GgaINT0126519 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000977 | MAPKAP1
Description
Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9W6S3]
Coordinates
chr17:9718154-9725867:-
Coord C1 exon
chr17:9725789-9725867
Coord A exon
chr17:9718478-9725788
Coord C2 exon
chr17:9718154-9718477
Length
7311 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCCGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
TGTGTATGTTGTATTTCTAGGTA
3' ss Score
9.79
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTCGGCCCCGGAAGCGCTGCCCGGCCCGCCGGCGGGGGGAGGCGGTGCCTGGCCCGGCTCCGCGTAGCGCCGCAGCCC
Seq A exon
GTAAGTGTGGAGGGGAACGGGACCCTCGGGCGGGCTGCGCGGGGCGTGCCCGGTGCCACCCTCACGGTATCCCTTCGGGCCACGGTCCGCGACTCGTTCCCTGAGGAGCCGCCCGCTGCCGCCCTGTGCCCCGGCCGCCTGTGCGGAGCGGAGGAGGCCCGGTCCGTGTGGGCGGGAGCGGCTCGCGTTCCGCAGCTCCGTTTGCGTGGCTGTGGGGCGAGGCTCACGCCTGACCCCGTTCCTCCCCTGCTGGCGGGGCGCTGTGCTGCGGGTGCTCGGCTCTGCCCGCCCGGAGGTGCGGGCCCGGGGTACGTGCACGGCCGGAATTAAATTCTCTCACTTGTGTTGTTCTGTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCAAATTCAAAGTAGATCTGTTCGTGGACGCTTTATTTGGATTAGATTTAGAAAAATGATGTCGCTGTATGTATATAGATTTCTACAGAAATAATTCAAGTGGTGAAGGAAGAACCAGCTTGTTTATTCGGTGTGACTGTTTCACCCAGCTGCAACAAATGGCAACTCCCGACTTCTAGCATAGCTTTTCCTTTGGGTCAACAAAGAAGTGCAAGCAGTTTGGCAGAGTGAGGGATATGTTACTCTGTCTGTATTGCTAATGTTTCCAAACTGCTGGAGGCATTTGAGAAATAGATCAGTGCATACACCGGTGAGAGGCCCTTTACTCTAGCCAAGGGGACAGGAACACAGGGAGCAGCCTGCTTGCTCTAGGGCCGGACTGAAGTTCAGCACCTCCTCAGGGCAGGAATAGGGGCACCTGGGATGTGTAGGGCTCGGGCTGCCCTATGGGTCCTCTCCAGGATGGCAGGCAGCAGTGACCTGATGCATCAGGCTGGAATACAAGAGACAGCGCTGGTCCTGGGACACAGTGTGCTATTGCAGCAGCAGCAGCGCTGCAACCGGTTGTCTTTTGGTGCCAGGTAAATTCATCGTTGTGACACTGCATTGTGTTTGAGATGCACCTTGCAGTGACTTCAATGTCTTATGTTTTGCTAGCATCAGTTCTCTGTCAGAAGGGACCAAATGAGGGTTTTCTGTTGAACAAAACCACTCACAAAGATCCTAGTATGCATTTTAATATTGATTGTGAATGCATTGGGAAGCTTCATTAAACTGGGATACCTAGCTGCTGTCTGTGAGTTCATTTTCTTGTAAAAGACAATGCAGGAGTAATCTCCATCTTGTTTTCTTTCTAAATCAATTATTCGAAAAGCAAAACAAAATTCCTGTCTTTTGAGTGTTTTGGTGGCCATTGAGGGAGAACGACTGGAAGTTTGACAAAAGAAAAGTTGAAAGCCAGAGAAAGCGGATATTCATCTGTTGCTGAACGAATAAGAATGTGTTCAGTTATATTTGTCACGAAGGCTTGATTTCTTGGGGGTGTTAGCATTTTGGTAGTCCGAGGTCTTATTTTTCTAGGGCTGAAATGCCCTGTTTTGTTGAAAAGCGATGTCTGGAAAACTGAAACTGGATCTGAAACTGTAGCAGATACTTGGAAGAGAAATACTGCCTTCAGTTAGAAATGGAATGATACAGTTACATAGCAGGGTAAAAGCTTTGAGAATAGGGTGGTGAATGGGCTCCAGTTAAGGCAGGTGGGTTTTGTGCAATAGGTCCCTGTTGGGTTCCAGCTGCATGAGCCCAACTGCAGACTGACATCAGGGAGCAGCAGGCGTGTCTGCTGCTGAGGCTCTCAGTGGATCTGCAGGCTGCTGTAGGTACAGTGCAGCTCAGGTCTTTGTCCTGGGTCTGGAGCATTATCTGTAGGGCTGCAGACCTCCATGTCCTTTAACAGCTTTGAGTCCAGTTCAGCTTCAGTGCCTTGGAACAGGCTTTACAAAGCAGCTGTGTGAGTGAAGCACAGGCAGCTCAAGTAATTCTGTAACTGAGCACTTTCCATGCTCAGGGAAGCCCATTAAGTGCTGCATCCATTCACAGTAGTCTAAAGTAATAGAAGGTGGCCTTAAAAAGCCTCCTTCTGTCTCTCTCAGTATTATGTAGGCCAAAAAACAGGAAAGCGTTGAAGCTTTCTATTTTAGTCTTTGTTGTTAAAAATTGAAGTTTGTTAAAGTGTTTGAAACAGTTATGGGATTTTTAGGCTATTGAGTACTGTAGTGAAAGGAGCTAGAATGGAAACTGTAATCTAACACTTGGGCAGTCTGAGCCTACGCTTTAGGCCAGGTGCTTGTAAATAGATGTTATATTTGCTCATCATAGGAATATTAAAGATGCACAAATCATCATTTAGGCGAGTGAGAAATCTTGGTTCCATGTAAAGGTGTTGTACATTGCTGAAAGTATTTCTTGTCAGTTCTCTATGCAAGCAGATGTGGTCAGCGTCACTGATACAAGGGCTGCTCATCCTCATTTTTGGAACAGGGTATTCATCAAGAATGAAAATAAAATGGAAATGGCAATGTGTTATTTAAAAGATATTCTGGATTTGTTTGTTGTTTTAAAATAAATAGTCATAAGAGTGAATTCAAGCAACTGTTTGTTCTTGTTGTTGTTATGCTTTTTTTTTCCTGGATGGTAAATTCTCCTGAACACAGGCTCTGAAATTGGGCAGTAGTGATTCCAGTGTGTTGGGCCCTCACAGTATGATGCTGTGCATGTAATGCGTGTATCATTAGTGATGCTTGCTAGCCAGTATGAAGAAATAAGCATAATCATAGACATTAAAAATTAAGCAAAGTGTTTGCACATATTTAGATTAGGCAAAAAAAAAAAAAAACCCAGGCAAGATGCAGCTTTTCTAAACTGTTTCTTTCCAAACCATTCAGTGCAATATCAGAATGAAAAATGACAACACTTTGTCATCTGTTCAAATTGATATTGCACTCTTTGCAGTGACAGCTGAAAAGGCCCACAGGTGCCATATAAAGAGGTGACCATGTTGTCATATTTCATTTAGGCATCCCTCTGCAAAGCCATAATTACCTAATTAGGTTGTTAATTAGGAGATTAGCATTTCACTATATTGATAGAATGCTCTTTGCAGGCGTGATTCTAGTTACGGATTTGTCTGCCCTAATTTATAATCTTTGCATTTTTTTATACTTATTTATTTGTGTAAAATCTTGATGCGAAGTAGCTCAGGTTAGCTGAGAATCAACTTGTTTGCAATTAAATGAAGATTTGACAAGATAAGGAAACAAACAGGTAAGTGTACATTCTTTCCATATGAACTCCAACGTTCTCTCTCTCCTTCCCTAAAGCTCTGTAACGAAAACATTGGATTCAGCGTAACTTGCATCCTGACTGGTTTGACAGCAAAAATATAGGCAAGTTCCAAGCAGTTCATGCATATAGAAATAAATATCCAATGTCAGATTGATTTTCAGGTTGGAAAACTAACAATGAATTTTGTCAGAACTTGTGTGTAATGTATTGTTTTCTCATAACTTTCAAATTCCCATTTCACTTGTGAAAGAGCACCTCTTTAAATGACTTCAAATGATTATTTCCTTTTTAATGATAGGACGCAAAGCATGAATGACAGCTTCTCTAAGCAAGCATGCATTCTTAAATGCACTTGAGCTTTTATTGAAACACAGACTTGAATTTTCATGTATTACATTTCACTTTCCTTTATCCTCCATACACAGGAGTCTGGCATTCAAGGGTTTTGATTATTTGTACGGCTGCAAATGTAGATAGCCAGGACCATTTATGTAGCAATTGCAGACAGAAGTTAACTGTGAAATTATTTCATATAACCTGAATCATAAATTTTGAAGTATATTCACACTGTCCTATTCCAGCTTGTCACATGTAGGGAAAAATCAATTTTATTCTAATCTACCCTTTTTTTCATTAGTTTCTAAGATTACTTTAAAGACCTGCAGTCAGAGAGGTGTGCAGTTCGGTGAACGTGGCAGCCCATGAGTGTAACGTTGTGAGATTCCTCCAGCGGCGCTCGGAGCGCGTGAGTGGTTGGTTCGGACCCACACCGTACCCTCCACAAACTGCGTTTTGGTTTGGAACATTTTTGTTTGCAATGAGTAGGGTTTAACTGGCTATTACTTCCTCAAGGCAGACAGTCAGTGTAAGCATCTTTTCCATGAGTTGTGGGCCTGTGGAATTAGAAATAGGAAATATCCTTCTTCTGCTTCTCACGCTTACTCTTTACTTTTTTCAGTTTATTAATACACAATTCCTTGCAGGAATTGGCAGGAGAAAGTTGTGCAGAACTTCCAGCTGCTTTCAGCCATTTGATCTGAAAGAGTTACTGTTGAGTTGGTAAAATTTCAAAGCTGTAGCTCTTTTCTGAAGCAGAAGAGTTTCTGCTGCTGACAGCTTTCTCCAATTTTTATCACTTATCATAGATTATTTAGAGGTCTAAGAGCAAATTTGCTCACATGTGATACCTGGAATTATGAAAGGCATAAATATAGAACTTTTCTGTGAGGAAGGTATTTCCTGTGCTTTGGTCAGTGGCTGTGTATCACAGAGAGGTGCCGTTAGCTTGCAGCTTTAGGAGCAATAGCCGTGGGGATGAAGTTGGCAGTAAGTAGATCGTAGTTGGCTGAGCTATAACTATGCATGTTTTCTTCTCTAATCTCAGTTGGTAACCAGTTTGTGTTCTTGTGATACATCAGGCATGTGTGCTGTGCTAAGACTGCATTGTGTGGGCCAACATGTGTGTGGTAAGGGGAACAACGTGTCAAAGTACAGCATGGAGCTGTTGCTCGTAGCGCTCAGGCAGGAGCCGGGTGTTGGGCCAGTGCTCCTCAGTGCAGGAAGGGGCTCTGGGCTGTAGCTGCAGTCACTGTGCACGGTCCGTACTGCGCTCGCAGTGTGTGAGCAGCCTGCAGCTCGGTGAGGGCAGCAGTGTAGCGGCCAGGAGCCAGTTGGGGGGGGGGGGGCTGGGCAGCCCCATGCAGCCTCCTCTGCTCAGAAGAGGGAGGAGTTCCCCCTGACCTGGCTTTGTGTGTTGGAAACC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Seq C2 exon
GTACAGTGTCCATGCAACAAGATGGAGAGAAGATAGTACAGTGAAGTGGTGGTCTTGTGGGCAGAATGGCTTTCCTGGACAACCCAACAATTATACTTGCCCACATTCGGCAGTCACACGTGACCAGTGATGACACAGGGATGTGTGAAATGGTCCTAATAGATCATGATGTCGACCTAGAGAAGTTTAATCCCTCATCAACATACGGAGACAGTGCTTCAGAAACACAGGGAAGCAATGGTGAGACTCAGGGCTATGTATATTCCCAATCAGTCGACATTACCTCAAGCTGGGACTTTGGAATTAGAAGACGATCCAACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000977:ENSGALT00000001443:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.287
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=PU(14.9=79.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]