BtaINT0089769 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010271 | MAPKAP1
Description
Bos taurus mitogen-activated protein kinase associated protein 1 (MAPKAP1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001081603]
Coordinates
chr11:96482464-96511560:-
Coord C1 exon
chr11:96511329-96511560
Coord A exon
chr11:96482792-96511328
Coord C2 exon
chr11:96482464-96482791
Length
28537 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TGTGTGCATCATGTTTCTAGGTA
3' ss Score
8.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGCGGCTCGGGGCAACAGGGCTGCTGCTCGGCCGGCCAGCGGCAGCGAGCGGCGGGGGTATGAGGGCGAGCCCGGAAAGCGGCTGCTGAGCCGGCCGGGAGGAGCGTCAGTCCTTGAGGATTCCGAGAGTGCGGAGCTGGGGCAGGGACCGGGGGGCGCGGGGGAGCCGGGCCCTCCCCCCAGGAACGTGTCCCAGGGCCATCCCGGCCCGTAGTGTGGCAGCAGCTTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
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Main Skipping Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
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Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development