATATTTATCTCCCCTCATAATTGAGTAGAAATTGTGATGCTGTATCATATGAGAGAGACGAAAGTATGTTTAAAGCTCTGCTCGTCTTGCTAAGCATAGCTTAGCTATGAGTCTGTCTGTATAACTGTCAGATTACACTGTCAAGACACTGGTAGGTGAGAGTCTTCCCCAACACACGCTCTGGGAGAGTGAGGGTCCTCAGTGTCCATCGTATTGATTAGATCGCTCAGCACATGTAAACAGTGACACTACTTTGCTTTTTCCCAGATGTACTGTGGGACTTTATTTGATAACCCTTTTTCTAATTCATTTTCCCCTTAAATCACCAACATTGCTAGAGCATATTCCGCATGGAGTAGACAGTAAATTATTGCTGAGTGAGTGAATAGAGAAGAAATTCTTTTTTAAATGAGTAGAATTAGGCTGGAGATGTAGCTCTGTTGTGGGATTGACTTACCTAAGATGTGGGCCCTAGCACTGCAAAGAGAAGAGAGAGGAAGAGTGAGAATTACACTTTTAAGAGTACGTCTATTTTAGTGTCGTTGGACACATATTCTAAATGGGTCTTAATTTTTATGAAAATACCTTGTGTTCGCTAAGTTGACTCATCGGCAACACACTTAAATATGAGTTCATGAAACTTCATTTACACTTCTTTGAGAAAAAATTGTACCTTTTACTTTTGAACTGATCCTTCTGTCGGCTTAAGAAAACAGGGATCTTGCCCTTTTACTTAAAACCCATAACTTTGTACTCTTGAGAGCATTGTTGATTGCATCTGGCCATCCATTATAACTCTAGTTTTCTGAAAATGTCTCCTTTCCAGCCCTCACTTCTATAGAATTTATTTCAGACATTGACTGTACTGGCTTACACTTAGGTCTGCTGAATGTGATTGTTTTCTACCCCAGTTTAGAATCAGAAAGGAAAGTGTCATAAAAACTGGCAGAAGTCATTTTGTCTCTCGTTAAGGCTGTAACTTGGTTATTATTAATATTTACAGTAGTAAATGCAAGTAGTCACCATTATCATTACTGCTATTATTCATTGGCCCCTAATGTGGAAAACTAACAGACTCCAAAGCTGAGGCCAGCATGATGGCTCAGTGAGTAAAGAAAGACACTTGCCACCAAGCCCGAAGACCTGAGTTCCATCCTCTGACTTCTGTGCATTCATTGTGGTACACACACCCACATGCTGAACACACAAACATTTAACAACTCACAAAAATTCAAAGACAGATTTCACTTCCATCATGTTAGACAGTTAAAAACTACATAAGAACACAGGAGCTTGTAGACGTGAAAATACAACACTCAGATTTGCCACTGGGCTTCTACTTTGCAGATGTATGTGGTGGCTTGTATTTGCTTTTTACCTTTACGAGCTTATGTTGTATTCTGCTTATGCCATTAAAAATGCTCTAATACTCTTTTATCCTTTCTCAG
Seq C2 exon
TCACAGGGGGCATCACAGAAGAGCAGTTTCAGACACATCAACAGCAGCTAGCTCAAATGCAAAGGCAGCAACTCGCGCAGCTTCAGCAGAAACAGCAATCCCAGCATTCCTCACAGCAGACACATCCAAAAGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000029447:ENSRNOT00000051953:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.336 A=NA C2=0.978
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(18.2=91.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]