RnoINT0076450 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006569 | Itgb8
Description
integrin subunit beta 8 [Source:RGD Symbol;Acc:1311374]
Coordinates
chr6:147123142-147132853:-
Coord C1 exon
chr6:147132679-147132853
Coord A exon
chr6:147123389-147132678
Coord C2 exon
chr6:147123142-147123388
Length
9290 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGG
5' ss Score
5.63
3' ss Seq
TTTTTCTTTCTTTGAATTAGGAG
3' ss Score
9.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCTGAAGCTAATTTTATGCTAAAAATCCGTCCCCTGAAGAAGTACCCTGTGGATCTTTATTATCTGGTTGATGTGTCAGCATCAATGCACAATAATATAGAAAAATTGAATTCCGTTGGAAACGATTTATCTAAAAAAATGGCCCTTTTTTCCCATGACTTCCGTCTTGGTTTTGGCTCATATGTGGATAAAACTGTCTCACCATACATTAGTATCCACCCGGAAAGGATCCACAATCAGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006569:ENSRNOT00000066545:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0143720=PSI=PD(53.4=52.5),PF0036213=Integrin_beta=FE(19.1=100)
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PU(30.5=98.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Fruitfly
(dm6)
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Suggestions for RT-PCR validation
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]