HsaINT0084389 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000183960 | KCNH8
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18864]
Coordinates
chr3:19456768-19510401:+
Coord C1 exon
chr3:19456768-19456982
Coord A exon
chr3:19456983-19510362
Coord C2 exon
chr3:19510363-19510401
Length
53380 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
ACTTCTGTTTGTTCTTTCAGGTG
3' ss Score
13.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development