BtaINT0068649 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017124 | GPSM2
Description
Bos taurus G-protein signaling modulator 2 (GPSM2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192355]
Coordinates
chr3:34556227-34563422:-
Coord C1 exon
chr3:34563293-34563422
Coord A exon
chr3:34556298-34563292
Coord C2 exon
chr3:34556227-34556297
Length
6995 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TTAACATTTTTTTCTCAAAGGTG
3' ss Score
8.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGGAGATAGAAGTGGTGAGCTTACAGCACGACTGAATCTCTCAGACCTTCAAATGGTTCTTGGTCTGAGCTACAGCACAAACAATTCAATGATATCAGAAAATATTGAAATTGATAACAGTTTGCATG
Seq A exon
GTAAGTATTAGGTGTTCAAAACCCAATTTCTTTATCCTTAAGATTTATATTTAAATTATTTATTTCAAGTTCACCATATCCAGAAAGATATATAACATAGGAACTTTTTATACCTTTTTGCTTTACCACTGTCCCATTAATTTATCAATATACCCTATTTTATAGCTTTTATCATGAATATGGTGAAGGTATAGTTTTTTTGTAAAAATACATTTAAATTCTGTATCTGTGGGCTGGTTCAAAAATGTATAAACATGAAGAAACAAAAATTTAAAATTTTACTATTTAACCTTTTAAATTTCAAATGTCTTTACATATTTAACATTTGTTTAGGTTTTTTCCCCTCATTTTGTTTCTAAGGGAAAATCTCCTAGGATTTTTTTTTTTTAATTCAGAACACCTAGAACTTTTCTTTAGATGCTGATTTGGTTTTGATGTTGTCACAGGAAAAAATATGCTACTGTTTCTAAGTGGAAAAAAACCCTTTTGATTAAAAAAATAAAATTAACAAGATTAGAATCACAGTTTGGAATACCATTTATATGTAATCTTATGTGAGTTCCATTAAACATTCAGCTTAGGTTTTAAAAATTCTCAGTCTGAAAAAAATTACTGACACAGACATGTTTTGAACTTGAAAGTCAGTGAAAAATCTAGCTTTTATCTTTGCAATATCCTCCTCTAACCCATACAAAGAAAAGCAAGAAGGAAAAGAAAAAATTAGTGGCTAGTTACCTGATCAAGACTGTGAAAGAACATTTAGTTGAAAAATGATAGTGAAGTATGAACAGTATGGTAAACTCAACCGTGTACATTGCAATTGAATAATGGACTAAAAGGTTTTCCTGTGTTTAATTTTCAAGTAGGTTAAGTTGTAATAGCTTCTCATATTTTAACAAATGATCATGTGTCCTCATGGATCCCTCCAGCTATAGATCAATTCCTTTGTATCCCTCTGTAACAAAACTCGAAAGTAATATCACTGTTCCTTGTTGTATTCTCCTCCCATTCTCTCTTCAACCCACCGGACTCTGCCTCAGAGTTACTGGACTCTTGACTTTGGCCCCATCATGACACTAAGACCTTTTCAAGGTACCAGAGACTTCCATTTTACCAAATACAATGGTCAGTTTTAGATGTCAGCTTATTTGATTTCTCAGCAGTATTTCCTACAGCTGATCATTGCCTCTTCAAATGCTTCATTCATTTGGCCTCCAGGATTAACTTCTTTCTGGTTTGCCTCCACCTCACTTGACCACCCATCTTCATGACTCTACTCTTTCTCATGTTTCCATCCTTGACATCTGTCATGCCTGGGGTTTGGTTGCTGACCTTTTCTCTTCCCTCTTTCCTTTTCTATTTTCTGCCTATCCATATCCTTCCTTCCTTTCTAATGTTATCCTTTTCCCTCTTATCCTACACTCTAGATCCATGTAATAGAACTTTCTGTGAAGAATAAAATGTTCTGTATCTGTGCTGTCCACTAGAATAGCCTCTAGCTATATGTAGCTGTTGAGCACTTGAAATGTGGTTAGTGCAAAAAGAAGTGAATTTTTAAATACCATTTAAAGTTTTAAAAGCCACATATGGCTAGTGGCTAAAGGCTTCCCTGGTGGCTCAGATGGTGGCTCCACCTGCAATGCTGGAGACCCAGGTTCCATCCCCTGGAGAAGGAAATGGTAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGGAAATCCCATGGACATAGGAGCCTATTGGGCTACAATCCATGGAGTCTCAAGGGTCAGACACAACTTAGCGATTAAACCACCTAAATGTCTGTTTAGGTTTTTTGCCCACTTTTTGACTGGGTTGTTTGTTTTTCTGGTATTGAGTTGCATGAGCTGCTTGTATATTTGGAAATTAATCCTTTGTCAGTTTGATTTGCTATTATTTTCTCCCATTCTGAGGGCTGTCTTTTCACCTTGTCTGTAGTTTCCTTTGCTATGCAAAAGCTGTTAAGTTTAATTAGGTCCCACTTGTTTATTTTTGCTTTTATTTCCATTATTCTAGGGGGTGAGTCAGAGGATCTTGCTGTGACTTATGTCCTACAGTGTTCTGCTTGTTTTTTCCTCTAAGGGTTTTATAGTTTCTGGTCTTACATTTAGGTCTTTACACCATTTTGAGTTTTTCTTTGTGCATGGTGTTAGGTAGTGTCTAATTTCATTCTTTTACATGTAGCTGTCCAGTGTTCCCAGCACCACTTATTGAAGAGACTATCTTTTCCTCATTGTATATTCTTGCTTCCTTTGTCAAAGATAAAGTGTGTGGGCTTTCTATCTTGTTCCATTGGTCTATATTTCTGTCTTTGTACCAGTACATACTCTCTTGATGACTGTAGCTTTGTGGTATAGTCTGAAGTCAGGAAGTTGATTACTCCAGCTCCATTCTTCTTTCTCAAAACTGCTTTGGCTATTCAGGGTCTTTTGTGTTTCCATACAAATTGTAATATGTTTTGTTCTAGTTCTGTGAAAAATGCCATTGGTAATTTGATAGGGATTGCATTGAATCTATAGATTGCATTTGGTAGTATAGTCATTTTCACAATATTGATAATTCACATTCTTTGAAAGCATTCATGAAACACTTCCAGTAAAGTTTTAAAAATAAAATTAAAAAAACAAAATTAAAAAAAAAAAAAGAAACACTTCCAAAAATTTAACCACCATGCCAAACCAGCAAATTTGAAAGAATCTGTATCACGAAGATTTCATGCCCTGAGCATGGTACAGTTAAGTTAGAAATTAACAAGAAGATAATATATAACACATATTCATTTGAAAACTTAAAAACACACTTAAACCTTATGGGTTTAGGCAGAAATCTTAACATAAAATTAGAAAATAATTTAGGACTGAGTTTTAATTTATAGGATACATAACTTACATTGGTGCAAAACTTACATCATATGTTTAAAAAGGAAAAAGATTCAGTGAGCTGACTATCCAGCTTTTAAGTAAAAAATTTAAAAAACCCTCTAAAGAAATAGAAGGCAAGAAATAACAGAAATTAATGTTATTAAAACAAAGATTCAATAGAGAGTTTTGTTTTTTTTTTGCTGTGCTAGGTCTTCTTTGCTGGTCGGGCTAGTCTCCAGCTGCGGCAGGTGGGGGCTCCTTTCTAGTTGTGGGGCACGGGCTGCTCACTGTGGTGGCTTATCTAGTGTGGGGCATTCATTCTGAGGCACGGGCTTCAGCAGCTGCGCCTCCCGGGCGCTGGAGCACAGGCTCAGTAGTTGTGGCACATGGGCTTAGTTGCTCTGCCACATGTGGGATCTTCCTGGACCAGGGATCAAACCTGTGTATCCTGCTTTGGCAGGTGGATTCTTTACCACCGAGCCACCAGGGAAGCCCAAGAGAATTTTTAAAAACCCAAAAATTTAGTTAAAGACTAACAAATCTACAGCAAGATTATTTGAGGGAGAAAAAAAGAGAAAGAAGGGATATAATATAGATGCAGCAGACATTATAAAGAGATTATCCTGAGTAGTTTTATTTGAAAACTTAGAAGAAATGGACAATTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCTTACCAAAATTGAATCTAAAAAAATCTAATGGTAGAATGTAATCTGAATGGATGACATCACTAATACCTAAAACCATAGAGAAATTTGGTCCATTATTTAAAATCCTTCCACTGAGAAAATACCTGGCCAAGGGGATTTTACAGTGTGATCTCCCAAACATTTAAAAAAAACTGATTCCAACCTTCTGTAAAATTATATAGGTAACTGGAAAAGTAGAACACTGTTAGTCTTTCTAAAAACAGTATAACCTTGATATCCAAACTAGACAAGAACAATATATATAAGAAAGGAAAATAACAGGCAAATCTTTACTCATGAACATAGATGGAAAAATTCTGAGCAAAATATTAGCAAACCAAGTCCACAATGTATTTAAAATAAACAGGAATTCAAGTCTACTGAATATCAGGAAACCAATTAATAATATATATTAGTAAACACAATAAAGAAGAAAATAGCTCAAATATCCAAATATGTCAGTAATTCTATTAAATGTAAATGTTCCATGTAAAGGACAGGAGTATCCAATTGGTAAAAGAGCAAAATCCAACTAAATATGTAAGTCTGACAGTAAAAGGACTGGGGGGAAAAAAAGGGTACCATGGAAAAACTAATGAAGAGAATCTGGTACAGCTGTACAGCTGTATTAATAACAGATAAAATGTACTTTTAAGGCAAAAGATCTTGTTAAGAAGACAGTCACTTCACAATGGTTAACAATTCAATTCAGCAGGGAGAAAAAGTCTTATATATATATATATGTATGATACCTGGTAAGCCTAATAACAAAACTTCAATGTACAAAAGCAAACGAACTAAACTGAAAGGAGAAATGAGAAAAGCTAGCATAAAGGGAAACTTAAACACATTTCTGTCAGGAATTGCTCCTGTCAAAAAACTAAATATTATAAAAGATGGCGGTTCTTCCCAAATTGATATATATTCATTGTGCTGCTAAGAAAATCATGACAGCTTTTTCATGGAACTCAATGAGGTCGTTCATGAATTTACATGAAAGAAAAATGGGCTAAGAACTCAAAGCCAAAACATTCCTGATGAAAAACAAGAAATGAGAAGTGCTTTCTGTACAGATATAAAGATTATAAAGCTAATTAAGACAGTGTTATTGGCATAGAGACAAATAGCTCAAATAGGATATAGAGCCTCTATATTTTTAATCCTTGCATATATGGAAATTAGTATCACATAAACATTCCTGATGGACCAAAGATTTAAATATGAAAGACAGATTTAAAGCAGTAATTATGATCAGCCATCTAACACTTGCTAAATGCTTACTGAGTACCAGGCATTGACCAACCTCTTTACAAGTGATGATGCATTTATCATCACACAGTGATATATAAGGTAGGTATCACTGTTCTTTACAAATGAGAAAAACAGAATGACACAGAGGTAATTGCTCAAGGTCATATCA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Seq C2 exon
GTGCACGCCCCAAGTTTGGACGCCGACACAGTATGGAAAACATGGAGCTTATGAAGTTAACACCAGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017124:ENSBTAT00000022762:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.045 A=NA C2=0.792
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134241=TPR_12=PD(41.4=54.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]