HsaINT0058447 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000067208 | EVI5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3501]
Coordinates
chr1:92665939-92677218:-
Coord C1 exon
chr1:92677158-92677218
Coord A exon
chr1:92665993-92677157
Coord C2 exon
chr1:92665939-92665992
Length
11165 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGC
5' ss Score
7.31
3' ss Seq
AACTTTTTTTTTCTTGGCAGAGG
3' ss Score
8
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTGAAAAGGAATACACTACAATAAAAACGAAAGAAATGGAAGAGCAAGTTGAAATTAAA
Seq A exon
GTAAGCAGTTGGGGGCTTTTTAAAGTACTGATTGATTGAAATCAATTATTGGACAGTAGATGTTTAAAGTTTGTACTTCTTATATTCATAAATGTATTTACCATCCTACTAGATTATAGTTAAAAATAGACATTTCAAAAAAGCAGAATAATGCGACTGAAGTGGCTTTCATTCCAGTATGAAGGAGAGCAAGCTCTTCCCTTTTTCTAGATTTGTTGGTGGCTCATCAGGAGAAAACACTTCCATGGAGAAGAAAATTATCATTCCATTTAAGCATGTTTTTTAAAGTTGCAGAGAAGACAATCTATAATAACACTTTCTATGCTGAGACCAACAAGAGTGTAATCTCAGGCAAACATTAAATAGAGCATATATTACACTAGAACTAATTATGGTTGCTCTAGAGCTGCAGAAAGCTTTGACTGATACGACTTTTTCTTCTCTAAGCAAGGGTTATACTTTTGAACTACTCCTCTCCAGAAAATCAAGCAGATTTTCAATTCGAAGGGCATATAAATACCCTATATGTACCCTAAAAATATAAAATTTGTACCCCCCTCCATAAAACACGGAATTCTTGAGGTGAGGGTCTGTGGCACTGTTGGAGCTGGGACTTGAGAAAAATTGTGTTGCCTTTTATGCTGATATTGTAGGATGGCGTTGATAAGTGGAAGCATGAGTCAAAGAACTTAGTGATTGGCCAATTCACTTTCTAATCTCTTTATTCCCCTCCACCCCCTACCCCCAACCCCTGGAGAAAGGGTTAAAAGTAAAATAATTTTAGTGGAGTGACTCCCTCCTCCCTTTTTAAACTTTGTGTTTGAATGTGTCTGATTTTTGACTTGGATCTGGCGAGACATTATATGACCACCTTATTTTTCTCCTTTTACAAGGAAATGGGTTCTGTTAAACTAATACTCTTTCCTGCCTTGGTCCTCCTCAAAAGCCTCTAGGGAGACAGTCTCTCCAGTTTTCTTATGTTAACTCTCTCTTATCAACTCTCCTCCCTTTTCTAGAGGTTCTATTCCCATTTCTGTCACCTTTTCCTTATCAAATGGAAGTAGATACTTCCACATTTTTTATATATATAGAAAAGACCCCTGTGGATGTTTTTTCCTTCCTTTTTTTTTTTTTAATTCTGTCACCCAACTGCTGCTCTGCTATTTGCTTTGCTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGAAGTCTCGCTGTATCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTGCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCAAGCCCGCCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGTCCAGCCCTATTTGCTTTTCTTTTAGGTACTATGAGTAAGGGTACTTTTACTGCAAGTAAAAAGTACGTCATCCTGATGAGTGGGGAGAGAGTATGAGTTTTCACATACTACGAATATTCGGAACTGCAAATCAAGAATCTGAGGATGGGGAAGCCATCCTGTTCATTTCACCACACTATATTATTGAAAAAAAAATCACAGTTCTATGAACAATCCTTACTCTTGAAGAAATTTCTTATAAAATTAAGTACATGAATATAGGAATACCAAAAGGCATTTTCAGAAAACAGATTTTTAGCAGACTTTCACCTATACCTGCAGTATTTTCTTTTCTTTTAGACAGGGTCTCCCTCTGTCACTCAAGCTGGAGTTCAGTGGCATGATCTTGGCTCATTTGCAGCCTTGACCTCCCGCGCTCAAGCGATCCTCTCACCTCAGCCTCCTAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCACACCACCATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTCGGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGAGTGCAGGCGATCCACCTGCATTGGCCTTCCAAAGCGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCATTTGCAGTATTTTCTATACTTTGTTTTTTGAGGAAATATATAGTTCATATGCCTGAAGAAATGTTTTTGAATCTAGCTCCATGTGTCTCAGGCAGTTGGCATAAAATTGTCTATAGAGAAGAATCGGAAAAAAGAGTTTAGAAAGTTAGTGGAACATATCAGGTAAATAAAGTGCTGATCTCAAAGGTAGTCTGTTCTCTTTTTATAATATTGTTTCCATGTAGTTCTTTCTTATACCATTTTCATCTCTTTCTTCACTCCCCAGTTCCACCAGATAGAAAAACCAAAACAACTTTTGAATGACTATACTTTTTTTAAACTTCATATTTAGGGGTGTCTGATTTTTTTTTCAACTGAATACTTTTTTTTTTTTAATTATACTTTAAGTTCTGGGATACATGTGCAGAACATGCAGGTTTGTTACATAGGTATACACGTGCCATGGTGGTTTGCTGCACCCATTAACCCGTCATCTACATTAGGTATTTCTCCTAATGCTATTCCTTCCCTAGCCCTCCACCCCCTGACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCCCTCCCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAACTCCTGCTTATGAGCAAGAACATGTGGTGTTTGGTATTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTTCAGCTTCATCCATGTACCTGCACAGGACATGAACTCATCCTTTTTTATGGCTGCTTAGTATTCCATGGTGTATATGTGCTACATTTTCTTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATTTGGGTTGGTTCCAGGGTGTCTGATTTTTTTACTTAGACCCTGACAACTCATTCTAATCATGATCAGATGACCACCTTATTTACAATTCATTAGCCAGGTATAATATTAATTGAGCCTTGCTGTAAAATGGGAAATGCTACTTCTTACACACACTCCCTCCCTCCCGCAAAAGTCTCTTTTACAAGAGAATGGGTTCTGGTTGTAAACTAGTACTTTCTTGCCTTGGTTCTTTTTAAAAGTCCATGGGAAGATAGTTTTGTGCCATTATTTTTACAGCCCATTGGTATGATCATCAAATTGTTTGATGTTTTGATATGGAAGTATAAAATTAGCCTTTGATGTTGTGAAATGTGTTTATAAGGTCTCTGTTGTTTTTACTTTAATTAAATTATAAGACCTTTGGGGTGATGACCTTCTATTCTAAGAACTATATCTGTCAGTGAGCCCCCGGTTAAGATGCGACTTTTAAATATTTTTTCACCTCTTCCCTAAAAGTGTTATAGGAAGATTTTGATAATAATGTCTTCATATGGAAAATCTTAAATTTTGCGTGTGAAATTTTTTGTTAATAGAAACATCTTTATCAGTATCTTCTTCCAGTCTATTGATGTTCTACCTGATTGGGAGGAGGTGAAAAATATTAAAATTCTAGTTTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGACAACATAGCAAGACCCCATCTCAATTTTAAAAAAGAAAAAAATTATAAAACTAAAATTCTAGCTTATATTAGGGTAACCCACAAATCTTTAAAAAGGAAAAAAACTTTGATTCTGATAGACATACGAACAGTTAATCTAATTTTTATATTTAAATTTGTGCTTCGGGACGCAGAGATCTAAAGCCCTAAAATGAGAAGTATGAGAAATTCTGGCCAGTTTTTAGTCAAAAGTAAAGTATTTTTTCCTGTTTAAAAACTATGGTACATTTCAGATATGCTGAAAGCCAGAAAATAATATAAAAGTGCTCACATATTCACTGCCTGGCATAAAAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAGTGTTATCTAAGTTGCCCAGGAATTACATTTTAACAATCAATGTGAAGTATTAGAATTGAAGCTCACATTTATTTAGCCCTTAATATATGATGGGTCACTTACATGCATTATTTCCCCTTATTCTTAAAACAGCATTATTAAAGGGTTCTTATCCTTACCTGTGAAGAAATTAGGCTTCAGAAAGCTCAAATATTATGCCAGTGGTCACATTGCGAGGAAACAGAGTCAAGGATTTGAAGTCTGATTTGTGTTATTCTAAGGCCCATGTGTATTCTTCAGTATATACACTGTGCTGCTGCTGCTTTCCAAGAGAGACTTTGATATATTTGTGATGTAAGATTTGGATGCCCATTTTTCTCTGGCATATCAAACTTTTCATTAAAAAAACTAATGGCTACATAATATCCAAGGGAGGTATGCTAGCCTGATTTATTCAATAACACTTCATTTAACAGATAATTCATAGTGCCTCCTAGATGCCCAAGCACTGTTCTAGGCACTTGAAATGTGGTTATGAAGTAGACCATGATCTGTCCTCATGGAGATTATATTTTAATATGGAAATAACAATAAACAGAAAAGTCAAATGTACGGTATTTTGGATGGTGGTAAAGTCTTAAGGAGAAAAAATAACCTCAGGGAAAGAGAATGTAAAATGGTAGTGTTTGGGTAGAAAATTTAGAGAAGTTAACCAGGTGATTTTTGAAAAAAGACCTGAAGGAAGTGATGGGACTAGATATGTGACTATCTGGAAGAATGGCAGAACCTATTCGGGGTGTGCCTGGTGAGGAGCAGTAAGGTGGCATTGTGGATGGGACAGCATGAATGATGAGAAAAGTGGTAGGAAGTAAGATGGAGCAGGTTGCAGATAATGTAGGATGTTGTCGACAGTGGTAAGGACTTTGGCTTTTACTCTGGTTAGATGGCAGTTTTCAGCAGAGAAGGACAAAATGTGATTTAAGTTCAGTAGATCATTCTGGTTGCTGTGTTAAGAGTAAATTGCAGGGATTGAGAGCATTTCT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Seq C2 exon
AGGTTACGCACAGAAAATAGACTTTTAAAACAGCGCATCGAGACATTAGAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000067208:ENST00000370331:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.039
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development