HsaINT0056895 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000135999 | EPC2
Description
enhancer of polycomb homolog 2 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:24543]
Coordinates
chr2:149528613-149539349:+
Coord C1 exon
chr2:149528613-149528956
Coord A exon
chr2:149528957-149539212
Coord C2 exon
chr2:149539213-149539349
Length
10256 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
AAATTCATGTTCTTTACCAGTAA
3' ss Score
4.96
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCATAATGGACCGAATATCCACAGAACATGACCCAGTCCTGAAACAGATAGACCCTGAAATGCTGAATAGTTTTTCAAGCTCTTCCCAAACTATAGACTTTTCTTCTAATTTCTCTCGGACCAATGCTTCCAGTAAACATTGTGAAAATAGACTGTCTCTTTCTGAAATATTAAGCAATATCAGATCATGTCGACTACAGTGTTTCCAGCCAAGGCTACTAAATTTACAGGACAGTGATAGTGAAGAATGTACCTCAAGAAAACCAGGGCAGACTGTGAACAATAAAAGAGTTTCTGCAGCATCTGTAGCTTTATTGAACACCAGCAAGAATGGCATATCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TAACAGGGGGTATCACAGAAGAGCAGTTTCAGACACATCAGCAGCAGTTAGTTCAGATGCAAAGGCAGCAACTTGCCCAGCTTCAGCAGAAACAGCAATCTCAGCATTCCTCGCAACAGACACATCCAAAAGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000135999-EPC2:NM_015630:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.345 A=NA C2=0.935
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(18.2=91.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)