HsaINT0084351 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000140015 | KCNH5
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:6254]
Coordinates
chr14:63453790-63468177:-
Coord C1 exon
chr14:63468049-63468177
Coord A exon
chr14:63453906-63468048
Coord C2 exon
chr14:63453790-63453905
Length
14143 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TTTCTTTCCTTATTTTTAAGGTT
3' ss Score
12.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACCCCTGTTTGGTTTTATATGCAAATTGCACCAATAAGAAATGAACATGAAAAGGTGGTCTTGTTCCTGTGTACTTTCAAGGATATTACGTTGTTCAAACAGCCAATAGAGGATGATTCAACAAAAG
Seq A exon
GTAATTTTCAAAAGAATTACTACACTGAAAAATTAGGCTGTTGCTAAAAGATCTTCTTACTGTTTTACCTCTGCTGATTGAACTGGAAAACAAAATTCTACTATGTGGCCTTTCTTTTGCTTCATTGCTTGGAATCTGTTTTATTCAATCATACTGTTGGAATAGAAATGGCATGTCTATCCAAAGTTGAAATATAGATTGGTTAACTTATAGCATGAGTAAGAAATTTTATAGAGCATTTTTTTTGTTTGTCTTTTAGTCAAGGTCTCACTCTGTTGCTTGGGCTGGAGTGTAGTGGTGTCATTTCAGCTCACTGAAATTTCCATCTCCCAGTCTCAAGTGGTCCCCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTATAGGTGTGCGCCACCATACCTGGCTAATTTTTCTATTTTTTATAGAGTCAGGGTTTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTTTCAAACACTTGGGCTCAAGTTATCTGACCCCCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACGTGGGCCATACACCTGGCTGAGCATTGTTAATTTTGAATCAATATGATTGGAATTTCAACACCTCATACCATGGTGAGCTTTAGAGCCAAAACGTAACAATTGGTGGAATGGTTTGGGTGAAATCTAACTAGAGCTCAGTTGGTTAGTTGATTGAATTTTGTTGAATTACAATTGTAATAGTTGACTTTTTCAAGTTACTTTTCAGTTTTTATTTATTCTGTTGTGTAGTCCCTAGAGTAGATGTTGCTAGATTATGGAAAGAATAATTTTGTCTTCAGGAGAGTGACTGGCAAAATGCAAACCTTCTGACTGTAGTCTTATTGACTATAATAGTCAAAGAGACTGCTATAGAAACCACTAGTCAGTGGCATGTGCTTTTACCTCCTTTTCTATGTAATTTATTCCCAATTTATTCTCTCCAATTATGTTTAAATTAGAAACTGGTGTCATATAAATGAAGTATTTCAAATAACCTTAGAAGTAGTTTTTATGAAATGTTATTTTTAATAATCTCTTAGGAAACTAAAAATAAAATGTCTTCCTCTTTGCATTTGACAAACATCGCCTTTCCTTACTTCTTTTTAAAAAACTGGCATAGAAACTTTAATCTTTCCAACTGTAATCATAATTATAGAAAAAATCACAGTAAGTTTATTCCTTGCATAGGAACTCACATATATAATATTGTATCTGCTCAGTTTCTGGTTAACATCAAATAGCGAGAGGATAATTTTTACAGTGTGCAAACCATTCAAAGTATGACAGCAATTTATTTGTGCTTTGAAGATCGAATAAAGTATTCAATTTGGACCCATATTCCCTGTTCCTTTACACATAGACTCAGTGCCTGGGAAATTTAAGATAACTATAAATACTACTTTTAAATTGAACAGTCTTCTAATAATATTTAGGGTTTTTTTTTTCTTTTCCCTTTTTTTTTTATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTGCCATTCTGGTGTGCTGCACCCATTAACTCGTCATTTAGCATTAGGTATATCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCCCCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCATCTATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAATTTCACCTATGTCCCTACAAAGGACATAAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTGTATGTGCCACATTCTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGGCATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTCCAGAATCTACAATGAACTCAAACAAATTTACAAGAAAAAAACAAACAACCCCATCAAAAAGTGGGCGAAGGATATGAACAGACACTTCTCAAAAGAAGACATTTATGCAGCCAAAAGACACATGAAAACATGCTCATCATCATTGGCCATCAGAGAAATGCAAATCAAAACCACAATGAGATACCATCTCGCACCAGTTAGAATGGCAATCATTAAAAAGTCAGGAAACAACAGGTGCTGGAGAGGATGTGGAGAAATAGGAACACTTTTACACTGTTGGTGGGACTGTAAACTAGTTCAACCATTGTGGAAGTCAGTGTGGCGATTCCTCCGGGATCTAGAACTAGAAATACCATTTGACCCAGCCATCCCATTACAGGGTATATACCCAAAGGACTATAAATCATGCTGCTGTAAAGACACATGCACACGTATGTTTATTGCAGCAATATTTAGGTTTAATGCTCATTTGCTTGTTTTAAAATTCATGGTGCTCCATCCAACAGCCAGAGAATACATATTCTTCACCTCACAAGGAGTGGAGCATTCACCAGAGAGATAACATTCTGGGCCATAAAACTACCTTAATAAATTTAAAAAAATATAAATCTTAAAAAGTATGTTATCAGACCAAAGTGGAATTAAACTAGAAATGAGTAATAGAAAGATATCTGGAAGATCCTGAAATATTTGGAAATGAAACATGTTTCTAAACAAATCAAAGAAGCAGCCTTAAGATAAGTTAGAAAAATATTTTTAACTAAAGAAAAATGAAAATACAATTTATCAAATTTGTGAGATGCAGCAAAAGCAGTGCTTAGAGGGAAATATGTAACATTAAATGCATATATTAGAAAAGAAGAAAGACATAAAATCAATAATCTAAGATTCTACCTTAGAAAACTAGATAAAGAAAAACAATTTAAACCAAAGCAAACTGAAGACAAGGAATAATAAACCTTACAACAGAAATCAATGAACTGGGCAACAGGACAACATTAGAGAAAATCACAAAAACCCAAAGCTGGTTCTTTGAACAGGTCATTAAAGTTAGTAAACCTCTAGCCAGGCTAACTGAGAAAAAAGGGTAAAGACACAAATTACCAATATCAGAAATTAAAGACATGGACATTCAAGCAGAGTAAAGGGCTACTGCGAACAACTCTATAGCTGCCATTGATAAATTGGATGAAACAGACCAGTTCCTTGAAACACACAAACTACCAAAACTTACAGAAGGAAAAATGAACTTCATTTGTGCTTTATTTATTTAAAAAATTAACAATAATTAATAATCTTCCAAAACCAAGAAAAGACCAGATGCAGATGGTTTCATTGGTAAGCGCTACCATACGTTTAGGGAAGAAATAATACCAGTTCAAGTCTTTTCCAGATAATAGAAGCAGAGAGAGCTCTCTTAACCTATTCTGAGGCAAGCACTACCCATATAGCAAAACCAGAAAAAGACATTACAAGAAAGGAAAACTACAGACATATTTTTTTTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTGGCTCTGTCCCCCAGGTTGGAGTGCAGTGGTGCCATCTCGGTTCACTGCAAGCTCCGTCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCATGCCCGGTTAATTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTTCCAAACCAATATTTTTCATGAATATAGATTCAAAATCCTCTACAAAAATTGGATCCAACAATATCTAAAAAGAATTATGACAACCAAGTGGGGTTTATCCCACTTATGCAAGGCTGGTTTAACATGCAAAAACCAGTTGCTGTAATCTACCATATAAAAATGTAATTCACAAAATAATGAGAAAAGTCATGATTATGCCAGTCAGCAGAGAGAAAGCACTTGCTGAAATCCAGCACTTGTTCATGATAAAAACTCTCAGTAAAGTTTGAATAGAGGGGAGCTTCTCTAGTTTGATAAGGAACATCTATATAAAGCCTATAATATTCTAACTATTTTTTTCTTATACCCATTAACCATCTCCCCATCTTACTCCCCAACTACCCTTCCCAGCCTCTTGTAACCATCCTTCTACTCTCTATGTCCCTGTTGTCAATTGTTTTCATTTTTACATAACTAAAAGAGTTTAATTGGATTGTTTTTAACGCAAAGGATAAATGCTTGAGAGGATGGATATCTCATTCTCCATGATGTGACTATTAACGCATTGCGTGCCTGTATCAAAACATCTCATATACCTATAAATATATACAGCTACTATGTACCCACAAAAATTAAAAATGAAAAAATTCTACAGCTAACAATGGTCTATATCTTAAAGTTATATATTTTTAAACAAAAGAGAAATAATTGGCATCTGATTTGTGACCTAACATTTTCATACACGAATGATAATCAGACTGAGTAAAAAGCTTTGATCATAGTCTTTTCCTCTCAAAAAAGTATGTATTTGTATTTGCACTACATGATTATTGTTTTCTCTTACTTACTTTAAGTGATTTCATGGCACAGATGAAGTTGGCCAAAGAAAGTACAGTACTTTCGCAGCAGTTTTGACCGGCTGAACCTAAGTGGTGGTGTCAGTAACTACATATCTATTTATGGAAACTCAAAGTCGGCAACATTTTGCAGTGAAGTTGGGGAAAGGGTGCTGATGTTGAAGTGTTGACTTTTCTTTCTGAAATTAATGCTTCTCCATTTATCTGCATCTCCACATCAGAATCACAGAATTCTTTGTAAGGCTCAGTCTCTTTGAAATGAATAATTCATTTTTATACAAAATGATATTTGAAAAAGCTCGAGACAACTCAGACCACTTGATTTTTTAACTATGAGTTTGATAGACATGTAAATTAGAATTTATAGGGAAAATCAGACCCCATTGTGAAAAGCATTAGAGAAAAAGGTCTCTTTCCAGTGCCAGAATCTGTAGATGAGCTTATTTTAAATAGACTTTTGAGACTTCTCTGTATCTTCCAAACACATAGCA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Seq C2 exon
GTTGGACGAAATTTGCCCGATTGACACGGGCTTTGACAAATAGCCGAAGTGTTTTGCAGCAGCTCACGCCAATGAATAAAACAGAGGTGGTCCATAAACATTCAAGACTAGCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140015-KCNH5:NM_139318:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(28.2=70.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)