BtaINT0078270 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003709 | ITGB8
Description
Bos taurus integrin, beta 8 (ITGB8), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192875]
Coordinates
chr4:29169968-29179491:+
Coord C1 exon
chr4:29169968-29170139
Coord A exon
chr4:29170140-29179244
Coord C2 exon
chr4:29179245-29179491
Length
9105 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGG
5' ss Score
10.26
3' ss Seq
TTTGTCTTTCTTTGAACTAGGAG
3' ss Score
9.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTCATTTCAGGTGGATCAAAGAATGAACGTTGTGACACTGTTTCCAATTTAATACACAAAGGCTGCTCAATTGATTTAATAGAATACCCTTCTGTGCGTGTAATGCCAAGTGAAAATGAAATTAATACCCAGGTGACACCAGGAGAAGTGCTGATCCAGCTGCATCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCTGAAGCTAATTTTATGCTGAAAATTCATCCTCTGAAGAAATATCCTGTGGATCTTTATTATCTGGTTGATGTCTCAGCATCAATGCACAATAATATTGAAAAATTAAATTCAGTTGGAAATGATTTATCTAGAAAAATGGCATTTTTCTCCCGTGACTTTCGCCTTGGATTTGGCTCATACGTTGATAAAACAGTTTCACCATACATTAGTATCCATCCAGAAAGAATTCATAATCAATGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003709:ENSBTAT00000004833:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.017 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0036213=Integrin_beta=FE(13.7=100)
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=FE(19.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]