HsaINT0071938 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000121957 | GPSM2
Description
G-protein signaling modulator 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29501]
Coordinates
chr1:108904125-108914408:+
Coord C1 exon
chr1:108904125-108904254
Coord A exon
chr1:108904255-108914337
Coord C2 exon
chr1:108914338-108914408
Length
10083 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TTAATTTTTTTTAAACAAAGGTG
3' ss Score
4.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGGGGATAAAAGTGGTGAACTAACAGCACGACTTAATCTCTCAGACCTTCAAATGGTTCTTGGTCTGAGCTACAGCACAAATAACTCCATAATGTCTGAAAATACTGAAATTGATAGCAGTTTGAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTACGCCCCAAGTTGGGACGCCGGCATAGTATGGAAAATATGGAACTTATGAAGTTAACACCAGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121957:ENST00000406462:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.159 A=NA C2=0.852
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134241=TPR_12=PD(41.4=54.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development