RnoINT0056966 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002039 | Evi5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:RGD Symbol;Acc:2322879]
Coordinates
chr14:2955853-2960581:+
Coord C1 exon
chr14:2955853-2955913
Coord A exon
chr14:2955914-2960527
Coord C2 exon
chr14:2960528-2960581
Length
4614 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGC
5' ss Score
7.31
3' ss Seq
CTTTTTTTTTTTCTTGGCAGAGG
3' ss Score
9.65
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTTGAAAAAGAATACACTACAATAAAAACTAAAGAAATGGAAGAGCAAGGTGAAATTAAA
Seq A exon
GTAAGCATCACAGGGCTTTTCAAATCACTGCAGATACATTTCTTCAGGCCAGGGGTATTGGGATCTGCCTGTAGTTGGAAGTAGGATGGTGTGAGTGAAGTTGCTGTCCTTCTGCTGTGAGAAGAAATAGCTGTTTCCATGCCTTGACCTGTTCCTCAGGAGAAGAGCTGTGGAAACTGCGTTCTTCTGCAACGTTTGTAAAACTGGCAGAGAAAGTATTTGTTGTGTTGTGCAGTTCAGAGCAGGGTGACATAGTTTGGCTTTACAGAACAAGGGTTGGGCTAGTTGGGCCAATTGTGGCCTGGCAGGATCCCTTGGCCAGCATAAATTTCTCTCCTTTAAGCAAAAATTATGGTTTTGAATCATCCTCCGGAAAGCAGGTAGATTTTCAATTTGAAGCAAATAAATGCATTTGTACTCTGAACTCCTTATCTGTACCTCTGCAAGCCAAGAAATTCCTTTTAATTTAGAAAATACTGGTTTCTGTAATCATATAAATAAGGTCTTACATATCTAGTACTGTGTACTAACCTTGTACAAGAAAAAATAAGTTTGACATCTTTAAACTGATAGAACCCTTAATGTTTGTACAGTGCCAGCTCAGCACAGTGAACTCAGATATATTTCCCAACGTTTCCAAAAGGCTGGAACCTTTGTTTATCTGAGATAGGCAAGCCTTTTAAATCCTTCTGAGCCTACTGCTCCACTGTAGGAGTGGGACTGTAGGCATTTGCCACCAGGCCTGGCAACGTCAAACAATTCTTACTACACTTATTCACTTAGTAATTCTTGTGTGACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCACGTGCATGCGTGTTAATATGTCCTTTTGTCGTTGGCTTTTTAGTAAGGTGTACCATGTGCACCATGCATGGCAATAGTACGATGGCGCTCTGTGTCTTGCAGGAGTTGGCTCCCTTCCTTAGACTACCATGTCTGCCCCAGAGATGCTGGCAAGTGCCTTTGCAGACAGCCCACCTCTCCGCCTCAAGCCTAGGATCCTTATGAGCCCTTGGTGCGCTCAGAGCTGATGTTTGGAAGTTGCCTTTTCTTCTGATGCTGTGGGGTGGGAATCATGGATTATGCACTCTGATTGGATGATCCAGTATCTAATTTCCTTATGTGCCAATCTCTAGTATGCCAAAAATAAAACAATTTAAAGAAATTAATTGTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTCAAGAGCACTGATTGCTCTTCCTACAGGTCCTGAGTTCAGTTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTCTGGTGTGTCTAAAGACAACTACAGTGTGCTTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATGTAATTGTGTATAATGGTGTATAAGTGGTGAGCACTTGGAGGGAAGCAAAGGCAGGTGACTCTCTGACTTTGAGGCTAGCCTGGCGTACAGATTTGAGTTGAGGACAGCCAGAGCTACACTGGGAAACCCTATTTTGAAAAGAAAAAAAGAAATGTTTATGTCTTAGTTTGGATTTTCATTGCTGTGAAGAGAAACCGTGACCAAGGCAACATTTAATTGAGACTGATTAGAGGTTCAGAGGTTCAGTTCATCATCGTCATGGTAGGAAGCATGGCAGCATTGAAGTAGGCATGGTGCTACAGAAGGAGCCGAGAGTGCTCTGTCTTGTTCTGAAGGCAAACAGGAGAAGATCGGCTTCAGGCAGCTAGGAGGAAGGTCTCACAGAGCGCACCTCCACAGTGACACACTTCCTGCAGCAAGGCCACTCCTCCCAACAGGGCTACTTCCTAAGGGCCAAGCGTGATCATGTGTTTATTGGTGAGAACAACTCTGGGATTTGATTCTTTCCTTCTGCCCTATGGGTCTCATGGATTGAACTGAGGGTATCAGACTTGGCAGCAAATGTGTTTACCTGCAGTTCTGTCCATCCCATAAAACAACTTAAAAATAGATTTACTTATTTTATGTCTGAATGTTTTGCTTGCATGGATATTAGTAGAACATGTGCATACCTAGTGCCCTGGGGTTCAGAAAGAGTGTGGGACCCCTGTGCTGGCTTTAGTGCTGATTGTGGTCTACCATGTGGGTGCTAAGAACTCAACCCAAGTTCTCTGAAGGAGGAACACGTGCTGTTAACTGCCGACATAAGCTAACTTTATTGATAGGTGTGTCTGATTTTTCACTTGGCCCTAGTAGGCATCAGATGATGACCATTAAGTGTTATTGGGCATGGCTATAAAACACTGCTTGTCTCCAGATGGCTTCAATTAAAGGAGAAGGTGTTTTGGCTAGTTTTTCTCAGAAGCCTCCTGGTTGGGTGATGACCCTCCCTGTTCCCTGTGAGTGTGCCCACCTCATAGCAGCTGTCTCCCACTGGACCTGCTTGCTCACAGTTCTGTCATCTGGTCTGAACCTGTTGGAGGTCTGCACAGTTTTCATACCTAGGACCATGTGGGTCTCCTCCTCCTCCTCCATTGTTACTAAACTCTGCTGTGCAGTTTGCTTTGCTTTTAGGGCTGTTAGTACTGTTAAGTCATACCCCATGTGGGAACCCATGGAAAGGGAGAGTCTTTGTCTTGATGAGTGGGTATAGAGTGTGGGCTATCACAAAATTTGAACATTTCGGACTACAAATCAAGTTTCTGAGGATGGGAGACATCTTGTGTTTTGTGTTAATTCATTTACAGTTCTACAAACAATTCTTGTTCTTAAGAGATGTCACACAAAATCGAGCCATATGAATACAGAATCAAAATGGAAAAGATCTTTAGGCAGCAACTTACAGTGCAGAATAGTCTAAATGAGAAGTAACACTTAAGAAAGGGACCCTGAGGGGCTGGGCAGATAGCTCAACAGCACTTCCGAGGCCCTGAGCATGAGCTGGCAGCTTCTACTGTCTGTACTTCCTTCTGTCTGTACTTCCTACTGTCTGTCTGTACCTGCAGTCTACAGCTGTAGTGCTGTGGGGTATGATGGCTTCTTCTGGTGTGCAGCTGCACATGCAGACAAAACACCCACATACATAGAATACGTGTGTGCGTGTGCGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGCGCGTGTGTGTGGTGTGTATTAACACTGAGGTGTATTAGTCAGTCTTACCTGTTAGCTAATTATGAAGTCATAGCACACATGTTTATACAGTGATTTATTTAAAGACAGTATCAATGCCCCAGAGTGGGTGAATACTTGAGTGGGGGCATAAATAAGACAGTATCAAGACATTTGGTTAGGTGTTTTTTGTTTGTTCGTTTGTTTTGTTCAGAGGGAATATTTATAGGAAAGTAGAAGATTTAAAGGGGAGATGGAAATCCAGGTGAATATTCTGAATTTTATTTTAGTATGATTTCTATTGTAATTAACTTGTACAGTGCTTCCTGGTTCAGATTTAGCTCTCTAAATATTTTATGATAAACAAACTGTTTCCTTTTGTTGTTAAATGTAACTTAGAAAACTTGGCGAATCCTTCTTTTTGGGGTGGTGTCCCTTCCCAGACCATGAACGATATTTGTAGTCTGTGGCAGCTGCTATACTGCAAAGAGTGGGGCAAACACTTGAACTAACCACACCCACAAACACAAAGTTCAGGAACAACTTATGAGATTAATAAATTATGTTGATGGACTATAAAAATAAGTATGAAGAGATTGATTGTCAAAGGAATGATTTAGGTTTAACAAGTAGTAATTTGGTAGTAAGTATTGAGAGTCTGACACTAAATAATTACATTATTCAAATGGTATTGAATATATATTTTTAAAATTCGGTTTTACTTTTTATTCAATAAGAAAATACTGGTAATTAGAGTTTTTAATTTCTTAATTAGAAACAATCCATAGTAAATGCTTTACAATATTTATAGATTGGAAGGCTTTTTGATTGTGGATTTATAACATGAATGGAAATTGATATAGTTTAAGCAACATTTTGGCATTTTCCCTATGAATATCCATTTTTAAAGTTTATTCTTTGTTCAACTAATATTTGAACACCAATTATATTGTTAATATCCCTAGGCGACAGGGATGTTAGCATGAGAATATCTAAGTCAGGTTGGAGATGGCTCAGAGGTAAGAGCATGGCTGCTCTTCCAGAGAACCAGGGCTCAATTCCCTGCACCACATGGTGGCTCTTTACTGTCTGTTTCTCCACTTCCAAGGGACTCCAGCCTCCTCTCCTGGACTCCTTGGGCACTGCACACATGTAGTGCACAGATACATGTTCAGGCAAAACTCATACACAGAATATTGAAATAAATCTTAAGACAAAAAGTACAAGCCATTATGAATGGAGAAAACAAAGGCTGTTTATGTAGTATTACATTTAATGTTTAAAGTTTAGTCTCAGCTAGAATAATAAGTGTGATTGTTTCCTTTGCTGTGTATTCTTACTCAATGTTTGATAATCTAACAGTTCCTTACAGTCATTTTTTATTATAAAAGGTACACATTCTCAACACTGTTGACTTAGGCATCTGTTGTTTTCCCTCTTCAAGAATCCTTGCAAACAACCTTTTTTTTTTTCTTGGCAG
Seq C2 exon
AGGTTACGCACAGAAAACAGGCTTTTAAAACAGCGCATTGAAACACTAGAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002039:ENSRNOT00000061630:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.142 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]