RnoINT0089560 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000017583 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1305363]
Coordinates
chr3:13484838-13510737:+
Coord C1 exon
chr3:13484838-13485352
Coord A exon
chr3:13485353-13510409
Coord C2 exon
chr3:13510410-13510737
Length
25057 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGG
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
TGTGTGCATCATGTTTCTAGGTA
3' ss Score
8.6
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCGTCCCGCCCCCGGGAGGCCAGGGCTTCTCGTTCCTGGCTCTGGGGCTTGCGCACTGCGTCCCCAGCCAAAGGCGTCTTGCCGATCAGGGACTTCCGGTACGCCGGGTACGGTTCCGGGTCGTGGCGCTGCTCTGGGTAACAGGGTTGCTGTTGCCGGCCGGCAGCTGCGGGGAGCGGCGGGGTCATGAGGGCGAGCCCGGGGCGCCAGGGCCGAGCCGGCCGGTAGGATTGCGGGTCCCCGAGGACTTCGTGGGCGCAGGGTTCGGTGTAGGGGCCGGGAGGCGTAGGGGAGTCAGGACCTCCCTCAGGGACGTGTCCTGGGCGAGGCGGCCTGTAGTGCTGGAAGCAGCTTCAGGTAAAGGTTGCCCCAGCCGTCGCCCCCTCGCCCGCGGAACCCTCCGACCCCTCAGCACCCCGCTGTCCTCGCTGTCCAGCGGCGCCCGTTGGGGCCGTGCTCGGTGGCCTGGGAGCATCCGTTTCCTGGCAGCCTGACAGCTGGGTGTGTGACTTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAGGTGAGCCTGTGAAACAGTATGAAGAGGAGAAAATAGCCTTTTAAAGAGACTGGCCCACAGAAAGGATGGCCTTCTTGGACAATCCAACTATCATTCTAGCTCATATTCGACAGTCACATGTGACCAGTGATGACACGGGAATGTGTGAGATGGTTCTCATTGATCATGACGTTGACCTAGAGAAGACTCATCCTCCGTCAGTGCCTGGAGACAGTGGGTCAGAAGTTCAGGGAAGCAGTGGTGAGACGCAGGGCTACATATACGCCCAGTCTGTTGATATTACCTCGAGCTGGGACTTTGGTATTAGAAGACGCTCAAACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000017583:ENSRNOT00000023889:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.345
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=PU(14.9=79.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]