MmuINT1022777 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038696 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444554]
Coordinates
chr2:34407183-34432330:+
Coord C1 exon
chr2:34407183-34407254
Coord A exon
chr2:34407255-34432002
Coord C2 exon
chr2:34432003-34432330
Length
24748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGG
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
TGTGTGCATCATGTTTCTAGGTA
3' ss Score
8.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTGCTCGGTGGCCTGGGAACATCGGTTTCCTTGCTCTTCCTGAGCCTGACAGCTGGGTGTGTGACTTAG
Seq A exon
GTGAGGAGAGACTTTGGACCTGGTTGTGCGGGGGCGGGGGAGGGGGCAGTCCTTGGCTCTGGCGGTTTCGGGTCTCGGAACTCTGCAAGGTCCGGTGCCCAAGTTCCATCCTGTGAAATCAACTTTTCAAAGCATTGCCAGGGCAGTCCTGAAACGGTCCCACTGATTGTTTATATCCCGAGAGCGCTGCGGGGAACTTGGAGTCCGTTTTTCTGTTTATGGGAGTGACAAGGAATGGTGAAGTTGCGGGGGCCGTGGGGGGGGGGTTGGGAAGAAGAAAAGATTATAGTTTAAAGAAGTGTATAACTCAAGCCAGAAGCTCTAAGATGAAACAGGGACCTCACAATTTGTTACAGCTTCCAATGAATGACCGCAGTATTTGAAACTGTCACTGTTCCCAACTCTGTGCAAAGCACCATGTTTATTACAAACCCCCAAAGGGCCGAGTTCAAAACCTTCCCAGGTGTAAACAGGAACGTGTACAGACACATCAGTTGATGAGGTCGGCCTTCGCAGGACTCACAGAAAGGATGGGTCCCTATTGTGCACAACCACCAGGGCAGAAATAAAGTGCGTTACTCCTATGTTTAGGAGCCACCCAAGCTGCAGTGACAAATCTTGCTCAATGCTATTTGCCCCCATCTTTTTCAGTCACACCCCTTCAAGCTTACTGGACGCTAGGGAGGGGCATGCCAGGTGTCCCTTTCCTTTAAGCTTTGCTCATATCTGCCTTCTGCTACTAAATGTGAATAGTGCCTGCGACGCCTCTATAATCTTGTGGCTCTCTGCTAGTGTTTAACAGCTAACCTTTTAAAAGTCCCTGCTATGGGCCTTTCTTCTGGATAAGTAGGATCTCACATCATTTTTGATTTGTTCTCACATAAACTTTTTTTTTTCCTCACCCTGTCCTGCCTAGACACTTCCTATGTTTTGATTTCTATTGCTAATGCTTCCCATGGTCCAACTGATGGTGGTCTCACTCAGCCAATTAAGGACAATCCCAGCTTTGAATGAGTGATTCATTGACCCTCCCATTTTTAAGAATTATTTTAAATATGTATGTGTGTCCATGTGGGATTTGTTTGTGTACATGTGAGGGCAGTTGCCTACAGTGGTCAGAAGAGCCAAAGAGCGTGTCAGATCCCCTAGGACTGGAGCCGTTGGTGCTGTGAGCGGCACATTGTAGGTGCTGGGAACTGAACTTGGGTACTGCACAAGAGCAGTGCTGGTTCTTAATTGCTGAACCATTTCTCCATCCCCTGGGAATGATTTCTTCCGGAAAACCCTATAAGCGCCCCTTATTTACAGTCCCTTAGCAAGCATTCATTGTGCATGGATATAGGTCAGCCACTGCATGGCAGTTTAATAAGTAAGACTCAGTCATTGTGTACAGCCAGTTCTTACGGTGAGAGGGACACGTGTGAGAGTTTTTCTGTGATTCGGAAGTAGTATGCCGTGTCAGTTTTTGAGAGGTGACGCTTGGTGAAGGGAATGAGCATAATGTGAGGTAAATTGAGCTTCAGTTTTTCCTCATTTAATCATTTTAATTCAGGTTGGCCCAGAATAGTTACACAGCTGGTACGAGACAGAGCCTTCTTTCATACCAGGACATTCATGCAAATACATATTGAAGCAACTGTCAAAGAGGGAAAATAAAAATGTTGAAGTGGAGAGTGCAGACAGTCCTCTAAAGGTAGACAGAGCCTGTGCTGCAGGCCTGTCTTAGCAGCTTGGTAGGCTGAGGCAGCAGAGTACTTACACAGATTGCACGAGCCAGCCTGGGCAATGGTGAATGGCTCAGTGGTTAAGAGCATGGGCTGCTCTTCCAGAGATCCTTAGTTCACTTCCCAACACCTGTATGGCAGCTCATAACCATCTGTAACTCCAGTTCCAGGAGATCTGATGCCATGTTTTGGCCTCTCTGGATGCCAGGCAAACACGTGGTGTTTATACACAAAAAAGACCCATGTACATAAAGTAAAAAAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAAACTACATCTTAAAAAGAGAAAAAAAAAGCATATTACCTTCCATAGCATAAAAATGATAGGAGGGTGGACTGATGTGATAGTTTATGGAGCATAGATAGGCATGGTCTCTGGCTTTGTGTTTTGTGTGGCATGCCCCCCTCTCTAGATATGTGACCTTTGCTTAACTCTAGCCAGCATTTTCTTCATCTCAGGAATGGAGCACTATGCATTATTTAGTAAGCTGATCTGGATTAAAATCCAGGCCCCCCCTCCCCCAATGTGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAGAAGAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGACAGGCAAGCAGGCAGACAGACCCTAGTAGAACCTGAGTCTCATGGCTTGAGCTTTCTGTGAAGCTTTTCAGATTGGGGATTTTCAAGTTAGTGACACTCATCTAGTAAAGTCTCTGAAAGTGCTCCAAAATTTAGAAAAAAATGAAATCTGAAAACAGTTCTGACCCCAAGTGTTTTGAAAAAGGAACTCTCAACCTGCAAGTTGACCTGTCAGGTCTGCCTAATAATAGCTGGAAGAGCTCTGGGATGTGGTGTTAGAGGGTGAGTCAGTTTCTAGTCCGAGTAAAACGAGTCATTGCAAATGTTTCTAAACTGTTGGAGATTTATTGGAAGTCAGTGTCCCATGAAGTCTTACTCAAATAAAATTACAAAAAGTTCCAGTCACATCACCAGGAAATTGCCATTTCTGCTTTCAGCGGGCATTTGAGAGGTAAACTGGAAGGGCTAGATTCCAAGAGCTCAAAGCCAGGCAAGTTTTGGTTTGTACTCTTTAAGTGGCCAGTTGTGAAGACTTGGACGGTGTGTGATTCGTTCAGCAGTTCCAGGCAAATGTTAGGCACTGAGATGCTACTGGGAATAAAGCCAAGTCCCCATTTTAAGGTCTTTGACATTCCAGTAGGGTAGAAGTGTCTTCAGATGAAGCAGTCATGTTCTGTATGCTGCGCTAGCATGCATAGAGCCCACAGGAGAGAATACCCATAATGCCACTCAGTGCTTCCAGTGCATCGTGACATTGCTCCAAAAGCTGTTTCACCCCTGTCCTTGCATGGGAAGGTGTGGGCATCATCCTGATGAGGGAACTAGGGCGTGGAGGGAGGGGAGAGGGTGTCATGGTTGCAGCTCAGTGGTAGAGTGAGTCCTATGCTCTACTGCCAGGAACCAAAAGCTAACAAAACAGAAAAAATTCGACTTTATATAGTTGGTGTTTTGAGCTAGAGCTGTGGTTCTCAACCTGTGGGTTATAACTCCGTTGGGACTCTTAACAGCCCTTTCACAGAGGTCACCTAAAACCATCTGCATATCAGACATTTATATTATGATTCATAACAGTAGCAGAATTGCAGTTATGAAGTAGCCATGGAAATAATTTTATGACTCGGGGTGGTCATCACATCACGAAGAACTGTATTAAAGGGTCTTAGCATTAGGAAGGCTGAGGGCCACTGAGCTGAAGGATTCTGCTGGCTTCTTCATCCCTGTATCATGTCGCTTATTCTTGCTGCGTGGAGGAGGACCTGGCAGAAATGCTACAAAGAACAGCTAGCTACATATGGGGGCTACAGTAATGTCACTGCTAGGCACAGTGAGGATTGGAGCTGGCCTCTGCGCTCAGTAGCTCAGGGTCAGCTGAGCTACTGTTTAAGGCAGTGGTTTTGTTTTTTGTTTTTCCTTTTTGGTGGGGATGTATTTTGCTTGTTGACTCATCTGAAGACTTTGGAAACTGTTCTAGTTCAGTGGATTTACAGGTTTCAGATTCAGAATCTTTTAGAAGTTGGTTATTCTGATGTTTAGGCCATACTGTTAAGGATGCAGGCCAGATGTCAGATTGTAGATGACAAGAAGTCTGTTACAGCTTCCCTACTGAAGGTGATTTGGCCTTGAGTTTTTAGATCCTTTGTTAGAAGTCAGTGCACCAAAGGAAGTGTCTGGTGGGATTACTGATCAGAAGTCTGGGCTGTTCTATTTTGCAGAGTGGCCAGTGTATGGTTTTCTCATTTCGTCAGGCTTAAATCCCAAAGGGGTGAGGTTTGGATGAGGGGACCTTGTGATACTTGGATTTGGTGCTTGTAGTACTGTAAACGGCATCAGCTTTATCTTCCTTTCTTCCTCGTCACAGTATTGTTTGTTCGATAATGTTGCAAACTATGTTCCTTCACCCTCATAATCTGTTTAGAGTAGTTGAGGTGACATAGGGAAACAGGCAGAACTTATTGAGATGAGAAAATGGGCAGCCAGAAAGCCACAGTTTTGGAGAAAGTGCCTTAGTCTGAGCGACTCACCTGCAGAATAGTATTTTGCTAAAGTCTTTTCAGGAATTGCTGGGCTTAAAGTCACACAGCAGGGCATTGGCAGACCCCAGTAGAGAATGTCTCAAATATCTGATGTTCTTTGTCTCTGCCTGACCAGGCCAAGTCCTGAATCTTCGTTATGGCTTCCAATGGAACTTGGTGGGCTGGTTCTCTGCTCACATGCACAGTGCTTTCTTGACTGTTTATATATAAGACTGAAAGGAGACAGAGTCACCAGGAGAGTAAGAGAAATGTGATCAGGAAGTTCCCAGCCCAGGAGTTTAATTTACTCTTATTTTAATCCCCTTCTTCCACCAGGTGAAAATTGAAGAAATATTGGTCTTTTAGATACTTGTTTTCATTCATACTCTACTGTATAAAGAAACTTCAGAACTTAAAAATGAAGGAAATAAATCCTGAGCAGTCATTTAGAACTTACTACCTCTACTTGGCAGCAGTCAGGGTACATCAGGGAAGTAGATTTTAGATGGAAAATACAAAATTTGAACTGAAAGTAGAAAATAGTTTTTAGAAATTAAAAGTGAGAAAACAGCA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Seq C2 exon
GTAGGTGAGCCTGTGAAACAGTATGAAGAGAAGAAAATAGCCTTTTAAAGAGACTGGCCCACAGAAAGGATGGCCTTCTTGGACAATCCAACTATCATTCTAGCTCATATTCGACAGTCACACGTGACCAGTGATGACACAGGAATGTGTGAGATGGTTCTCATTGATCATGACGTTGACCTAGAGAAGACTCATCCTCCGTCAGTGCCTGGAGACAGTGGGTCAGAAGTTCAGGGAAGCAGTGGTGAGACGCAGGGCTACATATACGCCCAGTCTGTTGATATTACATCGAGCTGGGACTTTGGTATTAGAAGACGCTCAAACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038696:ENSMUST00000147337:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.346
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=PU(22.5=79.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types