BtaINT0058297 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011363 | EVI5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3501]
Coordinates
chr3:50948228-50960298:+
Coord C1 exon
chr3:50948228-50948288
Coord A exon
chr3:50948289-50960244
Coord C2 exon
chr3:50960245-50960298
Length
11956 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
ACCTTTGTTTTTTTCTGCAGAGG
3' ss Score
11.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTGAAAAGGAATATACTACAATAAAAACTAAAGAAATGGAAGAACAAGTTGAAATTAAA
Seq A exon
GTAAGTATCTTAGGACTTTTAAAAGTACTGAACATAACTTGATTGAAGTCAGTTATTTGGCAATATATGTTAGGTAATGTTGACATGTGTTGATATTATTGCAGATTGAATGATGGTGTTTGTATTTATTTATTGATAAATTTACCATCCCACTAGGTTATAGTTAAAAAACAGACATTTCAAAAAAATAATGTGACTGAAGTGGTTTTCATTCTAATATGGAAGAAAGCAGCTTTTCCTTTTTCTGGATTTATTGGCAGGTCATCAGGAGAAAATACTTCTTTGGGGAAAAAATAATTATCATTCCATTTAAGCATGTTTTAAAAAGTTACAGAGAAGATAATCTATAACATGTTGAGACTAAAAGCAGTATAGTATAAGGGAGACCAAATAGAGGAGATGATTGCATTAGAAGTAATTTTGGCTGCTTTAGAGAAGCAGAAAGCTTTGACTAATTCAATCTTCCAATCTCTAAGCAAAGGTTATATTTTAATTACTGTTCAGAGAAACAGGTAGGTTTTCCATCTGAAGCACATGTAAATTCACATGTGTATCTAAAATTGTTTGTATCCCTGTAGGCTAGAAATTGCTGAGGATCCTTTAGCATTGTGTAAGCTGTGTGTTAAGGAAAATTAAATTGGCTCTTACGCTGATATTTCAAGATGGGGATAATGAATAGAAGTGTGAGTTAGTGAAGGAACTCAGTGACTGGCTGATCCAATTTCTTACCTTTTATTTTCTCCCTAACTCCTGTAAAAGAAAAAGAAAAAACGAATTTATTGAATGACTACACTTTAAAAAACAAAACACAACTGTATGTTTGAATGTGTCTGATTTTTAACTTGGACCTAACAAGACATTGGATGACCATCTTATTTACAGTTTCACTAGCCATGTACTAATTCAACCTTGCTATAAAATAAGACTTCATTACTCACATCCTACAGGCCCTTTTTACTAGGGAGTGAGTTCTGCTAAATTGCTACTCTTTCTTACCATAATCCTGCTCAAAAGCCTCCTGAAACACAATTTCTTCCCTCATCAACTCTGTCTCTCTTTTATTTCCATTTCTATCACCTACTCACTACCTGTTGGAAATAGATACTTCTAAATTTTTCAGAGAGACAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAAAGAAAAGATCCCTGTGGATTTTTTTCCTCTTTTTTTTTTTTTAAAGTCTGTCATCCAACTGCTGCTCTACTATTTGCTTTTCTTTTAGGTTCCATGAGTAAGAGTAATATTAAATCATACCCTCCACTTCAACCTCCTGAAAGTAAAAAGTACGTCATCCTGATGACTGGGGCGAGACCATGGGTTATTCGGAACTGCAAATCAAGAATCTGAGGATGGGGAAACCATCCTGTTCATTTCATCATGCTTTGTTGTTGCAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAACCTCAGTTCTATGAACAATCCTTGCTCTTGAAGAAGTTTTTTTTCTAAGATTAAGTCACATATGTAGGAATATCAAAAGGCCTTTTCAAAAAGATCTAGCAGACTTTAGCCTGTATTTGCAGTTTTTTTCAAATTTTTATTTTTGGGTAAAGTAATAGCTGACATACCTCACAAAATACTTTAAAACATGTTTTAGGCAAAAACAGATGGCTTATAAAGTTGTTTATAGAGAAGAATCTGGGGAAAAAACATTTAAAAAGTTAGTGGAATGCATTGGGTAAACAAAGTATGCTGATTTCAAAGATAGTTCCTTTTATAAAATCTTGTTTCCACTTAGTTCTTTTTTACTCTTATACCATTTTCTTTCCTTTCCTCATTCCTCCTGCCCCTTAATGGACAAAGCCAAAACAATTTTTGTGTAACTGTACTTTTTAAACTTTGTTTGCACATGTGTGATTTTTAAGTTGGATCTGGCAATTATTCTCAGTCATAATCAGAAGACCACATTATTTACAGTTAATTAGCCATGTATTCTTGGAGCCTTTCTCATCAGTGGGTAATGCCACTTCCTTATTCACATTCCCTTCCCCTCCCGCAAGGTCCCTTTTACAAGGGAATTAATTCTGTTAAACTAGTACTTTCTTGCTTTGGTTCTTAAAAGCCTTATATTGTGCTTTTCACAAATAGTATGATCATAATTATGTGATTTTTTTCCCATTTTATTGCAGTTTGTAGATATTATATATTTTTTTGTTTATTTTAAATTGGAGGATAATTGTTTTACAATGTTGTATTGATTTCTGCTGTACAGCAACATGAGTCAGCCATGAGTAAACATGTTTCCTCCCTGGTGAACCTCCCCCTACCCCATCCTATCCCTCTAAGTGGTTATAGAGCACTTGGTTGAGCTCCCTATGTTATACAGCAGCTTCCCACTAGCTATCTGTTTTACACACGGGAATGTATATGTTTCAGTGCTACTCTGTGAATTGGTCCCACCCTCTCCTTCCCCCACTGGTCCAGAAGTCTCTTCTCTCTGTGTGTCACCATTGTTGCCCTGCAAATAGGTTCACCAGTACCGTCTTTATAGATGCCATATGTATGTGTTAATATATGATATTTGTTTTTCTCTTTCTGACTTACCTCACTCTGTATAAAAGGCTCTAGGTTCATCTACATCAGTTCAACTGACTCAAATTCTTTCCTTTTTATGGCTGAGTAATATTCCATTGTATATATGTACTACAACTTTTTTTATCCATTCATCTGCCAGTGGACCCATAGGTTGCTTCCATATCCTGGCTATTGTAAATGTTAATCTCCAAAATACACAAGCAACTCGTTGCAGCTCAATATTTGAAAAGCAAAAAAATCCAGTCAAAAAATGGGCTGCAGACCTAAACAGACATTTCAAAGAAAACATATAAATGGCCAACAAACACATGAAAAGATGCTCAGAATGGCTCATTGTTAGAGAAATGCAAATAAAAACTACAGTGAGGTATCATCCCACACTGGTCAGAAGTGCCATCATCAAAAAATTTGCAAACAGTAAATGCTGAAGAGGATGTAGAGTAAAGGAAACCCTCTTGCACCATTGATGGGAATGTAAATTGATATAGCCACTATGGACAGCATAGAGGTTCCTTAAAAAACTAGGAATGAGACCACCATATTACCCAGCAATCCCACATCTAGGCATATACTCTGAGAAAACCATAATTCATAAGCACACATGTACCCCAGTGTTCATTGCAGCACTATTTACAATAGCCAGGACATGGAAGCAACTTTGATGTCTATCAGCAGATGGATGGATAAAGAAGTTATGATGATATTTTGATATAGAAGTAAAAGATCATTCTTTGATGACGTGACATGTGTTTAAGGTTTGACCTTCAGGTCAATAACTTATGCTAACAATTCTGTCTGTCAGCTTCTTGATCAAGAAGGTGACTTTCAAGTATTTTCCATTCTTTCTCTGAAAGTGTTATAGGAAGATTTTGTTAATAACGATTTCATACGGTGAATGTTAGACATTTTACCCTGTGAAATTTTTTGTTGAAACACCTTTGTCAGTATTTTCTTCCAGTCTCTTGGTGTTCTACCTGAGGGGGAGGAGGTAAGAAATACTAAAATTCTAGCTTATTTGGGGGTAAACCACAGATCTTTAAAAAAGAAGAGCCTTTATCCCCTGCTCTATTTAAGATAGACATATGAATTTATGTTTAAATTTGTGCTTTGGGGCATAGAGATTTAAGTCCTGTGAAGAGGAGTTAGAAATTCTGACTGGTTATTAGTCAGATTTGGATATTTTTTACTTCAAAAATTATGAGATATTCCAGATATGCTGAAAACTAGAGCATATATATATAAATATTTTTATACATATATAGAACATATGTTTTCACTGCCTGACATAAATAATACAAACATGACAAGTGTTACACAAGTCATTCAGGAATTATATTAAACAATCAATATAAAGTACTAGTATTCACGCATTTATTCAACACTTAAAATATAAAGGATAATTTATATACATTATCTCCTTTTAATCTTTGGTAACCTTTTGAAATGGTTGTTCATCTTTCTGTGAAGAAACCAAGGTTCAGGAAGCTCAAATAATATGCTAGTGGTTATATTGACAGAGGGCTTCCCTGGTGGCTTAGATGGTAAAGAATCCACATGCCATGCAAGAGACTTGAGTTTGATCCCTGGGTTGGAACAGTTGCCTGGAGAAGGAAATGGCAGCCCTCTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAAACCCATGAACAGAGGAGCCTGGCAGGCTACAGTCCATGGGGTCTTCAAGAGTTGGACATGACTGAGTGACTAAGCACGCAAGGACATATTGATAGAAGATTGTCAAGGGTTAGAACTCTGATTTGGGTTAGTGTGGATTCATACATGTTCTTAAGTGTATACATTGTGCTACTTGCCAAGAGAAACTTTAATGTATTGTTATCTAAAAAGGACTTGTATGCCAATTTTTCTGTGGCTTTATAAGTTTTTCATTAAAAAATGAATAGCTATGGCAAAACCAATACAATATTGTAAAGTTAAAAAATAAAATAAATGAACACTGTCAAAAAAAAAAGAATAGCTACTTAATAAAGTCCAGTGGGGAAACAAGAGCATAATTTATTGAAGAAATCATTCATTTATCAGATATCTACAGGGCCTACTGTGTGCCCAAACACTGTTCTAGGCATTTGAGATGTGTTTATGAAACAGACCAATTCCTTCCCTCGTGATGCTTGTTTTCTAGTGTGGAAAATATACAATAGGTAAAATGTACAGTATTTTAGATGGTGATAAGTGTTAAACAGAGGGGAAAAAGTCTTAGGGAAGGTCAAATAAACTGATGGTGTCTGGATTAAAAATTTAGAGTAATTGACCACGTTTCCTTTGAATAAAGACCTGAAGGAAGTGAGAGATCTAGATATTATAAGGAGAGCTGAGTCTGGTCAGGAGAGTGCTGATGAGGAATAGTGATGGGACAGCATGAAAATGAAGGAAGTAATAAGACATAAGATGCTGCACATTACAATAA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Seq C2 exon
AGGTTACGAACAGAAAATAGACTTTTAAAACAGCGCATTGAAACATTAGAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000011363:ENSBTAT00000040289:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]