HsaINT0084389 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000183960 | KCNH8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:18864]
Coordinates
chr3:19498260-19551893:+
Coord C1 exon
chr3:19498260-19498474
Coord A exon
chr3:19498475-19551854
Coord C2 exon
chr3:19551855-19551893
Length
53380 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
ACTTCTGTTTGTTCTTTCAGGTG
3' ss Score
13.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAGTCCCATTTCTAATTAGTGCTAAGACCTAATAACATTGGGCCTGGAGATCATTTGTAACAGTAAAGGCAGATGTCATGACCTCACCTTAAAAAGTCTCTGAATATCTAAGACGTGAATATTCAGCCACCAGTTAAGCAATTAAATAATTAGCGAGAAGCCAAACCTAGAGTTTGTTATTAACATTCTAGGAAAATATTTTTCATGAATGACTTCTCAACTCAGTTTCTTTCTTGTTTCTTTTCATATGCTTAAAACTACAATCCATTTCAGTTATATATAACATTAGGTAGAGATGTGTGATTTCTCCAGAATTTAAAGATTTCCAGATGAAGTATATGGTTCAGTTTGCTGTGTTTGTAATTGTTCACTACTCCAATTGCTTGACATAGATTTTGCTTAAAAATAATCTTTTATTTAATGGTACACAAAACAGTCTATCTTAAAGTGAGTAAATATGCATAAAAGGATTCAAGCGAAGGATTGTCACACTGAAAGCATAATGAACATTTTATGCAATTATATATTTGCTGCAAGTTTCGTATTAGACAAACAGCTTTCCTGTCAAAATATGTACTATACTGCATCCTGTGATTAAGCTGATCGTGAACATGACTTCATTAGATGTCTCAGAGAGAGACATGATTTAATAGGAATGATTGTTGAAAGGCAAGCCAAGGCATGCATAGCATTGTGTAACAACAAGCCTTTATATGCTGTCTTGAGCTTTGTCCCAGATATTTGTAACTCTTGATTTTTTTCCTATGTACTTAAGAAGCTATGGTTTGGACCAACCCATATTGTGCAGATATTCATGTCAATCATTAGTATTCTCTGCTTTGAAAGGTAGAAAGAAAACTTAAATTGTGTATTATTTTATCTTGGTTGGGGCTATCTAATGACAGTAAGTATGTAGATAATATCCCATTATGAGGTTCAAGATGACCAGTTTTGCATATATGCTTCTCTCCATTGTTGATAGCAAACAGCAGAGTAGGTACCAACATTTACTGGCTATGTTTTATGTGTTAAGCACTCTACCTATGTAAAGCATCTCATTTATTGCTTAAGACAAATCTTTAAGGTAAGTCTTGATCTATTTTTATGGAAGAGAAAACAAATTCAGAATGGTTAAATCACGTGTGTATGTTCACACATACTTGCAGGTGGCTGGGTCAGAGTTTCAACATAGGTATCAGAGTTTAAAACATATATTGTTTCTGTTAAATATGTTGCCTCATCTTGAAATCCTTTTCATGTCTTTTAAAAAAAATCAGTAGATTGAATTTTAAAACTACAGGTGTCTTTTGTGCTCACCATGACAGCATAAAATGACAATTGTTTTGAAAATCAAAGGTGAGTTAGGGGGTGGAAGTAATCAAAGAGAAGAAGAAATTAGCAAAGAGAGAAAAATCGCTAATATTCCTCAGCATAGAAAGTGGGAAATATTGGATCTCAATCTCTATTTTATTTCATTTGACTTATTAAGGATCCTTATCTTTTTAAAAAATTCGTGGCATACAAAATGATGTTTTCAAATATGTATACATTTTGGAATGGCTAAATCACGCTAATTAATGTATGCATTTCCTCACGTTTATCATTTATTTGTGGTGAGAACACTTAAAATCTCCTCCCTTAGCAATTTTCAAGTGTACAATACATCGTTATTAACTAGAGTCACCATGTTGTACAACAGATCTCTTGAACTTATTTCTCCTAGCTTAAACTCTGTATCCTTTAAGCAACGTCTTTCTAATCTCTTCTGGACCTGCAGCCCCAGCTCATGGTAACCATCATTGTACTCTCTGCTTCTTTGAGTTCAAGGTATTTTAGATTCAGTATATAAATGAGATCATGTAGTATTTGTCTTTCTATACGTGGCATATTTCACTAAGCATAATGACCTCCAGTTTCATCCATGTTGTGGCAAATGACAGGATTATCTTCTTTTTTAAGGCTGAATAGTATTTCATTGTGTATGTATACCACATTTTCTTTATTCATTTGTCTGTTGTTGGACACTTAGGTTAATTCTGTATCTTGGCTATTATGAATAATGCTGCAATGAAAATGGGAGTGCATATATCTCTTTAAGATACTGATTTCATTCCTTTGGATATATACCCAGTATTAGGACTTCCAGATCATATGGTACTTCTATTTTTAATTTTTTTAAAGAACTTCCCTACTGTTTTCCATAGTGGCTATAATGATTTACATTTGCACCAACAGTGTGCAGGGGTTCCTTTTTTTTCACATCCTTGCCAAAATTTCTTTGTTGTTGTTTTTTTTAAAATAGCCCTTCTAATAGGTGTGGTTTTAATTTGCATTTTCCTAATGATTAGCAATATTGAGCATATTTTCATATAACTGTTGGCCTTTTGTATGTCTTTTCCTGAGAAAAGTTCATTCTGGTCATCTGTTTTAAAAATCAGGTTATTTAATTTCTTGTTATTGAGTTGTTTATGTATTTATTGTTGTTACTGAGTTGAGTTTATGTATTTTGCATATTAACTCCTTATCAGATGTATGATTTGCAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGATTGTCTCTTGATTCTGTTGATTGTTCCTTTTCTGTGCAGAGCTTTTAAATTTGATATAATTCAATTTATCTGTTTTTGCTTTTGTTGCCTGTGCTTTGGAGTCATATCCAAAAACATCATTGTCCAGACCAATGTCATGGAGCTTTCCCCTATGTTTTCTTTTAGAGTTACATAATTTCAGTTCTTACATTTAAGTCTTTATTCATTTTGAATTTGTTTGTATATGGTGTAACATAAAGATCTAATTTTATTCTTCTGCATGTGGAAAAGGAATTTTTATCTTTGATAAAATTTTCATGATTCTTTTTCTATCTTCTAGAACATTAATTATAGTAATTTAAAAATCCCTGTATACCTGAATTATCTCTGGAATTATTTCCATTGTCTGTTATTTTTCTCTTTTTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCATTTGTTCTTTTTTGGTCATTTAGTTCTCATTTTAAAAAAGGAAAAGCGGGTGTCAGAATTTTGTTTAAATATAGATGTTGCTTATTAAAGATTGTTCATGTCATTTTCCTCAAAATAAGATTTTCTTTTCACAGGCAAACAGTATCAGCAAACCAACTTAATGCTGACCATAGTTTATTTTAGGCTTTGTTAAGGTGGCATATTTCAATTTTGCCCTCAATCCTGAGGTCTAGCCTTTATTCCTAAAACAGCTTTTCTGGAGTCTCAGCTCAAACCATAGTATGTTTACCAAGGCTCTTCCTATTTAGCAGAGCCTGAGCTCCAGCCTCCATCTCCCCAACACCACGTGACTGCTGAAATCTCTATCCTGTAATTTAGCCTTCTAGGTGCTATTTTAATCTGTTTCTTAGAGTACTACCCCTTGCTGTTCAAGTTAGGAGTTGGCTAATGCCTTAAAGGGAACATCAATGCAGTTTACTTCTCTCTGGTATTATATTCCTCAAATCCCTTATGCTTTGGTTTACCTGAACTTCTCTGTCTCCTTAGTTGGTAAGGATGGTCCTTTCTCATCTCTTCTATTCTATCTTACAATGAAATAGCAAGTGCCTGCAGAAAAACTCCTAGCCAAATGTGATGCTCTCATTGGTGCACTTCTCTTTTCTTAGGGATCACGTCCTTCAAGTCTTAAAGTTGATTTCTCTCAAATTCCTTCAAGAAGTTTCATATGGTTTGACTGTGTATCTCATCTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCACATATCATGGGAAGGACCAGGTGGAGATAATTGAATCATGGGGGCAGTTTCGCTCATCCTGTTCTTGTGATAGTGAGTTAATTCTCATAAGATCTGATGGTTTCATAAGGGGCTTCCCCTTTCACTGGACACTCATTCTTCCTCTCCCTGCTGCCATGTAAAGAAGGACGTGTTTGCTTCCCCTTCTGCCATGATTGTAAGTTTTCTGAGACCTCCCCAGCCATGCTGAACTGTGACTTAATTAAACTTAATTCCTTTATAAATTACCCAGTCTCAGGTATGTTTTTATTAGCGGCATGAGAACAGACTAATGCCCAGTTATTTTACTAATTTTGTCCAGTTTGATAATTACTTTTGATTGGAGGGTTAGTTCAATATAAGTTACTTCATTATGGCTGGAACCAAAAGTATTGCTTCTTTTCAAAGAGGACTCCTTATGAGTTACATTTTAAAGGCAGATGGGACCTTCATTGTTTTATACTTCCTGATGTTTTATCCCTCAAAACTTCTATTTATATATAACTGAGAGTCTAGGGGATACTATGCCCTCTAAGGGCTAGATAAGTTTGGACCTCTGTTTCTATAAGTTTGTACCTAGGGGAAAAGTCTTGTGCACTCCCCAAGCATACTGTGACTTTCAGGGGAACTTGTATTCTGATGATTACATTATGGATTCCTGTTCTCTACCCTGGTGTCAGACTAACTGTAGAAGCAAGCCCCTTTCCTTGATTTTCACAGACAAAACCAAAAATATCCAGTCACACAGGATTTTCTGTGGTTAAAGGCTTTGTGGAAATTTAAGTGATGGGTTGTGGGAGGAGGAACATTTGCAAAATGGAAATGTACACAACATAAATGTAACTTATCTATACATCCTTATTTTTAAAAGTCATGTGGCCACTCTGCCATGTTTTTTGTTTCTTTGTTATTATACTTTAAGTTCTAGGGTACATGTGCACAACGTGCAGGTTTGTTACATAGGTATACATGTGCCATGTTGGTTTGCCGCACCCATTAACTTGTCATTTACATTAGGTATTTCTCCTAATGTCATCCCTCCCCCTCCCAACCACCCCACAACAGGCCCCAGGGTGTGATGTTCCCCGCCCTGTGTCCAAGTGTTCTCATTGTTCAATTCCTACCTATGAGTGTCCTTGTGATAGTTTGCTCAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATTAACTCATCCTTTTTT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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C1:
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A:
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NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
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Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)