BtaINT0079637 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012798 | KCNH8
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18864]
Coordinates
chr1:138590460-138637312:+
Coord C1 exon
chr1:138590460-138590674
Coord A exon
chr1:138590675-138637273
Coord C2 exon
chr1:138637274-138637312
Length
46599 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
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9.11
3' ss Seq
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14.21
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGATATCAAGATTATCAAACAAATCGACAGTCTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012798:ENSBTAT00000017003:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.538
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=65.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development