MmuINT0058044 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000069495 | Epc2
Description
enhancer of polycomb homolog 2 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1278321]
Coordinates
chr2:49392345-49401365:+
Coord C1 exon
chr2:49392345-49392688
Coord A exon
chr2:49392689-49401228
Coord C2 exon
chr2:49401229-49401365
Length
8540 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
ACTCTTTTATCCTTTATCAGTAA
3' ss Score
6.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCATAATGGACCGAATATCCACAGAACATGACCCCGTCCTGAAACAGATAGACCCTGAGATGCTGAACGGGTTTTCAAGCTCTTCCCAAACTATAGACTTTTCTTCTAATTTCTCTCGGACCAATGCTTCCAGTAAACCTTGTGAAAATAGACTGTCTCTTTCTGAAATATTAAGCAATATCAGATCATGTCGACTACAGTGTTTCCAGCCAAGGCTACTAAATGTACAGGACATTGATAGTGAAGAATGTACCTCAAGAAAACCAGGGCAGACTGTGAGCAGTAAAAGAGTTTCTGCAGCATCCGTAGCTTTATTGAACACCAGCAAGAACGGCATATCAG
Seq A exon
GTAAGCATTTAAAGGTCTGTCAGATCGCTGCTGCTGCTGCTGCTCTTTTCTCCTTCGTGTCCATTACCTAATAAGTGAACTCAGAATACATTTTGGAGACCTACTTTCCTACTTCTATTTGGAAGATAAATTGTAGTTCAGTTCAGTTCTCAGCCTAAGAGACAGCACCCTACTATAAATGACTCGAATTTTGCGTGTGAGTGGTGTGGCAAGCGTGTGGGCTGAGCCCAGTGTTCCCTGTGAGTTTACTGCTTACTGGCTGCCTCCTGATCATTGTTCTACAATGCTATTTATTATGTTAAAAAAGTGTTCATTGACTTGGATGGAATGTAAGCATTGCTCTTTGAGAGTTCTCTTGAAAGCCTTTCTAGAAAAAAAAAATTTTTTTTAAGGATGCTATTGAATAGTGATTTTCGTCAGCATGCTTTCCTTTCTAATTGAGATCAGAAATATCTTTTTCATTTTAAGGGATACTGTGCTAGATATATTAACATGTGTTTATAATCTCAACCTTTGGAAGGTACAGACAGGAAAATCAGGAGTTCAGGGTCATCCTTGACTACACTGCTACTTTTGAGGCCCTGCCTCCCTATGTATGTATGTATGTACGTATGTATGTATGTAATGAGTTTGTGCTCAAATAATTTAGTGTTTTTATGGTATATACATTAAGAATAATTTGAATATCTAGGTATTCCAAAATATAATTTTGATGTGTTTTATTCTGTTGATAATCTAATTACATGTTTACAAGTTTATATAATTTATAGATATGTTTATAATATATACACTACAATTATGCATGGTAGCCAGTGGAAATGTATTAAATAAAACCTCTTATTTCATTTTTAAAACAACTTATTCAACAGTTCCATGAACATAAATGGTATATTCTGGTGACATATACTCCTCTCCTCTTTCTTATTTCTTCCCTGCCCTTTCAAAGACCCTCTCCCACCTATCAAGTCCCTGTTCCATTTTCTTACCTTTTTGTTTTGTTGTGCTTTTGTTTAATCATGGCCTTTACTGTGGACGTGGGAGTGAATCTATTCACTGGAGTATGAATGACTCACCAGTAGCTACATGACTGAAGAAGATGGCTGACTTCCTCTCCACCAGCAGCCCTAGGTTGCCATTAGCTCCCCCGAGTAGTGCAGGGACCCAGGAGATCCTCCCCTGTCTGAATGTTATTTACTGGTTTGCTCCAAATATGTTGGCTCCTTTTCTCCTAGCTGAACTTTAAGAAAATGATGCCCCATTCTTGTACTTTGTGAGTTGGTGAAGCTTAATGAGCCTGTTAATCTGAAATGGATAAAGATATCTCATATAATTTGAGATCTTTTGAGTTTCTAGAAATCTGTTTTTACAGGAAGTTAAATAGTATTGCGTTTTTCCAGCCAATTCCCAAGATTATTCAAAATTATATGAATAGAAATTTCTGTACCACTGTTCAAAAAGGAAATTCAAAACATATCCAATATAGGTGTTGATAATTGTGTTTGACTATATGTTGGCTTTTTAACTCTACCAACATACAGCATGTTTAAAATGATTTGAATGGATTCTCAATTTGAGTATTTACAGATTTCAACCGTATGTCCTAAATGAACTCTGGATTTGACATAAATGTTTTCAAGATAATATATGTTTTCTGTTGCTGTATCAATTCTGAATATATACTGATCCAAAATTATAACTTAATATAACTGAAACTTTCCTAACAATCAGCTATCATATTGAGGCACATTATCCGTGTATCATCATGAAAAAAGCATTTAAATTACCATAAGTGTACATGCCATCTGCCATTTTTCTTGTATTTTTCAATATATAATACCATTCCTTTCCACCTCTGTTTGAGCTCTAGAATGTACAGACACACTTACAAAGCCAAGCATGGTAGTATATTCATGTAATCCCAGCACTAAGAGGGTGGAGACTGGCACATCTCTGGAGCTCTCTGACAGCCAGTTGAGCCTCCTTGCTAAGTTCCAAGCAAGGTCTTTTTTTTTTTTAAGGGTGGATAGTACCTGAAGAATTACACCTAAGGTTGTTCTCTGGTCTGCACATATGCCCATGTACTTGTACACACTCAAGGGAACATGCATACACAAAAACGTTTGAATTTAAGTAATAACGAAGGTACATTAGAAGTCATCCTGTGTGTGTTTATATGTGATATGTGTGTGTTAGTATGTGTGCCCATCTGGTTATGTGTGTATGCATGTATGGAGGCCAGAGATCAATGTTGGTTATCTGATGCTTTGCAGAAACAGGAGGTTTTTCTGAGCTGACCAGCCAGTGAGTTCCAGAAATGTGCCTCCCTCTGTCTTTGTGGTACTGGGATTACATGTGCTTTCTGCTTCACCCTACTTTCAGCATGAGTGCCTAAGGTTGCAGTTGTTATACAGCAAGCACTTTACCAACTCTACCATCTCCCCAGCCCTAGAATTCAGTCTTTTTAAATCAGCTTTTCTTATTTATATGTTAGTAAAACAAAGAGTTTATTTACTTCTAGACTGCCTGAGGTCTTCTTGTCCTTGAGATGATGAGAGTTTTTGTTTTAATACATGTTTAACGTATTGGGCTTGGTGATTGGAGAAGTTCATGTTCATTCAGTGGTAGAGCTTGCCTAGGCTGGACAGGTCCTAGGTTTGGGTCTTTGCACTACTTTAGAAGTGAGAGTGGCAGACATGGGAATGTAGGTATCTAGTGAGCTGTTGTAGGCAACAGCTAGATAACTGAAAGGGACTTCCCAGTGCAGTTGAGTAAATACCCACGTGGGTTCCCTTCTGTGCCTAATAATTTTGTCATTTACTCATGTGGGTGAACTTTGGTCTCAAAAGCTGTGCATTTTTTAAAACTAATAGGACAGGCATATAATTTTACCTGTTTTCTTTCCCTGCTGGGAAATCCCAATAAATGAAGAATTTAAGCAGAAATGAAATCCCATGTACTTAGCAGTAGTTTTTGTTTCTGCAGCATGTTCTTAGTTCTTAAGAAAAGCAGGTAAGAAGGGTCTATCCCGTGCATACTCAAAGGCAAGTGGCCTAGAGTCTTTTTATGTTCCTGTTGTTAGTAAACATGGTTAACTTTTTAAAGTCAAAATCTCTGTGTTAAAAGTGTTTCATTTAATGTATTGATTATCTAGAGATAGGATCTCCATGTAGCCCAGTCTGGCCTCAAACTTAATGATCTTCCTGCATCAGCCTCTCAAGAGCTAGGATTACATATGTATCCCATCATACCTAACTTACATTTATCATTTTTGATATGCTTCAAAGAAAATTTAAATGTGTGCCCTAAATATCAGAAAGACCAAGACAGAAAACATATTTTAAATGAAATGAGAAACATTGCCAATTACTACGTAAAGGTATTCTTAATTTAAAAACTCAACTGAACTGAGAAAGGAAAGAGGCTGTATTGAGTGAATAAACAGAAAAATTATTTCATATAAAATTATTTACACTGTTTTATATACAAAGCACTATGTTTAATGATTGAAAAGTCGAGGAAAAAACGATATCTTCAAGAATCTGACAGCACATGGTAACATTCCATTCTTTATAGAAGTAAAGGGTACTAGAGTCAATAGTCATTTGAAACTGGTACTGTCAATTTTTAAAATTTTTTTCTTTAGTATAAAATTCAAGAAAACATGTTTCATATGTAAAACAGCTTTACTGATTCAAACTTGAAGGGACAGATTTTTGTTCAACGTGGTTTTATCAAGTTAACATGATATAGTTTTTTTTAATGCATGCTTTGATAGATACCAATACCCTTTTTGAGCATCTCCAGATACCTTACAATCATTAACAGTTTATATAGTATTCCAGGAAGAATTCCTGAGTTTTCATTTATTTAGTTTCTTTTCCCATTCTTAAATTGCCATGGAATGTTTGCAAGGGTAAAAAGTATTAGGAAGTGAAACAACTAATGTAAATACTCATGAGGTTGAACTTACTTGGGAAGATTATGGCCTCCTCTGAAGGTAAGAAAAAAAAAATTCAGACCTAAGCTAAGATATTAAAATACTGTAGCATGGCTGTTAAAAGTATTAACAATCTTTTATTATTAACTTCTGTGCTTGGACATTGTAAATCTGTTGTCATTATCCCAGTTGTTCATCATTTCCCGACCCTCCCAACTCTGGCAGTTATTTTCCTGTTTCTCCAAGTTATGTTTAAGAACTTTTGTAGGCTTGCACAGTAATTCCAACTCGCCTAGCTTTTCCCTGGAAACCTCCAGTGTTTTATGAGCACCACTGCTTACTCTACACTGTGACATGTAAGCTATAAGACAGAACCTCCCCATCTGCCTGCACCCAGTTCAGACCCAGATCTGTCCTGTCCCTTACAGTGAAAATCCTGGTGTGGTCAGCATTGCTTTAAACCATTTGCTTTAATTCACGACCAAGACTCCCCTGGTAGAGAATGCAAGATAACATAATCTTCACCAGCACATTAGTTCTCCGTTAAACTGTGAAAACTTGGTCTAGGCCAGTATTTGAAAAATCATGCTTTCTCAAGAATATATCTTAGCCCAGCTTACGAAATTCTGTTAAAAATTAAAAAGGGAAAGTGGGCACAAGTGGAAAAGGTCCATTTCCCTTATTAGATTATCATTCCAGAGTAACTAGAACATGTGCTGTTTACTTTTCTCTTTAGTTTATCATTGGACAGCAATACAAAATCAAGAAATACTTGAATATACTTCATATAACCACAAGAATGTCTCTGTGGATCCAATCTTAGAATTTTGTAGTTATGTCACTGTATAAAGTATCCAGAGTGGGTTGGTTTTGGGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCTAATGGATCATTAACCAGAGACCTGTAGAGAAAGGTGTAAAGAGCTTACTTAGCCCAAGCAGAGCGCCATATAGGAAGCACACAGTAGAAAAGTAATGGCCATTAGTGTCTGTAAAGGCTATATGGAGTCGTCTGAAGAAAAAAAAGCCAACTAGTG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Seq C2 exon
TAACAGGGGGCATCACAGAAGAGCAGTTTCAGACACATCAACAGCAGCTAGTTCAAATGCAAAGGCAGCAACTTGCGCAGCTTCATCAGAAACAACAATCCCAGCATTCCTCACAGCAGACACATCCAAAAGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000069495-Epc2:NM_172663:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.272 A=NA C2=0.935
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(18.2=91.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: