MmuINT1021592 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000035580 | Kcnh8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2445160]
Coordinates
chr17:52905001-52950368:+
Coord C1 exon
chr17:52905001-52905215
Coord A exon
chr17:52905216-52950329
Coord C2 exon
chr17:52950330-52950368
Length
45114 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
CATTCTGTTTGTTCTTTCAGGTA
3' ss Score
12.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAATATCAAGATTATCGAACAAATCTACAGTCTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000035580:ENSMUST00000039366:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.769
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=65.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types