BtaINT0079596 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011379 | KCNH5
Description
Bos taurus potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5 (KCNH5), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192989]
Coordinates
chr10:75573425-75587633:-
Coord C1 exon
chr10:75587505-75587633
Coord A exon
chr10:75573541-75587504
Coord C2 exon
chr10:75573425-75573540
Length
13964 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TTTCTTTCCTTATTTTTAAGGTT
3' ss Score
12.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACCCCTGTTTGGTTTTATATGCAAATTGCACCGATAAGAAATGAACATGAAAAGGTGGTTTTGTTCCTATGCACTTTCAAGGATATTACGTTGTTCAAACAGCCAATAGAGGATGATTCAACAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGGACAAAATTTGCCCGATTGACACGGGCTTTGACAAATAGCCGAAGTGTTTTGCAACAGCTCACGCCAATGAATAAAACAGAGGTGGTCCACAAACATTCAAGACTAGCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000011379:ENSBTAT00000015122:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(28.2=70.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development