GgaINT0094792 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011262 | KCNH8
Description
NA
Coordinates
chr2:35621274-35637849:+
Coord C1 exon
chr2:35621274-35621488
Coord A exon
chr2:35621489-35637810
Coord C2 exon
chr2:35637811-35637849
Length
16322 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GACGTAAGT
5' ss Score
10.93
3' ss Seq
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3' ss Score
13.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTAATATCGAAATTGTCAAACAAGTCTACATTATCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011262:ENSGALT00000018380:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.231
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=65.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]